getSubset

Класс: BioIndexedFile

Создайте объект, содержащий подмножество элементов от объекта BioIndexedFile

Синтаксис

NewObj = getSubset(BioIFObj, Indices)
NewObj = getSubset(BioIFObj, Keys)

Описание

NewObj = getSubset(BioIFObj, Indices) возвращает NewObj, новый объект BioIndexedFile, который получает доступ к подмножеству записей в исходном файле, сопоставленном с BioIFObj, объект BioIndexedFile. Записи заданы Indices, вектор, содержащий уникальные положительные целые числа.

NewObj = getSubset(BioIFObj, Keys) возвращает NewObj, новый объект BioIndexedFile, который получает доступ к подмножеству записей в исходном файле, сопоставленном с BioIFObj, объект BioIndexedFile. Записи заданы Keys, вектор символов или массив ячеек уникальных ключей определения векторов символов.

Входные параметры

BioIFObj

Объект BioIndexedFile класс.

Indices

Вектор, содержащий уникальные положительные целые числа, которые задают записи в исходном файле для доступа с NewObj. Число элементов в Indices не может превысить количество записей, индексированных BioIFObj. Существует непосредственное отношение между элементами в Indices и записи, что NewObj доступы.

Keys

Вектор символов или массив ячеек уникальных ключей определения векторов символов, которые задают записи в исходном файле для доступа с NewObj. Число элементов в Keys меньше чем или равно количеству записей, индексированных BioIFObj. Если ключи в исходном файле не уникальны, то все записи, которые совпадают с данным ключом, индексируются NewObj. В этом случае нет непосредственного отношения между элементами в Keys и записи, что NewObj доступы. Если ключи в исходном файле уникальны, то существует непосредственное отношение между элементами в Keys и записи, что NewObj доступы.

Выходные аргументы

NewObj

Объект BioIndexedFile класс.

Примеры

Создайте объект BioIndexedFile получить доступ к таблице, содержащей перекрестные ссылки между терминами генной онтологии (GO) и названиями генов:

% Create a variable containing the full absolute path of the source file.
sourcefile = which('yeastgenes.sgd');
% Create a BioIndexedFile object from the source file. Indicate
% the source file is a tab-delimited file where contiguous rows
% with the same key are considered a single entry. Store the
% index file in the Current Folder. Indicate that keys are
% located in column 3 and that header lines are prefaced with !
gene2goObj = BioIndexedFile('mrtab', sourcefile, '.', ...
                            'KeyColumn', 3, 'HeaderPrefix','!')

Создайте новый объект BioIndexedFile, что доступы только первые 1 000 перекрестных ссылок и снова используют тот же индексный файл как gene2goObj:

% Create a new BioIndexedFile object.
gene2goSubset = getSubset(gene2goObj,1:1000);

Советы

Используйте этот метод, чтобы создать меньший, более управляемый объект BioIndexedFile.