Exponenta Banner

showhmmprof

Постройте профиль скрытой модели Маркова (HMM)

Синтаксис

showhmmprof(Model)
showhmmprof(Model, ...'Scale', ScaleValue, ...)
showhmmprof(Model, ...'Order', OrderValue, ...)

Аргументы

ModelСкрытая модель Маркова создается функциональным gethmmprof или pfamhmmread.
ScaleValueСвойство выбрать шкалу вероятности. Введите одно из следующих значений:

  • 'logprob' — Регистрируйте вероятности

  • 'prob' — Вероятности

  • 'logodds' — Нечетные журналом отношения

OrderValueСвойство задать порядок алфавита аминокислоты. Введите вектор символов или строку с 20 стандартными символами аминокислот A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V. Неоднозначные символы B Z X не позволены.

Описание

showhmmprof(Model) строит профиль скрытая модель Маркова, описанная структурой Model.

showhmmprof(..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызывает showhmmprof с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

showhmmprof(Model, ...'Scale', ScaleValue, ...) задает шкалу, чтобы использовать. Если логарифмические вероятности (ScaleValue='logprob'), вероятности (ScaleValue='prob') или нечетные журналом отношения (ScaleValue='logodds'). Чтобы вычислить нечетные журналом отношения, пустые вероятности модели используются для эмиссии символа, и одинаково распределенные переходы используются для пустых вероятностей перехода. ScaleValue по умолчанию является 'logprob'.

showhmmprof(Model, ...'Order', OrderValue, ...) задает порядок, в котором символы располагаются вдоль вертикальной оси. Эта опция позволяет вам, переупорядочивают алфавит и группируют символы согласно их свойствам.

Примеры

  1. Загрузите образцовый пример.

    model = pfamhmmread('pf00002.ls');

  2. Постройте профиль.

    showhmmprof(model, 'Scale', 'logodds')

  3. Закажите алфавит гидрофобностью.

    hydrophobic = 'IVLFCMAGTSWYPHNDQEKR';

  4. Постройте профиль.

    showhmmprof(model, 'Order', hydrophobic)

Смотрите также

| | | | |

Представлено до R2006a

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка