Импорт данных
Импортируйте данные NGS, сохраненные в различных форматах файлов, таких как FASTA, FASTQ, СЭМ и файлы BAM. Считайте аннотации функции из GTF и файлов GFF. Используйте различные объекты получить доступ и управлять данными NGS. Например, объект BioIndexedFile позволяет вам эффективно текстовые файлы доступа с записями неоднородного размера, такими как последовательности и аннотации. Используйте объект получить доступ к отдельным записям или подмножеству записей, когда исходный файл будет слишком большим, чтобы уместиться в памяти. Используйте BioMap, и BioRead возражает, чтобы сохранить и справиться, последовательность считала данные, содержащие информацию о заголовках, качествах и выравниваниях.
Функции
Классы
Примеры и руководства
Работа с данными об упорядочивании следующего поколения
Используйте объекты BioIndexedFile извлечь записи от больших файлов с помощью индексов или ключей и данных о синтаксическом анализе с помощью пользовательских функций.
Управляйте последовательностью считанные данные в объектах
Используйте BioMap, и BioRead возражает, чтобы получить доступ и управлять данными об Упорядочивании следующего поколения (NGS) из различных форматов файлов, таких как FASTQ, СЭМ и файлы BAM.
Сохраните и управляйте аннотациями функции в объектах
Используйте GTF, и GFF показывают объекты аннотации, чтобы получить информацию о функции из одной или нескольких ссылочных последовательностей.
Концепции
Доступ к онлайновым базам данных и репозиториям с помощью различных функций MATLAB® и импортирует данные к рабочей области для последующих анализов.
