UnitConversion

Выполните модульное преобразование

Описание

UnitConversion свойство задает, выполнить ли модульное преобразование для модели перед симуляцией. Это - свойство CompileOptions объект. CompileOptions содержит опции времени компиляции модели и свойство объекта configset объект.

Когда UnitConversion установлен в true, SimBiology® программное обеспечение преобразует соответствующие физические количества в одну сопоставимую модульную систему для того, чтобы разрешить их. Это преобразование при подготовке к правильной симуляции, но суммы разновидностей возвращены в заданных пользователями модулях.

Например, считайте реакцию a + b —> c. Используя кинетику действующих масс скорость реакции задана как a*b*k где k константа скорости реакции. Если вы указываете что начальные суммы a и b 0.01M и 0.005M соответственно, затем модули k 1/(M*second). Если вы задаете k с другим эквивалентным модульным определением, например, 1/((molecules/liter)*second), UnitConversion происходит после DimensionalAnalysis.

Модульное преобразование требует размерного анализа. Если DimensionalAnalysis выключено, и вы поворачиваете UnitConversion на, затем DimensionalAnalysis включен автоматически. Если UnitConversion включен и вы выключаете DimensionalAnalysis, затем UnitConversion выключен автоматически.

Если UnitConversion сбои, затем вы видите ошибку, когда вы симулируете (sbiosimulate).

Если UnitConversion установлен в false, симуляция использует данные объектные значения.

Характеристики

ПрименяетсяОбъект: CompileOptionsconfigset объект
Тип данныхboolean
Значения данных

true или false. Значением по умолчанию является false.

ДоступЧтение-запись

Примечание

SimBiology использует модули включая пустые модули в сотрудничестве с DimensionalAnalysis и UnitConversion функции.

  • Когда DimensionalAnalysis и UnitConversion оба false, модули не используются. Однако SimBiology все еще выполняет минимальный уровень размерного анализа, чтобы решить, является ли скорость реакции в размерностях суммы/времени или концентрации/времени.

  • Когда DimensionalAnalysis true и UnitConversion false, модули (если не пустой) должны иметь сопоставимые размерности так, чтобы SimBiology мог выполнить размерный анализ. Однако единицы не преобразованы.

  • Когда UnitConversion установлен в true (который требует DimensionalAnalysis быть true), SimBiology выполняет размерный анализ и преобразует все в сопоставимые модули. Следовательно, необходимо задать сопоставимые модули, и никакие модули не могут быть пустыми. Если у вас есть безразмерный параметр, необходимо все еще установить его модуль на dimensionless.

Совет

Если у вас есть пользовательская функция и UnitConversion включен, следуйте рекомендации ниже.

  • Не определите размерность параметры, которые передаются функции, если они не являются уже безразмерными.

    Предположим, что у вас есть пользовательская функция, определяемая как y = f(t) где t время в час и y концентрация разновидности при родинке/литр. Когда вы будете использовать эту функцию в своей модели, чтобы задать повторное правило присвоения, например, задайте его как: s1 = f(time/t0)*s0, где time время симуляции, t0 параметр, заданный как 1,0 часа, s0 параметр, заданный как 1,0 родинки/литр и s1 концентрация разновидности при родинке/литр. Обратите внимание на то, что time и s1 не должны быть в тех же модулях как t0 и s0, но они должны быть размерностно сопоставимыми. Например, time и s1 модули могут быть установлены в минуту и picomole/liter, соответственно.

Примеры

В этом примере показано, как получить и установить unitconversion от true по умолчанию к false в конфигурации модели по умолчанию в объекте модели.

  1. Импортируйте модель.

    modelObj = sbmlimport('oscillator')

    SimBiology Model - Oscillator 
    
       Model Components:
         Models:            0
         Parameters:        0
         Reactions:         42
         Rules:             0
         Species:           23
    
  2. Получите configset объект объекта модели.

    configsetObj = getconfigset(modelObj)
    
     Configuration Settings - default (active)
         SolverType:           ode15s
         StopTime:             10.000000
    
       SolverOptions:
         AbsoluteTolerance:    1.000000e-006
         RelativeTolerance:    1.000000e-003
    
       RuntimeOptions:
         StatesToLog:          all
    
       CompileOptions:
         UnitConversion:       false
         DimensionalAnalysis:  true
  3. Получите CompileOptions объект.

    optionsObj = get(configsetObj,'CompileOptions')
    
    Compile Settings:
    
         UnitConversion:       false
         DimensionalAnalysis:  true
  4. Присвойте значение лжи к UnitConversion.

     set(optionsObj,'UnitConversion', true)

Смотрите также

get, getconfigset, sbiosimulate, set

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте