getpdb

Получите данные о структуре белка от базы данных Protein Data Bank (PDB)

Синтаксис

PDBStruct = getpdb(PDBid) PDBStruct = getpdb(PDBid, ...'ToFile', ToFileValue, ...) PDBStruct = getpdb(PDBid, ...'SequenceOnly', SequenceOnlyValue, ...) PDBStruct = getpdb(PDBid, ...'TimeOut', TimeOutValue, ...)

Входные параметры

`PDBid`	Вектор символов или строка, задающая уникальный идентификатор для структуры белка, записывают в базе данных PDB. Примечание Каждая структура в базе данных PDB представлена алфавитно-цифровым идентификатором с четырьмя символами. Например, `4hhb` идентификатор для гемоглобина.
`ToFileValue`	Вектор символов или строка, задающая имя файла или путь и имя файла для сохранения PDB-отформатированных-данных. Если вы зададите только имя файла, тот файл будет сохранен в MATLAB^® Текущая папка. Совет После того, как вы сохраните запись структуры белка на локальный PDB-отформатированный файл, можно использовать `pdbread` функционируйте, чтобы считать файл в программное обеспечение MATLAB оффлайн или использовать `molviewer` функционируйте, чтобы отобразить и управлять 3-D изображением структуры.
`SequenceOnlyValue`	Управляет возвратом последовательности белка только. Выбором является `true` или `false` (значение по умолчанию). Если существует одна последовательность, она возвращена как символьный массив. Если существует несколько последовательностей, они возвращены как массив ячеек.
`TimeOutValue`	Тайм-аут связи в секундах в виде положительной скалярной величины. Значение по умолчанию равняется 5. Для получения дополнительной информации смотрите здесь.

Выходные аргументы

PDBStruct Структура MATLAB, содержащая поле для каждой записи PDB.

Описание

База данных Protein Data Bank (PDB) является архивом экспериментально решительных 3-D биологических макромолекулярных данных о структуре. getpdb получает данные о структуре белка от базы данных Protein Data Bank (PDB), которая содержит 3-D биологические макромолекулярные данные о структуре.

PDBStruct = getpdb(PDBid) ищет базу данных PDB запись структуры белка, заданную идентификатором PDBid и возвращает структуру MATLAB PDBStruct, который содержит поле для каждой записи PDB. Следующая таблица обобщает возможные записи PDB и соответствующие поля в структуре MATLAB PDBStruct:

Запись базы данных PDB	Поле в структуре MATLAB
`HEADER`	`Header`
`OBSLTE`	`Obsolete`
`TITLE`	`Title`
`CAVEAT`	`Caveat`
`COMPND`	`Compound`
`SOURCE`	`Source`
`KEYWDS`	`Keywords`
`EXPDTA`	`ExperimentData`
`AUTHOR`	`Authors`
`REVDAT`	`RevisionDate`
`SPRSDE`	`Superseded`
`JRNL`	`Journal`
`REMARK 1`	`Remark1`
`REMARK N` Примечание N равняется 2 - 999.	`Remarkn` Примечание n равняется 2 - 999.
`DBREF`	`DBReferences`
`SEQADV`	`SequenceConflicts`
`SEQRES`	`Sequence`
`FTNOTE`	`Footnote`
`MODRES`	`ModifiedResidues`
`HET`	`Heterogen`
`HETNAM`	`HeterogenName`
`HETSYN`	`HeterogenSynonym`
`FORMUL`	`Formula`
`HELIX`	`Helix`
`SHEET`	`Sheet`
`TURN`	`Turn`
`SSBOND`	`SSBond`
`LINK`	`Link`
`HYDBND`	`HydrogenBond`
`SLTBRG`	`SaltBridge`
`CISPEP`	`CISPeptides`
`SITE`	`Site`
`CRYST1`	`Cryst1`
`ORIGXn`	`OriginX`
`SCALEn`	`Scale`
`MTRIXn`	`Matrix`
`TVECT`	`TranslationVector`
`MODEL`	`Model`
`ATOM`	`Atom`
`SIGATM`	`AtomSD`
`ANISOU`	`AnisotropicTemp`
`SIGUIJ`	`AnisotropicTempSD`
`TER`	`Terminal`
`HETATM`	`HeterogenAtom`
`CONECT`	`Connectivity`

PDBStruct = getpdb (PDBidPropertyName ', PropertyValue, ...) вызовы getpdb с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

PDBStruct = getpdb(PDBid, ...'ToFile', ToFileValue, ...) сохраняет данные, возвращенные от базы данных до PDB-отформатированного файла, ToFileValue.

Совет

После того, как вы сохраните запись структуры белка на локальный PDB-отформатированный файл, можно использовать pdbread функционируйте, чтобы считать файл в программное обеспечение MATLAB оффлайн или использовать molviewer функционируйте, чтобы отобразить и управлять 3-D изображением структуры.

PDBStruct = getpdb(PDBid, ...'SequenceOnly', SequenceOnlyValue, ...) управляет возвратом последовательности белка только. Выбором является true или false (значение по умолчанию). Если существует одна последовательность, она возвращена как символьный массив. Если существует несколько последовательностей, они возвращены как массив ячеек.

PDBStruct = getpdb(PDBid, ...'TimeOut', TimeOutValue, ...) устанавливает тайм-аут связи (в секундах) получать данные от базы данных PDB.

Поле последовательности

Sequence поле является также структурой, содержащей информацию о последовательности в следующих подполях:

NumOfResidues
ChainID
ResidueNames — Содержит трехбуквенные коды для остатков последовательности.
Sequence — Содержит однобуквенные коды для остатков последовательности.

Примечание

Если последовательность изменила остатки, то ResidueNames подполе не может соответствовать стандартным трехбуквенным кодам аминокислоты. В этом случае, Sequence подполе будет содержать модифицированный код остатка в положении, соответствующем модифицированному остатку. Модифицированный код остатка предоставлен в ModifiedResidues поле .

Поле модели

Model поле является также структурой или массивом структур, содержащих координатную информацию. Если структура MATLAB содержит одну модель, Model поле является структурой, содержащей координатную информацию для той модели. Если структура MATLAB содержит многоуровневые модели, Model поле является массивом структур, содержащих координатную информацию для каждой модели. Model поле содержит следующие подполя:

Atom
AtomSD
AnisotropicTemp
AnisotropicTempSD
Terminal
HeterogenAtom

Поле Atom

Atom поле является также массивом структур, содержащих следующие подполя:

AtomSerNo
AtomName
altLoc
resName
chainID
resSeq
iCode
X
Y
Z
occupancy
tempFactor
segID
element
charge
AtomNameStruct — Содержит три подполя: chemSymbol, remoteInd, и branch.

Примеры

Получите информацию о структуре для переноса электронов (гем) белок, который имеет идентификатор PDB 5CYT, считайте информации в структуру MATLAB pdbstruct, и сохраните информацию к PDB-отформатированному файлу electron_transport.pdb в текущей папке MATLAB.

pdbstruct = getpdb('5CYT', 'ToFile', 'electron_transport.pdb')

Представлено до R2006a

Документация