Exponenta Banner

affysnpintensitysplit

Разделите информацию об интенсивности зонда SNP Affymetrix для аллелей A и B

Синтаксис

ProbeStructSplit = affysnpintensitysplit(ProbeStruct)
ProbeStructSplit = affysnpintensitysplit(ProbeStruct, 'Controls', ControlsValue)

Входные параметры

ProbeStructСтруктура MATLAB®, содержащая тестовую информацию об интенсивности от массива Affymetrix® Mapping DNA, такой, как возвращено celintensityread.
ControlsValueУправляет включением зондов управления в ProbeStructSplit. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

Выходные аргументы

ProbeStructSplitСтруктура MATLAB, содержащая тестовую информацию об интенсивности от Affymetrix Отображение массива DNA, разделенного в информацию для аллелей A и B.

Описание

ProbeStructSplit = affysnpintensitysplit(ProbeStruct) разделения ProbeStruct, структура, содержащая тестовую информацию об интенсивности от Affymetrix Отображение массива DNA, в ProbeStructSplit, структура, содержащая тестовую информацию об интенсивности от Affymetrix Отображение массива DNA, разделенного в информацию для аллелей A и B.

ProbeStructSplit содержит следующие поля.

Поле Описание
CDFName

Имя файла файла библиотеки Affymetrix CDF.

CELNames

Массив ячеек имен файлов Affymetrix CEL.

NumChips

Количество чтения файлов CEL во входную структуру.

NumProbeSets

Количество тестовых наборов в каждом файле CEL.

NumProbes

Максимальное количество зондов всего для одной аллели в каждом файле CEL.

Примечание

Если количество зондов для аллели A не является тем же самым что касается аллели B, большее число используется.

ProbeSetIDs

Массив ячеек тестовых идентификаторов набора из файла библиотеки Affymetrix CDF.

ProbeIndices

Вектор-столбец, содержащий информацию об индексации зонда всего для одной аллели в каждом файле ячейки. Зондами в тестовом наборе является пронумерованный 0 через N - 1, где N является количеством зондов для одной аллели в тестовом наборе.

Примечание

ProbeIndices имеет то же число элементов как NumProbes.

PMAIntensities

Матрица, содержащая идеальную пару (PM), зондируют значения интенсивности для аллели A. Каждая строка соответствует аллели зонд, и каждый столбец соответствует файлу CEL. Строкам упорядочивают тот же путь как в ProbeIndices, и столбцам упорядочивают тот же путь как во входном параметре CELFiles к функции celintensityread.

PMBIntensities

Матрица, содержащая идеальную пару (PM), зондируют значения интенсивности для аллели B. Каждая строка соответствует аллели B зонд, и каждый столбец соответствует файлу CEL. Строкам упорядочивают тот же путь как в ProbeIndices, и столбцам упорядочивают тот же путь как во входном параметре CELFiles к функции celintensityread.

(Дополнительный) MMAIntensities

Матрица, содержащая несоответствие (MM), зондирует значения интенсивности для аллели A. Каждая строка соответствует аллели зонд, и каждый столбец соответствует файлу CEL. Строкам упорядочивают тот же путь как в ProbeIndices, и столбцам упорядочивают тот же путь как во входном параметре CELFiles к функции celintensityread.

(Дополнительный) MMBIntensities

Матрица, содержащая несоответствие (MM), зондирует значения интенсивности для аллели B. Каждая строка соответствует аллели B зонд, и каждый столбец соответствует файлу CEL. Строкам упорядочивают тот же путь как в ProbeIndices, и столбцам упорядочивают тот же путь как во входном параметре CELFiles к функции celintensityread.

ProbeStructSplit = affysnpintensitysplit(ProbeStruct, 'Controls', ControlsValue) управляет возвратом интенсивности зонда управления. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

Примечание

Управляйте зондами, иногда содержат информацию только для одной аллели. В этом случае значение для соответствующей аллели (A или B), который не присутствует, установлено к NaN.

Примеры

Следующий пример принимает, что ваша текущая папка указывает на местоположение, содержащее файл библиотеки Mapping50K_Hind240.CDF и 18 файлов CEL, сопоставленных с этим файлом библиотеки CDF. Эти файлы сопоставлены с Affymetrix Отображение массива DNA.

  1. Используйте функцию celintensityread, чтобы считать файл библиотеки Mapping50K_Hind240.CDF и 18 файлов CEL, сопоставленных с ним в структуру MATLAB. 

    ps = celintensityread('*','Mapping50K_Hind240.CDF')

ps = 

          CDFName: 'Mapping50K_Hind240.CDF'
         CELNames: {18x1 cell}
         NumChips: 18
     NumProbeSets: 57299
        NumProbes: 1145780
      ProbeSetIDs: {57299x1 cell}
     ProbeIndices: [1145780x1 uint8]
     GroupNumbers: [1145780x1 uint8]
    PMIntensities: [1145780x18 single]

  2. Извлеките интенсивность зонда премьер-министра для аллели A и аллели B в другую структуру MATLAB без включения информации об интенсивности для зондов управления.

    ps_split = affysnpintensitysplit(ps)

ps_split = 

           CDFName: 'Mapping50K_Hind240.CDF'
          CELNames: {18x1 cell}
          NumChips: 18
      NumProbeSets: 57275
         NumProbes: 572750
       ProbeSetIDs: {57275x1 cell}
      ProbeIndices: [572750x1 uint8]
    PMAIntensities: [572750x18 single]
    PMBIntensities: [572750x18 single]

Смотрите также

| |

Представленный в R2008b

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка