Симулируйте биологическую изменчивость дрожжей G цикл белка Используя деформации Дикого Типа и мутанта

В этом примере показано, как создать и применить вариант к модели белка G деформации дикого типа. Вариант представляет значение параметров для модели белка G деформации мутанта. Таким образом, когда вы симулируете модель, не применяя вариант, вы видите результаты для дикой деформации типа, и когда вы симулируете модель с вариантом, вы видите результаты для деформации мутанта. Этот пример использует модель, описанную в Модели Дрожжей Гетеротримерный Цикл Белка G.

Значение параметра kGd 0.11 для деформации дикого типа и 0.004 для деформации мутанта. Чтобы представлять деформацию мутанта, вы сохраните альтернативное значение 0.004 для kGd параметр в различном объекте, и применяет этот вариант при симуляции модели.

Для получения информации о вариантах смотрите Варианты в Моделях SimBiology.

Загрузите gprotein.sbproj проект, который включает переменную m1, SimBiology® объект модели.

sbioloadproject gprotein

Можно создать вариант исходной модели путем определения различного значения параметров для kGd параметр модели. Во-первых, добавьте вариант в m1 объект модели.

v1 = addvariant(m1,'mutant_strain');

Затем добавьте параметр kGd со значением 0.004 к различному объекту v1.

addcontent(v1,{'parameter','kGd','Value',0.004});

Симулируйте дикую модель типа.

[t,x,names] = sbiosimulate(m1);

Симулируйте модель деформации мутанта путем применения варианта.

[tV,xV,names] = sbiosimulate(m1,v1);

Постройте и сравните симулированные результаты.

subplot(1,2,1)
plot(t,x);
legend(names);
xlabel('Time');
ylabel('Amount');
title('Wild Type');

subplot(1,2,2)
plot(tV,xV);
legend(names);
xlabel('Time');
ylabel('Amount');
title('Mutant Strain');

Figure contains 2 axes objects. Axes object 1 with title Wild Type contains 7 objects of type line. These objects represent G, Gd, Ga, RL, R, Gbg, GaFrac. Axes object 2 with title Mutant Strain contains 7 objects of type line. These objects represent G, Gd, Ga, RL, R, Gbg, GaFrac.

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте