Exponenta Banner

goannotread

Читайте аннотации от Джина Онтолоджи аннотировали файл

свернуть все на странице

Синтаксис

Annotation = goannotread(File)
Annotation = goannotread(File, ...'Fields', FieldsValue, ...)
Annotation = goannotread(File, ...'Aspect', AspectValue, ...)

Входные параметры

File

Вектор символов или строка, задающая имя файла Генной онтологии (GO), аннотировали формат (GAF) файл.

FieldsValue

Вектор символов, строка, вектор строки или массив ячеек из символьных векторов, задающий одно или несколько полей, чтобы читать из Генной Онтологии, аннотировали файл. Значение по умолчанию должно считать все поля. Допустимые поля описаны ниже.

AspectValue

Вектор символов или строка, задающая один или несколько символов. Допустимые аспекты:

  • P Биологический процесс

  • F Молекулярная функция

  • C Сотовый компонент

Значением по умолчанию является 'CFP', который задает, чтобы считать все аспекты.

Выходные аргументы

AnnotationМассив MATLAB® структур, содержащих аннотации от Генной Онтологии, аннотировал файл.

Описание

Примечание

Функция goannotread поддерживает GAF 1.0 и 2,0 форматов файлов.

Annotation = goannotread(File) преобразовывает содержимое File, Генная Онтология аннотировала файл, в Annotation, массив структур. Файлам должен задать структуру Генный консорциум Онтологии, доступный в:

http://www.geneontology.org/

Annotation = goannotread(File, ...'PropertyName', PropertyValue, ...) вызывает goannotread с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

Annotation = goannotread(File, ...'Fields', FieldsValue, ...) указывает, что поля, чтобы читать из Генной Онтологии аннотировали файл. FieldsValue является вектором символов, строкой, вектором строки или массивом ячеек из символьных векторов, задающим одно или несколько полей. Значение по умолчанию должно считать все поля. Допустимые поля:

  • Database

  • DB_Object_ID

  • DB_Object_Symbol

  • Qualifier

  • GOid

  • DBReference

  • Evidence

  • WithFrom

  • Aspect

  • DB_Object_Name

  • Synonym

  • DB_Object_Type

  • Taxon

  • Date

  • Assigned_by

Annotation = goannotread(File, ...'Aspect', AspectValue, ...) указывает, что аспекты, чтобы читать из Генной Онтологии аннотировали файл. AspectValue является вектором символов или строкой, задающей один или несколько символов. Допустимые аспекты:

  • P Биологический процесс

  • F Молекулярная функция

  • C Сотовый компонент

Значением по умолчанию является 'CFP', который задает, чтобы считать все аспекты.

Примеры

свернуть все

Во-первых, загрузите файл SGD, содержащий аннотации GO для генных продуктов Saccharomyces cerevisiae к вашей Текущей папке MATLAB от Генного веб-сайта Онтологии.

После того, как файл загружается, распакуйте файл с помощью функции gunzip.

gunzip('gene_association.sgd.gz')

Загрузите данные из файла.

SGDGenes = goannotread('gene_association.sgd');

Создайте структуру с аннотациями GO и отобразите список первых пяти генов.

S = struct2cell(SGDGenes);
genes = S(3,1:5)'

genes = 

    '15S_RRNA'
    '15S_RRNA'
    '15S_RRNA'
    '15S_RRNA'
    '21S_RRNA'

Смотрите также

| | | | | |

Представлено до R2006a

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка