Синтаксис

hmmprofestimate(Model, MultipleAlignment,'PropertyName',PropertyValue,...)
hmmprofestimate(..., 'A', AValue)
hmmprofestimate(..., 'Ax', AxValue)
hmmprofestimate(..., 'BE', BEValue)
hmmprofestimate(..., 'BDx', BDxValue)

Аргументы

Описание

hmmprofestimate(Model, MultipleAlignment, 'PropertyName', PropertyValue...) возвращает структуру с полями, содержащими обновленные предполагаемые параметры HMM профиля. Эмиссия символа и вероятности изменения состояния оцениваются с помощью действительных количеств и взвесили псевдоколичества, полученные с фоновыми вероятностями. Весом по умолчанию является A=20, фоновая эмиссия символа по умолчанию для соответствия, и вставьте состояния, взят из Model.NullEmission, и фоновые вероятности перехода по умолчанию совпадают с вероятностями перехода по умолчанию, возвращенными hmmprofstruct.

Типовая конструкция: Несколько выровненных последовательностей должны содержать прописные буквы и тире, указывающих на состояния модели MATCH и DELETE, соглашающиеся с Model.ModelLength. Если образцовая аннотация состояния отсутствует, но MultipleAlignment является выровненным пробелом, то "максимальная энтропия" критерии используется, чтобы выбрать состояния Model.ModelLength.

hmmprofestimate(..., 'A', AValue) устанавливает вес псевдоколичества A = Avalue при оценке вероятностей эмиссии символа. Значением по умолчанию является 20.

hmmprofestimate(...,'Ax', AxValue) устанавливает вес псевдоколичества Ax = Axvalue при оценке вероятностей перехода. Значение по умолчанию равняется 20.

hmmprofestimate(...,'BE', BEValue) устанавливает фоновые вероятности эмиссии символа. Значения по умолчанию взяты из Model.NullEmission.

hmmprofestimate(...,'BMx', BMxValue) устанавливает фоновые вероятности перехода от любого состояния СООТВЕТСТВИЯ ([M-> M M-> I M-> D]). Значения по умолчанию взяты из hmmprofstruct.

hmmprofestimate(..., 'BDx', BDxValue) устанавливает фоновые вероятности перехода от любого состояния DELETE ([D-> M D-> D]). Значения по умолчанию взяты из hmmprofstruct.

Смотрите также

hmmprofalign | hmmprofstruct | showhmmprof