molviewer
Отобразите и управляйте 3-D структурой молекулы
Синтаксис
molviewer
molviewer(File)
molviewer(pdbID)
molviewer(pdbStruct)
FigureHandle =
molviewer(...)
Входные параметры
File | Вектор символов или строка, задающая одно из следующего:
Файл, на который ссылаются, является файлом модели молекулы, таким как Банк данных белка (PDB) - отформатированный файл (текстовый ASCII-файл). Типы правильного файла включают:
|
pdbID | Вектор символов или строка, задающая уникальный идентификатор для структуры белка, записывают в базе данных PDB. Примечание Каждая структура в базе данных PDB представлена алфавитно-цифровым идентификатором с четырьмя символами. Например, |
pdbStruct | Структура, содержащая поле для каждой записи PDB, такой, как возвращено getpdb или pdbread функция. |
Выходные аргументы
FigureHandle | Изобразите указатель на Molecule Viewer. |
Описание
molviewer открывает приложение Molecule Viewer. Можно отобразить 3-D молекулярные структуры путем выбора File > Open, File > Load PDB ID или File > Open URL.
molviewer( считывает данные в файле модели молекулы, File)File, и открывает приложение Molecule Viewer, отображающее 3-D молекулярную структуру для просмотра и манипуляции.
molviewer( получает структурные данные белка, pdbID)pdbID, от базы данных PDB и открывает приложение Molecule Viewer, отображающее 3-D молекулярную структуру для просмотра и манипуляции.
molviewer( считывает данные из pdbStruct)pdbStruct, структура, содержащая поле для каждой записи PDB, и, открывает приложение Molecule Viewer, отображающее 3-D молекулярную структуру для просмотра и манипуляции.
FigureHandle =
molviewer(...)
Совет
Можно передать FigureHandle к evalrasmolscript функция, которая отправляет команды скрипта RasMol в окно Molecule Viewer.
Совет
Если вы получаете какие-либо ошибки, связанные с памятью или Java® пространство "кучи", попытайтесь увеличить свое пространство "кучи" Java, аналогичное описанному в https://www.mathworks.com/matlabcentral/answers/92813-how-do-i-increase-the-heap-space-for-the-java-vm-in-matlab-6-0-r12-and-later-versions.
После отображения 3-D структуры молекулы вы можете:
Наведите мышь на субкомпонент молекулы, чтобы отобразить идентификационную метку для него.
Вращайте и вращайте молекулу под различными углами перетаскиванием нажатия кнопки это.
Вращайте молекулу в x-z плоскости путем нажатия
.Вращайте молекулу в x-y плоскости путем нажатия и удержания клавиши Shift, затем левое и правое перетаскивание нажатия кнопки.
Увеличение stepless вида путем нажатия и удержания клавиши Shift, затем перетаскивание нажатия кнопки вверх и вниз.
Увеличение пошагового вида путем нажатия на фигуру, затем превращения колесика прокрутки мыши, или путем нажатия следующих кнопок:
или 
Переместите молекулу путем нажатия и содержания Ctrl + Alt, затем перетаскивание нажатия кнопки.
Измените цвет фона между черным цветом и белым цветом путем нажатия
.Сбросьте положение молекулы путем нажатия
.Покажите или скройте Панель управления путем нажатия
.Управляйте и аннотируйте 3-D структуру путем выбора опций в Панели управления или, для полного списка опций, путем щелчка правой кнопкой по окну Molecule Viewer, чтобы выбрать команды:
Отобразите Консоль Скрипта Jmol путем нажатия
.
Примечание
Существует известная ошибка с кнопкой Open редактора сценариев, который предотвращает загрузку скрипта Rasmol в интерактивном режиме. Вместо этого используйте
evalrasmolscriptфункция, которая отправляет команды скрипта RasMol в приложение Molecule Viewer. Кроме того, можно скопировать и вставить команды скрипта в консоль скрипта.
Примеры
Просмотрите ацетилсалициловую кислоту (аспирин) молекула, структурная информация которой содержится в файле молекулы Elsevier MDL aspirin.mol.
molviewer('aspirin.mol')Просмотрите вирусную молекулу гемагглютинина гриппа H5N1, структурная информация которой расположена в www.rcsb.org/pdb/files/2FK0.pdb.gz.
molviewer('http://www.rcsb.org/pdb/files/2FK0.pdb.gz') Просмотрите молекулу с идентификатором PDB 2DHB.
molviewer('2DHB')Просмотрите молекулу с идентификатором PDB 4hhb, и создайте указатель фигуры для Molecule Viewer.
FH = molviewer('4hhb')Используйте getpdb функция, чтобы получить данные о структуре белка от базы данных PDB и создать структуру MATLAB. Затем просмотрите молекулу белка.
pdbstruct = getpdb('1vqx')
molviewer(pdbstruct) Вопросы совместимости
Смотрите также
evalrasmolscript | getpdb | pdbread | pdbsuperpose | pdbtransform | pdbwrite