getrelatives

Класс: geneont

Найдите условия, которые являются родственниками заданного понятия Генной онтологии (GO)

Синтаксис

RelativeIDs = getrelatives(GeneontObj, ID) [RelativeIDs, Counts] = getrelatives(GeneontObj, ID) ... = getrelatives(..., 'Height', HeightValue, ...) ... = getrelatives(..., 'Depth', DepthValue, ...) ... = getrelatives(..., 'Levels', LevelsValue, ...) ... = getrelatives(..., 'Relationtype', RelationtypeValue, ...) ... = getrelatives(..., 'Exclude', ExcludeValue, ...)

Описание

RelativeIDs = getrelatives(GeneontObj, ID) GeneontObj поисковых запросов, объект geneont, для ИДУТ условия, которые являются родственниками ПОЙТИ термина (терминов), заданного ID, который является ПОЙТИ идентификатором термина или вектором идентификаторов. Это возвращает RelativeIDs, вектор ИДУТ идентификаторы термина включая ID. ID является неотрицательным целым числом или вектором, содержащим неотрицательные целые числа.

[RelativeIDs, Counts] = getrelatives(GeneontObj, ID) также возвращает число раз, которым найден каждый родственник. Counts является вектор-столбцом с тем же числом элементов как условия в GeneontObj.

Совет

Возвращаемое значение Counts полезно, когда вы соответствуете количествам в генных исследованиях обогащения. Для получения дополнительной информации смотрите Генное Обогащение Онтологии в Микроданных массива.

... = getrelatives(..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызывает getrelatives с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

... = getrelatives(..., 'Height', HeightValue, ...) поисковые запросы через конкретное количество уровней, HeightValue, в генной онтологии. HeightValue является положительным целым числом. Значением по умолчанию является 1.

... = getrelatives(..., 'Depth', DepthValue, ...) поисковые запросы вниз через конкретное количество уровней, DepthValue, в генной онтологии. DepthValue является положительным целым числом. Значением по умолчанию является 1.

... = getrelatives(..., 'Levels', LevelsValue, ...) поисковые запросы вверх и вниз через конкретное количество уровней, LevelsValue, в генной онтологии. LevelsValue является положительным целым числом. Когда задано, это заменяет HeightValue и DepthValue.

... = getrelatives(..., 'Relationtype', RelationtypeValue, ...) поиски заданных типов связей, RelationtypeValue, в генной онтологии. RelationtypeValue является вектором символов. Выбором является 'is_a', 'part_of' или 'both' (значение по умолчанию).

... = getrelatives(..., 'Exclude', ExcludeValue, ...) средства управления, исключая ID, исходный запрошенный термин (термины), от вывода RelativeIDs, если термин не был найден при поиске генной онтологии. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

Входные параметры

`GeneontObj`	Объект geneont, такой, как создано функцией конструктора `geneont`.
`ID`	ПОЙДИТЕ идентификатор термина или вектор идентификаторов.
`HeightValue`	Положительное целое число, задающее количество уровней, чтобы искать вверх в генной онтологии.
`DepthValue`	Положительное целое число, задающее количество уровней, чтобы искать вниз в генной онтологии.
`LevelsValue`	Положительное целое число, задающее количество уровней вверх и вниз, чтобы искать в генной онтологии. Когда задано, это заменяет `HeightValue` и `DepthValue`.
`RelationtypeValue`	Вектор символов, задающий типы связей, чтобы искать в генной онтологии. Выбор: `'is_a'` `'part_of'` `'both'` (значение по умолчанию)
`ExcludeValue`	Средства управления, исключая `ID`, исходный запрошенный термин (термины), от вывода `RelativeIDs`, если термин не был достигнут при поиске генной онтологии. Выбором является `true` или `false` (значение по умолчанию).

Выходные аргументы

`RelativeIDs`	Вектор ИДЕТ идентификаторы термина включая `ID`.
`Counts`	Вектор-столбец с тем же числом элементов как условия в `GeneontObj`, указывая на число раз каждый родственник найден.

Примеры

Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology с сети в объект geneont в ^MATLAB.
```
GO = geneont('LIVE', true)
```
Программное обеспечение MATLAB создает объект geneont и отображает количество условий в базе данных.
```
Gene Ontology object with 27769 Terms.
```
Получите мгновенных родственников для митохондриальной мембраны, ИДУТ термин с ПОЙТИ идентификатором 31966.
```
relatives = getrelatives(GO,31966,'levels',1)

relatives =

        5741
        5743
       31090
       31966
       44429
```
Создайте зависимую Генную Онтологию.
```
subontology = GO(relatives)

Gene Ontology object with 5 Terms.
```

Создайте отчет зависимых Генных условий Онтологии, который включает ПОЙТИ идентификатор и имя.

rpt = get(subontology.terms,{'id','name'})

rpt = 

    [ 5741]             [1x28 char]
    [ 5743]             [1x28 char]
    [31090]    'organelle membrane'
    [31966]             [1x22 char]
    [44429]    'mitochondrial part'

Просмотрите отношения зависимой Генной Онтологии при помощи метода getmatrix, чтобы создать матрицу связи, чтобы передать функции biograph, и окрасить митохондриальную мембрану ИДУТ красный термин.
```
[cm acc rels] = getmatrix(subontology);
BG = biograph(cm, get(subontology.terms, 'name'));
BG.nodes(acc==31966).Color = [1 0 0];
view(BG)
```
Получите всех родственников для митохондриальной внешней мембраны, ИДУТ термин с идентификатором 5741.
```
relatives = getrelatives(GO,5741,'levels',inf);
```
Создайте зависимую Генную Онтологию.
```
subontology = GO(relatives)

Gene Ontology object with 13 Terms.
```
Просмотрите отношения зависимой Генной Онтологии при помощи метода getmatrix, чтобы создать матрицу связи, чтобы передать функции biograph, и методы, и окрасить митохондриальную внешнюю мембрану ИДУТ красные условия.
```
[cm acc rels] = getmatrix(subontology);
BG = biograph(cm, get(subontology.terms, 'name'));
BG.nodes(acc==5741).Color = [1 0 0];
view(BG)
```

Смотрите также

goannotread | num2goid | term

Документация