Класс: BioIndexedFile
Считайте одну или несколько записей из исходного файла, сопоставленного с объектом BioIndexedFile
Output = read(BioIFobj, Indices)
Output = read(BioIFobj, Key)
Output = read(BioIFobj, Indices)Indices от исходного файла, сопоставленного с BioIFobj, объектом BioIndexedFile. Indices является вектором положительных целых чисел, задающих индексы к записям в исходном файле. Метод read читает и анализирует записи с помощью функции, заданной свойством Interpreter объекта BioIndexedFile. Непосредственное отношение существует между номером и порядком элементов в Indices и Output, даже если Indices повторил записи. Output является структурой или массивом структур, содержащих проанализированные данные, возвращенные функцией интерпретатора.
Output = read(BioIFobj, Key)Key от исходного файла, сопоставленного с BioIFobj, объектом BioIndexedFile. Key является вектором символов или массивом ячеек из символьных векторов, задающим один или несколько ключей к записям в исходном файле. Метод read читает и анализирует записи с помощью функции, заданной свойством Interpreter объекта BioIndexedFile. Если ключи в исходном файле не уникальны, метод read читает все записи, которые совпадают с заданным ключом, всеми в положении ключа в массиве ячеек Key. Если ключи в исходном файле уникальны, существует непосредственное отношение между номером и порядком элементов в Key и Output.
|
Объект класса |
|
Вектор положительных целых чисел, задающих индексы к записям в исходном файле, сопоставленном с |
|
Вектор символов или массив ячеек из символьных векторов, задающий один или несколько ключей в исходном файле. |
|
Структура или массив структур, содержащих проанализированные данные, возвращенные функцией интерпретатора. |
Создайте объект BioIndexedFile получить доступ к таблице, содержащей перекрестные ссылки между условиями генной онтологии (GO) и названиями генов:
% Create variable containing full absolute path of source file
sourcefile = which('yeastgenes.sgd');
% Create a BioIndexedFile object from the source file. Indicate
% the source file is a tab-delimited file where contiguous rows
% with the same key are considered a single entry. Store the
% index file in the Current Folder. Indicate that keys are
% located in column 3 and that header lines are prefaced with !
gene2goObj = BioIndexedFile('mrtab', sourcefile, '.', ...
'KeyColumn', 3, 'HeaderPrefix','!')Считайте ПОЙТИ термин из всех записей, которые сопоставлены с геном YAT2:
% Access entries that have the string YAT2 in their keys YAT2_entries = getEntryByKey(gene2goObj, 'YAT2'); % Adjust the object interpreter to return only the column % containing the GO term gene2goObj.Interpreter = @(x) regexp(x,'GO:\d+','match') % Parse the entries with a key of YAT2 and return all GO terms % from those entries GO_YAT2_entries = read(gene2goObj, 'YAT2')
GO_YAT2_entries = 'GO:0004092' 'GO:0005737' 'GO:0006066' 'GO:0006066' 'GO:0009437'
Перед использованием метода read убедитесь, что свойство Interpreter объекта BioIndexedFile установлено соответственно. Свойство Interpreter является указателем на функцию, которая анализирует записи в исходном файле. Функция интерпретатора должна принять вектор символов одной или нескольких конкатенированных записей и возвратить структуру или массив структур, содержащих интерпретированные данные.
Если объект BioIndexedFile был создан из исходного файла со специализированным форматом, таким как 'SAM', 'FASTQ' или 'FASTA', свойство Interpreter по умолчанию является указателем на функцию, подходящую для того типа файла, и обычно не требует, чтобы вы изменили его. Если объект BioIndexedFile был создан из исходного файла с 'TABLE', 'MRTAB' или форматом 'FLAT', то свойством Interpreter по умолчанию является [], что означает, интерпретатор является анонимной функцией, в которой вывод эквивалентен входу.
Для получения информации об установке свойства Interpreter смотрите класс BioIndexedFile.