Подобный функции интерфейс, чтобы выполнить модели SimBiology
SimFunction
объект обеспечивает интерфейс, который позволяет вам выполнять SimBiology® модель как функция и рабочий процесс, чтобы выполнить сканы параметра (параллельно, если Parallel Computing Toolbox™ доступен), симуляции Монте-Карло, и сканирует с несколькими или векторизованными дозами. Начиная с SimFunction
объект может быть выполнен как указатель на функцию, можно настроить его, чтобы интегрировать модели SimBiology с другим MATLAB® продукты и другие пользовательские исследования (такие как визуальные прогнозирующие проверки).
Используйте createSimFunction
метод, чтобы создать объект SimFunction. Объекты SimFunction являются неизменяемыми когда-то созданные и автоматически ускоренные при первом функциональном выполнении.
Если вы задали какую-либо информацию о дозах, когда вы вызвали createSimFunction
создать SimFunction
объект F
, затем F
имеет следующие синтаксисы.
возвращает a simdata
= F(phi
,t_stop
,u
,t_output
)SimData object
simdata
после симуляции модели SimBiology с помощью начальных условий или сценариев симуляции задан в phi
, время остановки симуляции, t_stop
, информация о дозах, u
, и выходное время, t_output
.
симуляции запусков с помощью входных параметров simdata
= F(phi
,t_stop
,u
)phi
, t_stop
, и u
.
Если вы не задавали информации о дозах, когда вы вызвали createSimFunction
, затем F
имеет следующие синтаксисы:
возвращает a simdata
= F(phi
,t_stop
)SimData object
simdata
после симуляции модели с помощью начальных условий или сценариев симуляции задан в phi
, и время остановки симуляции, t_stop
.
использует входные параметры simdata
= F(phi
,t_stop
,[],t_output
)phi
, t_stop
, пустой дозируемый аргумент []
, и t_output
. Необходимо задать u
, информация о дозах, как пустой array[]
для этой подписи. Когда t_output
пусто и t_stop
задан, симуляции сообщают о моментах времени решателя до t_stop
. Когда t_output
задан и t_stop
пусто, только моменты времени в t_output
сообщаются. Когда и заданы, моменты времени, о которых сообщают, являются объединением моментов времени решателя и моментов времени в t_output
. Если последний t_output
больше соответствующего t_stop
, затем доходы симуляции до последнего момента времени в t_output
.
использует входные параметры simdata
= F(phi
,tbl
)phi
и tbl
. Используя эту подпись только позволяет вам задать выходные времена как одну из переменных tbl
. Любая строка данных в tbl
где все столбцы зависимой переменной, имеющие NaN
значения проигнорированы.
[
возвращает T
,Y
] =
F(_)T
, массив ячеек числового вектора и Y
, массив ячеек 2D числовых матриц, с помощью любого из входных параметров в предыдущих синтаксисах.
|
Одно из следующего:
Когда Когда |
|
|
|
Если
|
|
|
|
Если Если |
|
Массив объектов SimData, который содержит результаты выполнения SimFunction |
|
Массив ячеек, содержащий числовой вектор из размера |
|
Массив ячеек 2D числовых матриц. Ith элемент |
createSimFunction (модель) | Объект Create SimFunction |
ускорьтесь (SimFunction) | Подготовьте объект SimFunction к ускоренным симуляциям |
isAccelerated (SimFunction) | Определите, ускоряется ли объект SimFunction |
Parameters |
Таблица содержит информацию о количествах модели (разновидности, отсеки или параметры), которые задают входные параметры | ||||||||||
Observables |
Эта таблица содержит информацию о количествах модели (разновидности, отсеки или параметры), которые задают выход | ||||||||||
Dosed |
Кроме того, таблица также содержит переменные для каждого свойства, которое параметрируется. Для каждого параметрированного свойства две переменные добавляются к этой таблице. Первая переменная имеет то же имя как имя свойства, и значение является именем заданного параметра. Второй переменной снабдил суффиксом имя свойства Value (PropertyNameValue), и значение является значением по умолчанию параметра. Если Предположим
| ||||||||||
UseParallel | Логический. Если | ||||||||||
UnitConversion | Логический. Если верный:
Это свойство доступно только для чтения. | ||||||||||
AutoAccelerate | Логический. Когда верный, модель ускоряется на первой оценке Это свойство доступно только для чтения. | ||||||||||
DependentFiles | Массив ячеек из символьных векторов, содержащий имена файлов, от которых зависит модель. Это свойство используется для развертывания. Это свойство доступно только для чтения. | ||||||||||
TimeUnits | Вектор символов, который представляет единицы измерения времени. |
[1] Гиллеспи, D.T. (1977). Точная стохастическая симуляция двойных химических реакций. Журнал физической химии. 81 (25), 2340–2361.
SimBiology.Scenarios
| SimFunctionSensitivity object
| createSimFunction
| sbiosampleerror
| sbiosampleparameters
| ScheduleDose object
| RepeatDose object