probesetvalues

Составьте таблицу зонда Affymetrix установленные значения интенсивности

свернуть все на странице

Синтаксис

PSValues = probesetvalues(CELStruct, CDFStruct, PS)
PSValues = probesetvalues(CELStruct, CDFStruct, PS, 'Background', BackgroundValue)
ColumnNames = probesetvalues

Входные параметры

CELStruct Структура, созданная affyread, функционирует из файла Affymetrix® CEL.
CDFStructСтруктура, созданная affyread, функционирует из файла библиотеки Affymetrix CDF, сопоставленного с файлом CEL.
PSТестовый индекс набора или тестовый ID/имя набора.
BackgroundValue

Управляет фоновым исправлением в вычислении. Выбор:

  • true (значение по умолчанию) — Фоновые значения от поля Background в матрице PSValues используются, чтобы вычислить тестовые значения интенсивности.

  • ложь Фоновые значения не вычисляются.

  • Вектор предрасчетных фоновых значений (такой, как возвращено функцией zonebackadj), чья длина равна количеству зондов в CELStruct. Эти фоновые значения используются, чтобы вычислить тестовые значения интенсивности.

Совет

Включая фоновое исправление в вычислении тестовой интенсивности значения могут быть медленными. Поэтому установка 'Background' к false может ускорить вычисление. Однако значения, возвращенные в поле 'Background' матрицы PSValues, будут нулем.

Выходные аргументы

PSValuesМатрица с двадцатью столбцами с одной строкой для каждой тестовой пары в тестовом наборе.
ColumnNamesМассив ячеек из символьных векторов, содержащий имена столбцов матрицы PSValues. Это возвращено только, когда вы вызываете probesetvalues без входных параметров.

Описание

PSValues = probesetvalues(CELStruct, CDFStruct, PS) составляет таблицу значений интенсивности для PS, тестового набора, от данных тестового уровня в CELStruct, структура, созданная функцией affyread из файла Affymetrix CEL. PS является тестовым индексом набора или тестовым ID/именем набора от CDFStruct, структура, созданная функцией affyread из файла библиотеки Affymetrix CDF, сопоставленного с файлом CEL. PSValues является матрицей с двадцатью столбцами с одной строкой для каждой тестовой пары в тестовом наборе. Столбцы соответствуют следующим полям.

СтолбецПоле Описание
1'ProbeSetNumber'Номер, идентифицирующий тестовый набор, которому принадлежит тестовая пара.
2'ProbePairNumber'Индекс тестовой пары в тестовом наборе.
3'UseProbePair'Это поле для обратной совместимости только и в настоящее время не используется.
4'Background'Предполагаемый фон тестовых значений интенсивности тестовой пары.
5'PMPosX'x-координата зонда идеальной пары.
6'PMPosY'y-координата зонда идеальной пары.
7'PMIntensity'Значение интенсивности зонда идеальной пары.
8'PMStdDev'Стандартное отклонение значения интенсивности зонда идеальной пары.
9'PMPixels'Количество пикселей в ячейке, содержащей зонд идеальной пары.
10'PMOutlier'Истинный/ложный флаг, указывающий, был ли зонд идеальной пары отмечен как выброс.
11'PMMasked'Истинный/ложный флаг, указывающий, был ли зонд идеальной пары замаскирован.
12'MMPosX'x-координата зонда несоответствия.
13'MMPosY'y-координата зонда несоответствия.
14'MMIntensity'Значение интенсивности зонда несоответствия.
15'MMStdDev'Стандартное отклонение значения интенсивности зонда несоответствия.
16'MMPixels'Количество пикселей в ячейке, содержащей зонд несоответствия.
17'MMOutlier'Истинный/ложный флаг, указывающий, был ли зонд несоответствия отмечен как выброс.
18'MMMasked'Истинный/ложный флаг, указывающий, был ли зонд несоответствия замаскирован.
19'GroupNumber'Номер, идентифицирующий группу, которой принадлежит тестовая пара. Для массивов выражения это всегда - 1. Для массивов генотипирования это обычно - 1 (аллель A, смысл), 2 (аллель B, смысл), 3 (аллель A, антисмысл), или 4 (аллель B, антисмысл).
20'Direction'Номер, идентифицирующий направление тестовой пары. 1 = смысл и 2 = антисмысл.

Примечание

MATLAB использует 1 - базирующаяся индексация для зонда определила номера, в то время как CDF-файл Affymetrix использует 0 - базирующаяся индексация для зонда определила номера. Например, CDFStruct.ProbeSets(1) имеет ProbeSetNumber 0 в поле ProbePairs.

PSValues = probesetvalues(CELStruct, CDFStruct, PS, 'Background', BackgroundValue) управляет фоновым исправлением в вычислении. BackgroundValue может быть:

  • true (значение по умолчанию) — Фоновые значения от поля Background в матрице PSValues используются, чтобы вычислить тестовые значения интенсивности.

  • ложь Фоновые значения не вычисляются.

  • Вектор предрасчетных фоновых значений (такой, как возвращено функцией zonebackadj), чья длина равна количеству зондов в CELStruct. Эти фоновые значения используются, чтобы вычислить тестовые значения интенсивности.

Совет

Включая фоновое исправление в вычислении тестовой интенсивности значения могут быть медленными. Поэтому установка 'Background' к false может ускорить вычисление. Однако значения, возвращенные в поле 'Background' матрицы PSValues, будут нулем.

ColumnNames = probesetvalues возвращает массив ячеек из символьных векторов, содержащий имена столбцов матрицы PSValues. ColumnNames возвращен только, когда вы вызываете probesetvalues без входных параметров. Информация, содержавшаяся в ColumnNames, характерна для всех массивов Affymetrix GeneChip®.

Примеры

свернуть все

Открыть скрипт

Этот пример использует выборочные данные от E. coli Массив Генома Антисмысла. Загрузите данные из Demo_Data_E-coli-antisense.zip. Извлеките файлы данных из архива DTT использование Инструмента Передачи данных.

Также необходимо загрузить Ecoli_ASv2. Файл библиотеки CDF для E. coli Массив Генома Антисмысла. У вас могут уже быть эти файлы, если у вас есть какое-либо программное обеспечение Affymetrix GeneChip, установленное на вашей машине. В противном случае получите файлы библиотеки путем загрузки и разархивации E. coli zip-файл Генома Антисмысла Массивов.

Считайте содержимое файла CEL в структуру MATLAB.

celStruct = affyread('Ecoli-antisense-121502.CEL');

Считайте содержимое CDF-файла в структуру MATLAB.

cdfStruct = affyread('C:\LibFiles\Ecoli_ASv2.CDF');

Используйте функцию zonebackadj, чтобы возвратить матричный или массив ячеек векторов, содержащих предполагаемые фоновые значения для каждого зонда.

[baData,zones,background] = zonebackadj(celStruct,'cdf',cdfStruct);

Составьте таблицу значений интенсивности для набора зонда argG_b3172_at.

psvals = probesetvalues(celStruct, cdfStruct, 'argG_b3172_at',...
         'background',background)

psvals =

   1.0e+03 *

  Columns 1 through 7

    5.2120         0         0    0.0454    0.4300    0.1770    0.1690
    5.2120    0.0010         0    0.0455    0.4310    0.1770    0.1273
    5.2120    0.0020         0    0.0455    0.4320    0.1770    0.1270
    5.2120    0.0030         0    0.0455    0.4330    0.1770    0.1333
    5.2120    0.0040         0    0.0455    0.4340    0.1770    0.2123
    5.2120    0.0050         0    0.0455    0.4350    0.1770    0.1495
    5.2120    0.0060         0    0.0455    0.4360    0.1770    0.0503
    5.2120    0.0070         0    0.0456    0.4370    0.1770    0.1525
    5.2120    0.0080         0    0.0456    0.4380    0.1770    0.1645
    5.2120    0.0090         0    0.0456    0.4390    0.1770    0.1260
    5.2120    0.0100         0    0.0456    0.4400    0.1770    0.0540
    5.2120    0.0110         0    0.0456    0.4410    0.1770    0.0833
    5.2120    0.0120         0    0.0457    0.4420    0.1770    0.0955
    5.2120    0.0130         0    0.0457    0.4430    0.1770    0.1100
    5.2120    0.0140         0    0.0457    0.4440    0.1770    0.2510

  Columns 8 through 14

    0.0354    0.0250         0         0    0.4300    0.1780    0.1635
    0.0218    0.0300         0         0    0.4310    0.1780    0.1003
    0.0237    0.0300         0         0    0.4320    0.1780    0.1750
    0.0259    0.0360         0         0    0.4330    0.1780    0.0940
    0.0433    0.0360         0         0    0.4340    0.1780    0.1718
    0.0275    0.0360         0         0    0.4350    0.1780    0.1540
    0.0112    0.0300         0         0    0.4360    0.1780    0.0460
    0.0377    0.0360         0         0    0.4370    0.1780    0.1070
    0.0312    0.0360         0         0    0.4380    0.1780    0.0973
    0.0234    0.0360         0         0    0.4390    0.1780    0.1213
    0.0112    0.0360         0         0    0.4400    0.1780    0.0540
    0.0174    0.0360         0         0    0.4410    0.1780    0.0623
    0.0171    0.0300         0         0    0.4420    0.1780    0.0840
    0.0196    0.0360         0         0    0.4430    0.1780    0.0925
    0.0460    0.0360         0         0    0.4440    0.1780    0.1118

  Columns 15 through 20

    0.0241    0.0300         0         0    0.0010    0.0020
    0.0146    0.0360         0         0    0.0010    0.0020
    0.0286    0.0360         0         0    0.0010    0.0020
    0.0227    0.0300         0         0    0.0010    0.0020
    0.0365    0.0300         0         0    0.0010    0.0020
    0.0303    0.0300         0         0    0.0010    0.0020
    0.0098    0.0250         0         0    0.0010    0.0020
    0.0210    0.0360         0         0    0.0010    0.0020
    0.0219    0.0360         0         0    0.0010    0.0020
    0.0253    0.0360         0         0    0.0010    0.0020
    0.0129    0.0360         0         0    0.0010    0.0020
    0.0125    0.0360         0         0    0.0010    0.0020
    0.0186    0.0300         0         0    0.0010    0.0020
    0.0220    0.0360         0         0    0.0010    0.0020
    0.0207    0.0360         0         0    0.0010    0.0020

Смотрите также

| | | | | | |

Темы

Представлено до R2006a

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте