getSubset

Создайте объект, содержащий подмножество элементов от объекта BioIndexedFile

Синтаксис

NewObj = getSubset(BioIFObj, Indices) NewObj = getSubset(BioIFObj, Keys)

Описание

NewObj = getSubset(BioIFObj, Indices) возвращает NewObj, новый объект BioIndexedFile, который получает доступ к подмножеству записей в исходном файле, сопоставленном с BioIFObj, объект BioIndexedFile. Записи заданы Indices, вектор, содержащий уникальные положительные целые числа.

NewObj = getSubset(BioIFObj, Keys) возвращает NewObj, новый объект BioIndexedFile, который получает доступ к подмножеству записей в исходном файле, сопоставленном с BioIFObj, объект BioIndexedFile. Записи заданы Keys, вектор символов или массив ячеек уникальных ключей определения векторов символов.

Входные параметры

`BioIFObj`	Объект `BioIndexedFile` класс.
`Indices`	Вектор, содержащий уникальные положительные целые числа, которые задают записи в исходном файле для доступа с `NewObj`. Число элементов в `Indices` не может превысить количество записей, индексированных `BioIFObj`. Существует непосредственное отношение между элементами в `Indices` и записи, что `NewObj` доступы.
`Keys`	Вектор символов или массив ячеек уникальных ключей определения векторов символов, которые задают записи в исходном файле для доступа с `NewObj`. Число элементов в `Keys` меньше чем или равно количеству записей, индексированных `BioIFObj`. Если ключи в исходном файле не уникальны, то все записи, которые совпадают с данным ключом, индексируются `NewObj`. В этом случае нет непосредственного отношения между элементами в `Keys` и записи, что `NewObj` доступы. Если ключи в исходном файле уникальны, то существует непосредственное отношение между элементами в `Keys` и записи, что `NewObj` доступы.

Выходные аргументы

NewObj

Объект BioIndexedFile класс.

Примеры

Создайте объект BioIndexedFile получить доступ к таблице, содержащей перекрестные ссылки между терминами генной онтологии (GO) и названиями генов:

% Create a variable containing the full absolute path of the source file.
sourcefile = which('yeastgenes.sgd');
% Create a BioIndexedFile object from the source file. Indicate
% the source file is a tab-delimited file where contiguous rows
% with the same key are considered a single entry. Store the
% index file in the Current Folder. Indicate that keys are
% located in column 3 and that header lines are prefaced with !
gene2goObj = BioIndexedFile('mrtab', sourcefile, '.', ...
                            'KeyColumn', 3, 'HeaderPrefix','!')

Создайте новый объект BioIndexedFile, что доступы только первые 1 000 перекрестных ссылок и снова используют тот же индексный файл как gene2goObj:

% Create a new BioIndexedFile object.
gene2goSubset = getSubset(gene2goObj,1:1000);

Советы

Используйте этот метод, чтобы создать меньший, более управляемый объект BioIndexedFile.

Темы

Работа с данными о секвенировании следующего поколения

Документация