PosX — x-координата ячейки

PosY — y-координата ячейки

Intensity — Значение интенсивности ячейки

StdDev — Стандартное отклонение значения интенсивности

'pixels' Количество пикселей в ячейке

Флаг Outlier — True/false, указывающий, была ли ячейка отмечена как выброс

Флаг Masked — True/false, указывающий, была ли ячейка замаскирована

ProbeType — Целое число, указывающее на тестовый тип (например, 1 = выражение)

Имя Имя тестового набора.

ProbeSetType — Тип тестового набора.

Флаг CompDataExists — True/false, указывающий, имеет ли тестовый набор дополнительную вычисленную информацию.

NumPairs — Количество тестовых пар в тестовом наборе.

NumPairsUsed — Количество тестовых пар в тестовом наборе, используемом для вычисления тестового сигнала набора (не замаскированный).

Signal — Итоговое значение интенсивности для тестового набора.

Detection — Индикатор статистически значимых различий между значением интенсивности зондов премьер-министра и значением интенсивности MM зондирует в одном тестовом наборе (Present, Absent или Marginal).

DetectionPValue — P-значение для индикатора Detection.

CommonPairs — То, когда CompDataExists является true, содержит количество общих пар между экспериментом и базовой линией после удаления выбросов и замаскированных зондов.

SignalLogRatio — То, когда CompDataExists является true, содержит изменение в сигнале между экспериментом и базовой линией.

SignalLogRatioLow — То, когда CompDataExists является true, содержит самые низкие отношения зондов между экспериментом и базовой линией.

SignalLogRatioHigh — То, когда CompDataExists является true, содержит самые высокие отношения зондов между экспериментом и базовой линией.

Change — То, когда CompDataExists является true, описывает, как зонд изменяется по сравнению с базовым экспериментом. Выбором является Increase, Marginal Increase, No Change, Decrease, or Marginal Decrease.

ChangePValue — То, когда CompDataExists является true, содержит p-значение, сопоставленное с Change.

Имя Имя тестового набора.

AlleleCall — Аллель, которая присутствует для тестового набора. Возможностями является AA (гомозиготный для главной аллели), AB (гетерозиготный для главной и незначительной аллели), BB (гомозиготный для незначительной аллели), или NoCall (не могущий определить аллель).

Confidence — Мера точности вызова аллели.

RAS1 — Относительный Сигнал 1 Аллели для сайта SNP, который вычисляется с помощью зондов смысла.

RAS2 — Относительный Сигнал 2 Аллели для сайта SNP, который вычисляется с помощью зондов антисмысла.

PValueAA — p-значение для вызова AA.

PValueAB — p-значение для вызова AB.

PValueBB — p-значение для вызова BB.

PValueNoCall — p-значение для вызова NoCall.

CalledBases — 1 NumProbeSets вектором символов, содержащим основы, вызван алгоритмом переупорядочивания. Возможными значениями является a, c, g, t и n.

Scores — 1 NumProbeSets массивом, содержащим счет, сопоставлен с каждым основным вызовом.

probe_id — ID зонда, чтобы использовать для фонового исправления.

probeset_id — ID тестового набора в файле PGF, которому принадлежит зонд.

ввод Информация о классификации для зонда.

gc_count — Объединенное количество G и C базируется в зонде.

probe_length — Длина зонда в парах оснований.

interrogation_position — Положение опроса зонда. Это обычно 13 для 25-mer зондов PM/MM.

probe_sequence — Последовательность зонда на массиве, входя в направление от массива появляется к решению. Для большинства стандартных массивов Affymetrix это направление от 3' к 5'. Например, для цели смысла (Св.) зонд (см. поле probe_type), дополните последовательность в этом поле перед поиском соответствий к последовательностям расшифровки стенограммы. Для цели антисмысла (в) инвертируйте эту последовательность.

atom_id — ID атома, которому принадлежит зонд.

x Координата столбца зонда в файле CEL.

y Координата строки зонда в файле CEL.

probeset_type — Информация о классификации для тестового набора, такого как управление, affx, или скачок. Эта информация о типе может включать несколько классификаций и может также быть вложена.

probe_type — Информация о классификации для зонда, такой как пополудни (идеальная пара), мм (несоответствие), Св. (обнаруживают цель), или в (цель антисмысла). Эта информация о типе может включать несколько классификаций и может также быть вложена.

GroupNumber — Номер, идентифицирующий группу, которой принадлежит тестовая пара. Для массивов выражения этим значением всегда является 1. Для массивов генотипирования этим значением обычно является 1 (аллель A, смысл), 2 (аллель B, смысл), 3 (аллель A, антисмысл), или 4 (аллель B, антисмысл).

Direction — Номер, идентифицирующий направление тестовой пары. 1 = смысл и 2 = антисмысл.

PMPosX — x-координата зонда идеальной пары.

PMPosY — y-координата зонда идеальной пары.

MMPosX — x-координата зонда несоответствия.

MMPosY — y-координата зонда несоответствия.

Имя Имя тестового набора.

ProbeSetType — Тип тестового набора.

Флаг CompDataExists — True/false, указывающий, имеет ли тестовый набор дополнительную вычисленную информацию.

NumPairs — Количество тестовых пар в тестовом наборе.

NumQCProbes — Количество QC зондирует в тестовом наборе.

QCType — Тип зондов QC.

GroupNames — Имя группы, которой принадлежит тестовый набор. Для массивов выражения это поле содержит имя тестового набора. Для массивов генотипирования это поле содержит имя аллелей, например, {'A' 'C' 'A' 'C'}'.

ProbePairs — NumPairs-by-6 массив информации о тестовых парах. Имена столбцов этого массива содержатся в поле ProbeSetColumnNames.