plotSurvival

Постройте функцию выживания Cox пропорциональная модель опасностей

Описание

пример

plotSurvival(coxMdl) строит базовую функцию выживания Cox пропорциональная модель coxMdl опасностей. Функция выживания во время t предполагаемая вероятность выживания до времени t. Термин baseline относится к функции выживания в решительной базовой линии предикторов. Это значение хранится в coxMdl.Baseline, и значением по умолчанию является среднее значение набора данных, используемого для обучения.

пример

plotSurvival(coxMdl,X) строит функцию выживания, когда предикторы имеют значения в X. График включает одну линию для каждой строки X.

пример

plotSurvival(coxMdl,X,Stratification) строит функцию выживания для данного значения переменной Stratification стратификации. Необходимо поссориться в Stratification для каждой строки в X.

Примечание

Когда вы обучаете coxMdl использование переменных стратификации и переменных предикторов передачи X, plotSurvival также требует, чтобы вы передали переменные стратификации.

пример

plotSurvival(coxMdl,ax,___) графики в заданных графических осях ax использование любой из комбинаций входных аргументов в предыдущих синтаксисах.

пример

plotSurvival(___,'Time',T) строит функцию выживания, время от времени перечисляемую в T.

graphics = plotSurvival(___) возвращает массив Stair графические объекты. Смотрите Свойства Ступеньки.

Примеры

свернуть все

Выполните Cox пропорциональная регрессия опасностей на lightbulb набор данных, который содержит симулированное время жизни лампочек. Первый столбец данных о лампочке содержит время жизни (в часах) двух различных типов ламп. Второй столбец содержит бинарную переменную, указывающую, флуоресцентна ли лампа или накалена; 0 указывает, что лампа флуоресцентна, и 1 указывает, что это - лампа накаливания. Третий столбец содержит информацию о цензурировании, где 0 указывает, что лампа наблюдалась, пока отказ, и 1 не указывает, что наблюдение было подвергнуто цензуре.

Соответствуйте Cox пропорциональная модель опасностей в течение времени жизни лампочек, объясняя цензурирование. Переменный предиктор является типом лампы.

load lightbulb
coxMdl = fitcox(lightbulb(:,2),lightbulb(:,1), ...
    'Censoring',lightbulb(:,3));

Постройте базовую функцию выживания в зависимости от времени t, значение вероятности, что лампочка перестала работать после времени t. По умолчанию базовая линия вычисляется для среднего значения предиктора, который в этом случае является mean(lightbulb(:,2))= 0.5 .

plotSurvival(coxMdl)

Figure contains an axes object. The axes object with title Estimated Survival Probability contains an object of type stair. This object represents Baseline.

Постройте выживание для флуоресцентных ламп (предиктор = 0) и лампы накаливания (предиктор = 1).

plotSurvival(coxMdl,[0;1])

Figure contains an axes object. The axes object with title Estimated Survival Probability contains 2 objects of type stair. These objects represent X=0, X=1.

Чтобы вычислить выживание без графического вывода, используйте survival.

Загрузите coxModel данные. (Эти симулированные данные сгенерированы в примере Cox Пропорциональный Объект модели Опасностей.) Модель под названием coxMdl имеет три уровня стратификации (1, 2, и 3) и предиктор X с тремя категориальными значениями (1, 1/20, и 1/100).

load coxModel

Постройте выживание для X = 1 на трех уровнях стратификации.

c1 = categorical(1);
X = [c1;c1;c1];
stratification = [1;2;3];
plotSurvival(coxMdl,X,stratification)
xlim([1,30])

Figure contains an axes object. The axes object with title Estimated Survival Probability contains 3 objects of type stair. These objects represent X=1, Stratification=1, X=1, Stratification=2, X=1, Stratification=3.

Загрузите coxModel данные. (Эти симулированные данные сгенерированы в примере Cox Пропорциональный Объект модели Опасностей.) Модель под названием coxMdl имеет три уровня стратификации (1, 2, и 3) и предиктор X с тремя категориальными значениями (1, 1/20, и 1/100).

load coxModel

Чтобы включить программируемое редактирование графика выживания, создайте оси.

h = figure;
axes1 = axes('Parent',h);

Постройте функцию выживания для X значение предиктора categorical(1) и уровень 3 стратификации. Этот уровень стратификации представляет постоянный показатель риска. Когда масштабируется журналом, получившийся график выживания должен, поэтому, быть близко к прямой линии. Постройте в течение многих времен 1 - 30.

oo = categorical(1);
plotSurvival(coxMdl,axes1,oo,3,'Time',linspace(1,30,300));
axes1.YScale = 'log';

Figure contains an axes object. The axes object with title Estimated Survival Probability contains an object of type stair. This object represents X=1, Stratification=3.

Входные параметры

свернуть все

Подходящая Cox пропорциональная модель опасностей в виде CoxModel объект. Создайте coxMdl использование fitcox.

Предикторы для модели в виде массива предикторов того же типа используются для учебного coxMdl. Каждая строка X представляет один набор предикторов.

Типы данных: double | table | categorical

Уровень стратификации в виде переменной или переменных того же типа используется для учебного coxMdl. Задайте одинаковое число строк в Stratification как в X.

Типы данных: single | double | logical | char | string | table | cell | categorical

Оси для графического вывода в виде графического объекта осей.

Времена для выживания оценивают в виде вектора действительных чисел. plotSurvival сортирует требуемые времена и преобразует их в вектор-столбец, при необходимости. Получившиеся значения линейно интерполированы со времен в обучающих данных.

Пример: 0:40

Типы данных: double

Введенный в R2021a
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте