Класс: geneont
Преобразуйте объект geneont в матрицу отношения
[Matrix, ID, Relationship]
= getmatrix(GeneontObj)
[ преобразовывает объект geneont, Matrix, ID, Relationship]
= getmatrix(GeneontObj)GeneontObj, в Matrix, матрицу значений отношения между узлами (индексы строки и столбца), в котором 0 не указывает ни на какое отношение, 1 указывает на “is_a” отношение, и 2 указывает на “part_of” отношение. ID является вектор-столбцом, перечисляющим Генные идентификаторы Онтологии, которые соответствуют строкам и столбцам Matrix. Relationship является массивом ячеек из символьных векторов, задающим типы отношений.
GeneontObj | Объект geneont, такой, как создано функцией конструктора geneont. |
Matrix | Матрица значений отношения между узлами (индексы строки и столбца), в котором 0 не указывает ни на какое отношение, 1, указывает на “is_a” отношение, и 2 указывает на “part_of” отношение. |
ID | Вектор-столбец, перечисляющий Генные идентификаторы Онтологии, которые соответствуют строкам и столбцам Matrix. |
Relationship | Массив ячеек из символьных векторов, задающий типы отношений. |
Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology с сети в объект geneont в MATLAB.
GO = geneont('LIVE',true) Программное обеспечение MATLAB создает объект geneont и отображает количество условий в базе данных.
Gene Ontology object with 27595 Terms.
Преобразуйте этот объект geneont в матрицу отношения.
[MATRIX, ID, REL] = getmatrix(GO);
goannotread | num2goid | term