Exponenta Banner

hmmprofestimate

Оцените параметры скрытой модели Маркова (HMM) профиля с помощью псевдоколичеств

Синтаксис

hmmprofestimate(Model, MultipleAlignment,'PropertyName',PropertyValue,...)
hmmprofestimate(..., 'A', AValue)
hmmprofestimate(..., 'Ax', AxValue)
hmmprofestimate(..., 'BE', BEValue)
hmmprofestimate(..., 'BDx', BDxValue)

Аргументы

Model

Скрытая модель Маркова создается с функциональным hmmprofstruc.

MultipleAlignment

Массив последовательностей. Sequences может также быть структурированным массивом с выровненными последовательностями в поле Aligned или Sequences и дополнительными именами в поле Header или Name.

A

Свойство установить вес псевдоколичества A. Значением по умолчанию является 20.

Ax

Свойство установить вес псевдоколичества Ax. Значение по умолчанию равняется 20.

BE

Свойство установить фоновые вероятности эмиссии символа. Значения по умолчанию взяты из Model.NullEmission.

BMx

Свойство установить фоновые вероятности перехода от любого состояния СООТВЕТСТВИЯ ([M-> M M-> I M-> D]). Значения по умолчанию взяты из hmmprofstruct.

BDx

Свойство установить фоновые вероятности перехода от любого состояния DELETE ([D-> M D-> D]). Значения по умолчанию взяты из hmmprofstruct.

Описание

hmmprofestimate(Model, MultipleAlignment, 'PropertyName', PropertyValue...) возвращает структуру с полями, содержащими обновленные предполагаемые параметры HMM профиля. Эмиссия символа и вероятности изменения состояния оцениваются с помощью действительных количеств и взвесили псевдоколичества, полученные с фоновыми вероятностями. Весом по умолчанию является A=20, фоновая эмиссия символа по умолчанию для соответствия, и вставьте состояния, взят из Model.NullEmission, и фоновые вероятности перехода по умолчанию совпадают с вероятностями перехода по умолчанию, возвращенными hmmprofstruct.

Типовая конструкция: Несколько выровненных последовательностей должны содержать прописные буквы и тире, указывающих на состояния модели MATCH и DELETE, соглашающиеся с Model.ModelLength. Если образцовая аннотация состояния отсутствует, но MultipleAlignment является выровненным пробелом, то "максимальная энтропия" критерии используется, чтобы выбрать состояния Model.ModelLength.

Примечание

Вставьте и фланг вставляют вероятности перехода, не оцениваются, но может быть изменен впоследствии с помощью hmmprofstruct.

hmmprofestimate(..., 'A', AValue) устанавливает вес псевдоколичества A = Avalue при оценке вероятностей эмиссии символа. Значением по умолчанию является 20.

hmmprofestimate(...,'Ax', AxValue) устанавливает вес псевдоколичества Ax = Axvalue при оценке вероятностей перехода. Значение по умолчанию равняется 20.

hmmprofestimate(...,'BE', BEValue) устанавливает фоновые вероятности эмиссии символа. Значения по умолчанию взяты из Model.NullEmission.

hmmprofestimate(...,'BMx', BMxValue) устанавливает фоновые вероятности перехода от любого состояния СООТВЕТСТВИЯ ([M-> M M-> I M-> D]). Значения по умолчанию взяты из hmmprofstruct.

hmmprofestimate(..., 'BDx', BDxValue) устанавливает фоновые вероятности перехода от любого состояния DELETE ([D-> M D-> D]). Значения по умолчанию взяты из hmmprofstruct.

Смотрите также

| |

Представлено до R2006a

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка