Exponenta Banner

getSummary

Класс: BioMap

Распечатайте сводные данные объекта BioMap

Синтаксис

getSummary(BioObj)
ds = getSummary(BioObj)

Описание

getSummary(BioObj) распечатывает сводные данные объекта BioMap. Сводные данные включают имена ссылок, количество последовательностей, сопоставленных с каждой ссылкой и геномной областью значений, которую последовательности покрывают в каждой ссылке.

ds = getSummary(BioObj) возвращает итоговую информацию в массиве dataset.

Входные параметры

BioObj

Объект класса BioMap.

Выходные аргументы

ds

Массив dataset, содержащий сводные данные объекта BioMap, BioObj. Массив набора данных имеет наблюдение (строка) для каждой ссылки в BioObj и две переменные (столбцы): количество последовательностей, сопоставленных с каждой ссылкой и геномной областью значений, которую последовательности покрывают в каждой ссылке.

getSummary хранит дополнительные метаданные для объекта BioMap в свойстве UserData ds, который можно получить доступ к использованию ds.Properties.UserData.

Примеры

Создайте объект BioMap, и затем отобразите сводные данные объекта:

% Construct a BioMap object from a SAM file 
BMObj2 = BioMap('ex2.sam');
getSummary(BMObj2)
BioMap summary:
                                  Name: ''
                        Container_Type: 'Data is file indexed.'
             Total_Number_of_Sequences: 3307
    Number_of_References_in_Dictionary: 2

            Number_of_Sequences    Genomic_Range
    seq1    1501                   1  1569      
    seq2    1806                   1  1567

Смотрите также

Темы

Внешние веб-сайты

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка