Составьте таблицу результатов четырехразрядного байта зонда SNP для набора зонда Affymetrix
SNPQStruct =
affysnpquartets(CELStruct, CDFStruct, PS)
CELStruct | Структура, созданная affyread, функционирует из файла Affymetrix® CEL, который содержит информацию о значениях интенсивности отдельных зондов. |
CDFStruct | Структура, созданная affyread, функционирует из файла библиотеки Affymetrix CDF, сопоставленного с файлом CEL. Файл библиотеки CDF содержит информацию, о которой принадлежат зонды, на который зонд установил. |
PS | Тестовый индекс набора или тестовый ID/имя набора. |
SNPQStruct | Структура, содержащая тестовый четырехразрядный байт, происходит для определенного набора зонда SNP от данных в файле CEL и сопоставленном файле библиотеки CDF. |
SNPQStruct =
affysnpquartets(CELStruct, CDFStruct, PS)SNPQStruct, структура, содержащая тестовые результаты четырехразрядного байта для определенного набора зонда SNP, заданного PS, от данных тестового уровня в файле CEL и сопоставленном файле библиотеки CDF. CELStruct является структурой, созданной функцией affyread из файла Affymetrix CEL. PS является тестовым индексом набора или тестовым ID/именем набора от CDFStruct, структура, созданная функцией affyread из файла библиотеки Affymetrix CDF, сопоставленного с файлом CEL. SNPQStruct является структурой, содержащей следующие поля.
| Поле | Описание |
|---|---|
'ProbeSet' | Идентификатор для тестового набора. |
'AlleleA' | Вектор символов, задающий основу, которая является аллелью для тестового набора. |
'AlleleB' | Вектор символов, задающий основу, которая является аллелью B для тестового набора. |
'Quartet' | Массив структур, содержащий значения интенсивности для PM (идеальная пара) и MM (несоответствие), зондирует пары, включая смысл и зонды антисмысла для аллелей A и B. Каждая структура в массиве соответствует тестовой паре в тестовом наборе. |
Следующий пример использует файл NA06985_Hind_B5_3005533.CEL. Можно загрузить это и другие демонстрационные файлы CEL от:
Файл NA06985_Hind_B5_3005533.CEL включен в файл 100K_trios.hind.1.zip.
Следующий пример использует файл библиотеки CDF для Отображения 50K Задние 240 массивов, с которых можно загрузить:
Следующий пример принимает, что файл NA06985_Hind_B5_3005533.CEL хранится на пути поиска файлов MATLAB® или в текущей папке. Это также принимает, что связанный файл библиотеки CDF, Mapping50K_Hind240.cdf, хранится в D:\Affymetrix\LibFiles\.
Считайте содержимое файла CEL в структуру MATLAB.
celStruct = affyread('NA06985_Hind_B5_3005533.CEL');Считайте содержимое CDF-файла в структуру MATLAB.
cdfStruct = affyread('D:\Affymetrix\LibFiles\Mapping50K_Hind240.cdf');Создайте структуру, содержащую результаты четырехразрядного байта зонда SNP для набора зонда SNP_A-1684395.
SNPQStruct = affysnpquartets(celStruct,cdfStruct,'SNP_A-1684395')
SNPQStruct =
ProbeSet: 'SNP_A-1684395'
AlleleA: 'A'
AlleleB: 'G'
Quartet: [1x5 struct]Просмотрите значения интенсивности первой тестовой пары в тестовом наборе.
SNPQStruct.Quartet(1)
ans =
A_Sense_PM: 5013
B_Sense_PM: 1290
A_Sense_MM: 1485
B_Sense_MM: 686
A_Antisense_PM: 3746
B_Antisense_PM: 1406
A_Antisense_MM: 1527
B_Antisense_MM: 958