Exponenta Banner

geneont

Класс: geneont

Создайте объект geneont и назовите объекты

расширьте все на странице

Синтаксис

GeneontObj = geneont
GeneontObj = geneont('File', FileValue)
GeneontObj = geneont('Live', LiveValue)
GeneontObj = geneont('Live', LiveValue, 'ToFile', ToFileValue)

Описание

GeneontObj = geneont создает GeneontObj, объект geneont, из файла gene_ontology.obo в текущем каталоге MATLAB®. Это также создает несколько объектов термина, один для каждого термина в объекте geneont.

GeneontObj = geneont('File', FileValue) создает GeneontObj, объект geneont, от FileValue, вектор символов, задающий имя файла Открытой биомедицинской онтологии (OBO) - отформатированный файл, который находится на пути поиска файлов MATLAB.

GeneontObj = geneont('Live', LiveValue) управляет созданием GeneontObj, объекта geneont, от текущей версии базы данных Gene Ontology.

Выбором является true или false (значение по умолчанию).

Примечание

Полная база данных Gene Ontology может занять несколько минут, чтобы загрузить, когда вы запускаете эту функцию с помощью свойства 'Live'.

GeneontObj = geneont('Live', LiveValue, 'ToFile', ToFileValue), когда LiveValue является true, создает GeneontObj, объект geneont, от новой версии базы данных Gene Ontology и сохраняет содержимое этого файла к ToFileValue, вектор символов, задающий имя файла или путь и имя файла.

Входные параметры

FileValueВектор символов, задающий имя файла OBO-отформатированного файла, который находится на пути поиска файлов MATLAB.
LiveValueУправляет созданием самого актуального объекта geneont. Введите true, чтобы создать GeneontObj, объект geneont, от новой версии базы данных Gene Ontology. Значением по умолчанию является false.
ToFileValueВектор символов, задающий имя файла или путь и имя файла, в которое можно сохранить содержимое текущей версии базы данных Gene Ontology.

Выходные аргументы

GeneontObjОбъект MATLAB, содержащий генную информацию об онтологии.

Примеры

развернуть все

Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology с сети в объект geneont.

GeneontObj = geneont('LIVE', true)

Количество объектов термина, сопоставленных с объектом geneont, отображено.

Gene Ontology object with 47386 Terms.

Отобразите информацию об объекте geneont.

get(GeneontObj)

default_namespace: 'gene_ontology'
                    format_version: '1.2'
                      data_version: 'releases/2019-04-17'
                           version: ''
                              date: ''
                          saved_by: ''
                 auto_generated_by: ''
                         subsetdef: {15×1 cell}
                            import: ''
                    synonymtypedef: 'systematic_synonym "Systematic synonym" EXACT'
                           idspace: ''
    default_relationship_id_prefix: ''
                        id_mapping: ''
                            remark: 'Includes Ontology(OntologyID(OntologyIRI(<http://purl.obolibrary.org/obo/go/never_in_taxon.owl>))) [Axioms: 18 Logical Axioms: 0]'
                           typeref: ''
                  unrecognized_tag: {'ontology'  'go'}
                             Terms: [47386×1 geneont.term]

Ищите все ИДУТ условия в объекте geneont, которые содержат вектор символов ribosome в поле name и используют свойство geneont.terms создать массив структур MATLAB объектов термина, содержащих те условия.

comparison = regexpi(get(GeneontObj.terms,'name'),'ribosome');
indices = find(~cellfun('isempty',comparison));
terms_with_ribosmome = GeneontObj.terms(indices)

  33×1 struct array with fields:

    id
    name
    ontology
    definition
    comment
    synonym
    is_a
    part_of
    obsolete

Примечание

Несмотря на то, что свойство terms является вектор-столбцом с указателями, чтобы назвать объекты в Окне Команды MATLAB, оно отображается, когда массив структур, с одной структурой для каждого ИДУТ термин в объекте geneont.

Смотрите также

| | |

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка