Класс: BioIndexedFile
Получите записи из исходного файла, сопоставленного с объектом BioIndexedFile с помощью алфавитно-цифрового ключа
Entries = getEntryByKey(BioIFobj, Key)
Entries = getEntryByKey(BioIFobj, Key)BioIFobj, объектом BioIndexedFile. Это извлекает и конкатенирует записи, заданные Key, вектором символов или массивом ячеек из символьных векторов, задающим один или несколько алфавитно-цифровых ключей. Это возвращает Entries, вектор символов конкатенированных записей. Если ключи в исходном файле не уникальны, он возвращает все записи, которые совпадают с заданным ключом, всеми в положении ключа в массиве ячеек Key. Если ключи в исходном файле уникальны, существует непосредственное отношение между номером и порядком элементов в Key и выводе Entries.
|
Объект класса |
|
Вектор символов или массив ячеек из символьных векторов, задающий один или несколько ключей в исходном файле, сопоставленном с |
|
Вектор символов конкатенированных записей, извлеченных от исходного файла, сопоставленного с |
Создайте объект BioIndexedFile получить доступ к таблице, содержащей перекрестные ссылки между условиями генной онтологии (GO) и названиями генов:
% Create variable containing full absolute path of source file
sourcefile = which('yeastgenes.sgd');
% Create a BioIndexedFile object from the source file. Indicate
% the source file is a tab-delimited file where contiguous rows
% with the same key are considered a single entry. Store the
% index file in the Current Folder. Indicate that keys are
% located in column 3 and that header lines are prefaced with !
gene2goObj = BioIndexedFile('mrtab', sourcefile, '.', ...
'KeyColumn', 3, 'HeaderPrefix','!')Возвратите записи в исходный файл, которые заданы ключами AAC1 и AAD10:
% Access entries that have the keys AAC1 and AAD10
subset_entries = getEntryByKey(gene2goObj, {'AAC1' 'AAD10'});
Используйте этот метод, чтобы визуализировать и исследовать подмножество записей в исходном файле в целях валидации.