Документация

Предпосылки

Объект BioRead представляет набор чтений последовательности. Каждый элемент в объекте сопоставлен с последовательностью, заголовком последовательности и информацией о качестве последовательности.

Создайте объект BioRead одним из двух способов:

Создайте объект BioRead из FASTQ-или SAM-отформатированного файла

Используйте функцию конструктора BioRead, чтобы создать объект BioRead из FASTQ-отформатированного файла и установить свойство Name:

BRObj1 = BioRead('SRR005164_1_50.fastq', 'Name', 'MyObject')

BRObj1 = 

  BioRead with properties:

     Quality: [50x1 File indexed property]
    Sequence: [50x1 File indexed property]
      Header: [50x1 File indexed property]
       NSeqs: 50
        Name: 'MyObject'

Построение функции конструктора объект BioRead и, если индексный файл уже не существует, это также, создает индексный файл с тем же именем файла, но с.IDX расширением. Этот индексный файл, по умолчанию, хранится в том же месте как исходный файл.

Предпосылки

Объект BioMap представляет набор чтений последовательности, которые сопоставляют против одной ссылочной последовательности. Каждый элемент в объекте сопоставлен с последовательностью чтения, заголовком последовательности, информацией о качестве последовательности и информацией о выравнивании/отображении.

При построении объекта BioMap из файла BAM максимальный размер файла ограничивается операционной системой и доступной памятью.

Создайте объект BioMap одним из двух способов:

Создайте объект BioMap из SAM-или отформатированного BAM файла

Функция конструктора создает объект BioMap и, если индексные файлы уже не существуют, она также создает один или два индексных файла:

Создайте объект BioMap из структуры BAM или SAM

Получите свойство из объекта BioRead или BioMap

Можно получить определенное свойство из элементов в объекте BioRead или BioMap.

Например, чтобы получить все заголовки из объекта BioRead, используйте свойство Header можно следующим образом:

allHeaders = BRObj1.Header;

Этот синтаксис возвращает массив ячеек, содержащий заголовки для всех элементов в объекте BioRead.

Точно так же, чтобы получить всех запускают положения выровненных последовательностей чтения от объекта BioMap, используют свойство Start объекта:

allStarts = BMObj1.Start;

Этот синтаксис возвращает вектор, содержащий положения запуска выровненных последовательностей чтения относительно чисел положения в ссылочной последовательности в объекте BioMap.

Получите несколько свойств из объекта BioRead или BioMap

Можно получить несколько свойств из объекта BioRead или BioMap в одной команде с помощью метода get. Например, чтобы получить и запустите информацию о положениях и заголовках объекта BioMap, используйте метод get можно следующим образом:

multiProp = get(BMObj1, {'Start', 'Header'});

Этот синтаксис возвращается, массив ячеек, содержащий всех, запускают информацию о положениях и заголовках объекта BioMap.

Получите подмножество информации от объекта BioRead или BioMap

Используйте специализировал методы get с числовым вектором, логическим вектором или массивом ячеек заголовков, чтобы получить подмножество информации от объекта. Например, чтобы получить первые 10 элементов из объекта BioRead, используйте метод getSubset:

newBRObj = getSubset(BRObj1, [1:10]);

Этот синтаксис возвращает новый объект BioRead, содержащий первые 10 элементов в исходном объекте BioRead.

Например, чтобы получить первые 12 положений последовательностей с заголовками SRR005164.1, SRR005164.7 и SRR005164.16, используют метод getSubsequence:

subSeqs = getSubsequence(BRObj1, ...
          {'SRR005164.1', 'SRR005164.7', 'SRR005164.16'}, [1:12]')

subSeqs = 

    'TGGCTTTAAAGC'
    'CCCGAAAGCTAG'
    'AATTTTGCGGCT'

Например, чтобы получить информацию о третьем элементе в объекте BioMap, используйте метод getInfo:

Info_3 = getInfo(BMObj1, 3);

Этот синтаксис возвращает разграниченный вкладкой вектор символов, содержащий эту информацию для третьего элемента:

Предпосылки

Чтобы изменить свойства (кроме Name и Reference) объекта BioRead или BioMap, данные должны быть в памяти, и не индексированы. Гарантировать данные находится в памяти, выполнить одно из следующих действий:

Обеспечьте пользовательские заголовки для последовательностей

Во-первых, создайте объект с данными в памяти:

BRObj1 = BioRead('SRR005164_1_50.fastq','InMemory',true);

Чтобы обеспечить пользовательские заголовки для последовательностей интереса (в этом случае последовательности 1 - 5), сделайте следующее:

BRObj1.Header(1:5) = {'H1', 'H2', 'H3', 'H4', 'H5'};

Также можно использовать метод setHeader:

BRObj1 = setHeader(BRObj1, {'H1', 'H2', 'H3', 'H4', 'H5'}, [1:5]);

Несколько других специализированных методов set позволяют вам установить свойства подмножества элементов в объекте BioRead или BioMap.

Отфильтруйте несопоставленные последовательности чтения

Отфильтруйте последовательности чтения, которые не сопоставлены в паре