Возвратите матрицу оценок закрепившейся точечной мутации (PAM)
ScoringMatrix =
pam(N)
[ScoringMatrix, MatrixInfo]
= pam(N)
... = pam(N, ...'Extended', ExtendedValue,
...)
... = pam(N, ...'Order', OrderValue,
...)
N | Целое число, задающее матрицу выигрыша PAM, чтобы возвратиться. Выбором является Совет Ввод большего значения для |
ExtendedValue | Управляет возвратом неоднозначных символов ( |
OrderValue | Вектор символов или строка, которая управляет порядком аминокислот в матрице выигрыша. Выбором является вектор символов или строка, по крайней мере, с |
ScoringMatrix =
pam(N)N выигрыш матрицы для последовательностей аминокислот.
[ возвращает структуру с информацией о матрице PAM. Полями в структуре является ScoringMatrix, MatrixInfo]
= pam(N)Nameшкала, Entropy, Expected, и Order.
... = pam ( вызовы NPropertyName ', PropertyValue, ...)pam с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
... = pam( управляет возвратом неоднозначных символов (N, ...'Extended', ExtendedValue,
...)BZ, и X), и стоповый символ (*), в дополнение к 20 стандартные символы аминокислоты. Выбором является true или false (значение по умолчанию).
... = pam( управляет порядком аминокислот в возвращенной матрице выигрыша. Выбором является вектор символов или строка, по крайней мере, с N, ...'Order', OrderValue,
...)20 стандартные аминокислоты. Упорядоченным расположением по умолчанию выхода является A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *. Если OrderValue не содержит расширенные символы BZX, и *, затем эти символы не возвращены.
Матрица замены PAM50 в 1/2 битные модули, Ожидаемый счет = -3.70, Энтропия = 2.00 биты, Самый Низкий счет = -13, Самый высокий счет = 13.
Матрица замены PAM250 в 1/3 битные модули, Ожидаемый счет = -0.844, Энтропия = 0.354 биты, Самый Низкий счет = -8, Самый высокий счет = 17.
Возвратите матрицу PAM50.
PAM50 = pam(50)
Возвратите матрицу PAM250 и задайте порядок аминокислот в матрице.
PAM250 = pam(250,'Order','CSTPAGNDEQHRKMILVFYW')
