Данные массива DNA Рида Аффиметрикса Мэппинга из файла аннотации формата CSV
AnnotStruct = affysnpannotread(File, PID)
AnnotStruct = affysnpannotread(File, PID,
'LookUpField', LookUpFieldValue)
File | Вектор символов или строка, задающая имя файла или путь и имя файла файла аннотации Affymetrix® CSV для Отображения 10K набор массивов, Отображение 100K набор массивов или Отображение 500K массив, установлены. Если вы задаете только имя файла, тот файл должен быть на пути поиска файлов MATLAB® или в текущей папке. |
PID | Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий один или несколько тестовых идентификаторов набора на Affymetrix, сопоставляющем массив. |
LookUpFieldValue | Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий одни или несколько заголовков столбцов в файле аннотации CSV Affymetrix. Значением по умолчанию являются поля, показанные в следующей таблице. |
AnnotStruct | Структура MATLAB, содержащая информацию для одного или нескольких зондов, устанавливает от
|
AnnotStruct = affysnpannotread(File, PID)File, файл аннотации CSV Affymetrix для Отображения 10K набор массивов, Отображение 100K набор массивов или Отображение 500K набор массивов, и возвращают AnnotStruct, структура MATLAB, содержащая информацию об аннотации для одного или нескольких тестовых наборов, заданных PID, вектором символов, строкой, вектором строки или массивом ячеек из символьных векторов, задающим один или несколько тестовых идентификаторов набора. AnnotStruct содержит подмножество полей в File. Поля описаны в следующей таблице.
Структура, созданная из файла аннотации CSV Affymetrix
| Поле | Описание |
|---|---|
ProbeSetIDs | Массив ячеек, содержащий уникальные тестовые идентификаторы набора, задан входом |
Chromosome | Массив ячеек, содержащий номер хромосомы, на котором расположен каждый тестовый набор. |
ChromPosition | Массив ячеек, содержащий SNP геномная позиция по хромосоме для каждого тестового набора. |
Cytoband | Массив ячеек, содержащий цитогенетическую область соединения хромосомы, на которой расположен каждый тестовый набор. |
Sequence | Массив ячеек, содержащий последовательность каждого тестового набора. |
AlleleA | Массив ячеек, содержащий основу, которая является аллелью для каждого тестового набора. |
AlleleB | Массив ячеек, содержащий основу, которая является аллелью B для каждого тестового набора. |
Accession | Массив ячеек, содержащий инвентарный номер GenBank® для каждого тестового набора. |
FragmentLength | Массив ячеек, содержащий длину каждого тестового набора. |
AnnotStruct = affysnpannotread(File, PID,
'LookUpField', LookUpFieldValue)LookUpFieldValue, вектором символов, строкой, вектором строки или массивом ячеек из символьных векторов, задающим одни или несколько заголовков столбцов в файле аннотации CSV Affymetrix. Значением по умолчанию являются поля, показанные в предыдущей таблице.
Можно загрузить файлы аннотации CSV Affymetrix, такие как Mapping50K_Xba240.na25.annot.csv от:
Следующий пример принимает, что вам сохранили файл Mapping50K_Xba240.CDF в C:\AffyLibFiles\, и что ваша текущая папка указывает на местоположение, содержащее файл аннотации Mapping50K_Xba240.na25.annot.csv.
Используйте функцию affyread, чтобы создать структуру, содержащую информацию из файла библиотеки Mapping50K_Xba240.CDF.
cdf = affyread('C:\AffyLibFiles\Mapping50K_Xba240.CDF');
Создайте переменную, содержащую массив ячеек имен тестовых наборов, которые хранятся в поле Name поля ProbeSets структуры cdf.
probesetIDs = {cdf.ProbeSets.Name}';
Возвратите структуру, содержащую информацию об аннотации для всех тестовых наборов в файле аннотации Mapping50K_Xba240.na25.annot.csv.
snpInfo = affysnpannotread('Mapping50K_Xba240.na25.annot.csv',probesetIDs)
snpInfo =
ProbeSetIDs: {59024x1 cell}
Chromosome: [59024x1 int8]
ChromPosition: [59024x1 double]
Cytoband: {59024x1 cell}
Sequence: {59024x1 cell}
AlleleA: {59024x1 cell}
AlleleB: {59024x1 cell}
Accession: {59024x1 cell}
FragmentLength: [59024x1 double]