Нормируйте микроданные массива
XNorm = manorm(X)
XNorm = manorm(MAStruct, FieldName)
[XNorm, ColVal]
= manorm(...)
manorm(..., 'Method', MethodValue,
...)
manorm(..., 'Extra_Args', Extra_ArgsValue,
...)
manorm(..., 'LogData', LogDataValue,
...)
manorm(..., 'Percentile', PercentileValue,
...)
manorm(..., 'Global', GlobalValue,
...)
manorm(..., 'StructureOutput', StructureOutputValue,
...)
manorm(..., 'NewColumnName', NewColumnNameValue,
...)
X | Числовой массив или объект DataMatrix микроданных массива. |
MAStruct | Микроструктура массива. |
FieldName | Поле . |
XNorm = manorm(X)X, числового массива или объекта DataMatrix микроданных массива, путем деления на среднюю интенсивность столбца. XNorm является вектором, матрицей или объектом DataMatrix нормированных микроданных массива.
XNorm = manorm(MAStruct, FieldName)MAStruct, микроструктуре массива, для поля, заданного FieldName, для каждого блока или совета печати путем деления каждого блока на среднюю интенсивность столбца. Вывод является матрицей с каждым столбцом, соответствующим нормированным данным для каждого блока.
[ возвращает значения, используемые, чтобы нормировать данные.XNorm, ColVal]
= manorm(...)
manorm(..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) manorm с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
manorm(..., 'Method', позволяет вам выбирать метод для масштабирования или центрирования данных. MethodValue,
...)MethodValue может быть 'Mean' (значение по умолчанию), 'Median', 'STD' (стандартное отклонение), 'MAD' (среднее абсолютное отклонение), или указатель на функцию. Если вы передаете указатель на функцию, то функция должна проигнорировать NaNs и должна возвратить одно значение для каждого столбца входных данных.
manorm(..., 'Extra_Args', позволяет вам передавать дополнительные аргументы функциональному Extra_ArgsValue,
...)MethodValue. Extra_ArgsValue должен быть массивом ячеек.
manorm(..., 'LogData', , то, когда LogDataValue,
...)LogDataValue является true, работает с, регистрируют данные об отношении, в этом случае, среднее значение (или MethodValue) каждого столбца вычтено из значений в столбцах, вместо того, чтобы делить столбец на значение нормализации.
manorm(..., 'Percentile', только использует процентиль (PercentileValue,
...)PercentileValue) данных, препятствующих тому, чтобы большие выбросы скосили нормализацию. Если PercentileValue является вектором, содержащим два значения, то диапазон от процентили PercentileValue(1) до процентили PercentileValue(2) используется. Значением по умолчанию является 100, который должен использовать все данные в наборе данных.
manorm(..., 'Global', то, когда GlobalValue,
...)GlobalValue является true, нормирует значения в наборе данных глобальным средним значением (или MethodValue) данных, в противоположность нормализации каждого столбца или блока информационно-независимо.
manorm(..., 'StructureOutput', , то, когда StructureOutputValue,
...)StructureOutputValue является true, входные данные структура, возвращает входную структуру с дополнительным полем данных для нормированных данных.
manorm(..., 'NewColumnName', , при использовании NewColumnNameValue,
...)StructureOutput, позволяет вам задавать имя столбца, который добавлен к списку ColumnNames в структуре. Поведение по умолчанию должно снабдить префиксом 'Block Normalized' к FieldName.
maStruct = gprread('mouse_a1wt.gpr');
% Extract some data of interest.
Red = magetfield(maStruct,'F635 Median');
Green = magetfield(maStruct,'F532 Median');
% Create a log-log plot.
maloglog(Red,Green,'factorlines',true)
% Center the data.
normRed = manorm(Red);
normGreen = manorm(Green);
% Create a log-log plot of the centered data.
figure
maloglog(normRed,normGreen,'title','Normalized','factorlines',true)
% Alternatively, you can work directly with the structure
normRedBs = manorm(maStruct,'F635 Median - B635');
normGreenBs = manorm(maStruct,'F532 Median - B532');
% Create a log-log plot of the centered data. This includes some
% zero values so turn off the warning.
figure
w = warning('off','Bioinfo:maloglog:ZeroValues');
warning('off','Bioinfo:maloglog:NegativeValues');
maloglog(normRedBs,normGreenBs,'title',...
'Normalized Background-Subtracted Median Values',...
'factorlines',true)
warning(w);affyinvarsetnorm | maboxplot | magetfield | mainvarsetnorm | mairplot | maloglog | malowess | quantilenorm | rmasummary