Класс: BioIndexedFile
Считайте одну или несколько записей из исходного файла, сопоставленного с объектом BioIndexedFile
Output = read(BioIFobj, Indices)
Output = read(BioIFobj, Key)
Output = read(BioIFobj, Indices)Indices от исходного файла, сопоставленного с BioIFobj, объект BioIndexedFile. Indices вектор из положительных целых чисел, задающих индексы к записям в исходном файле. read метод читает и анализирует записи с помощью функции, заданной Interpreter свойство объекта BioIndexedFile. Непосредственное отношение существует между номером и порядком элементов в Indices и Output, даже если Indices повторил записи. Output структура или массив структур, содержащих проанализированные данные, возвращенные функцией интерпретатора.
Output = read(BioIFobj, Key)Key от исходного файла, сопоставленного с BioIFobj, объект BioIndexedFile. Key вектор символов или массив ячеек из символьных векторов, задающий один или несколько ключей к записям в исходном файле. read метод читает и анализирует записи с помощью функции, заданной Interpreter свойство объекта BioIndexedFile. Если ключи в исходном файле не уникальны, read метод читает все записи, которые совпадают с заданным ключом, всеми в положении ключа в Key cellArray. Если ключи в исходном файле уникальны, существует непосредственное отношение между номером и порядком элементов в Key и Output.
|
Объект |
|
Вектор из положительных целых чисел, задающих индексы к записям в исходном файле, сопоставлен с |
|
Вектор символов или массив ячеек из символьных векторов, задающий один или несколько ключей в исходном файле. |
|
Структура или массив структур, содержащих проанализированные данные, возвращенные функцией интерпретатора. |
Создайте объект BioIndexedFile получить доступ к таблице, содержащей перекрестные ссылки между терминами генной онтологии (GO) и названиями генов:
% Create variable containing full absolute path of source file
sourcefile = which('yeastgenes.sgd');
% Create a BioIndexedFile object from the source file. Indicate
% the source file is a tab-delimited file where contiguous rows
% with the same key are considered a single entry. Store the
% index file in the Current Folder. Indicate that keys are
% located in column 3 and that header lines are prefaced with !
gene2goObj = BioIndexedFile('mrtab', sourcefile, '.', ...
'KeyColumn', 3, 'HeaderPrefix','!')Считайте ПОЙТИ термин из всех записей, которые сопоставлены с геном YAT2:
% Access entries that have the string YAT2 in their keys YAT2_entries = getEntryByKey(gene2goObj, 'YAT2'); % Adjust the object interpreter to return only the column % containing the GO term gene2goObj.Interpreter = @(x) regexp(x,'GO:\d+','match') % Parse the entries with a key of YAT2 and return all GO terms % from those entries GO_YAT2_entries = read(gene2goObj, 'YAT2')
GO_YAT2_entries = 'GO:0004092' 'GO:0005737' 'GO:0006066' 'GO:0006066' 'GO:0009437'
Перед использованием read метод, убедитесь Interpreter свойство объекта BioIndexedFile установлено соответственно. Interpreter свойство является указателем на функцию, которая анализирует записи в исходном файле. Функция интерпретатора должна принять вектор символов одной или нескольких конкатенированных записей и возвратить структуру или массив структур, содержащих интерпретированные данные.
Если объект BioIndexedFile был создан из исходного файла со специализированным форматом, таким как 'SAM', 'FASTQ', или 'FASTA', Interpreter по умолчанию свойство является указателем на функцию, подходящую для того типа файла, и обычно не требует, чтобы вы изменили его. Если объект BioIndexedFile был создан из исходного файла с 'TABLE', 'MRTAB', или 'FLAT' формат, затем Interpreter по умолчанию свойством является [], что означает, что интерпретатор является анонимной функцией, в которой выход эквивалентен входу.
Для получения информации об установке Interpreter свойство, смотрите BioIndexedFile класс.