mairplot

Создайте интенсивность по сравнению с графиком рассеивания отношения данных микромассивов

Синтаксис

mairplot(DataX, DataY)
[Intensity, Ratio] = mairplot(DataX, DataY)
[Intensity, Ratio, H] = mairplot(DataX, DataY)
... = mairplot(..., 'Type', TypeValue, ...)
... = mairplot(..., 'LogTrans', LogTransValue, ...)
... = mairplot(..., 'FactorLines', FactorLinesValue, ...)
... = mairplot(..., 'Title', TitleValue, ...)
... = mairplot(..., 'Labels', LabelsValue, ...)
... = mairplot(..., 'Normalize', NormalizeValue, ...)
... = mairplot(..., 'LowessOptions', LowessOptionsValue, ...)
... = mairplot(..., 'Showplot', ShowplotValue, ...)
... = mairplot(..., 'PlotOnly', PlotOnlyValue, ...)

Входные параметры

DataX, DataYОбъект DataMatrix или вектор значений экспрессии гена, где каждая строка соответствует гену. Например, в двухцветном эксперименте микромассивов, DataX мог быть cy3 значениями интенсивности, и DataY мог быть cy5 значениями интенсивности.
TypeValueВектор символов или строка, которая задает тип графика. Выбором является 'IR' (строит log10 продукта DataX и интенсивности DataY по сравнению с log2 отношений интенсивности), или 'MA' (графики (1/2) log2 продукта DataX и интенсивности DataY по сравнению с log2 отношений интенсивности). Значением по умолчанию является 'IR'.
LogTransValueУправляет преобразованием данных в X и Y от натурального звукоряда до шкалы log2. Установите LogTransValue на false, когда данные уже будут log2 шкалой. Значением по умолчанию является true, который принимает, что данные являются натуральным звукорядом.
FactorLinesValueДобавляют строки к графику, показывающему фактор изменения N. Значение по умолчанию равняется 2, который соответствует уровню 1 и-1 в шкале log2.

Совет

Можно также изменить факторные строки в интерактивном режиме после создания графика.

TitleValueВектор символов или строка, которая задает заголовок для графика.
LabelsValueМассив ячеек из символьных векторов или вектор строки, содержащий метки для данных. Если метки заданы, то нажатие на точку на графике показывает метку, соответствующую той точке.
NormalizeValueУправляет отображением нормированных значений отношения lowess. Войдите true, чтобы отобразиться к lowess нормировал значения отношения. Значением по умолчанию является false.

Совет

Можно также нормировать данные из окна MAIR Plot после создания графика.

LowessOptionsValueМассив ячеек один, два, или три имени свойства / пары значения в любом порядке, которые влияют на lowess нормализацию. Выбор для имени свойства / пары значения:

  • 'Order', OrderValue

  • 'Robust', RobustValue

  • 'Span', SpanValue

Для получения дополнительной информации о предыдущем имени свойства / пары значения, смотрите malowess.

ShowplotValueУправляет отображением графика рассеивания. Выбором является true (значение по умолчанию) или false.
PlotOnlyValue

Управляет отображением графика рассеивания без компонентов пользовательского интерфейса. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

Примечание

Если вы устанавливаете свойство 'PlotOnly' на true, можно все еще отобразить метки для точек данных путем нажатия на точку данных, и можно все еще настроить горизонтальные строки изменения сгиба перетаскиванием нажатия кнопки строки.

Выходные аргументы

IntensityОбъект DataMatrix или вектор, содержащий значения интенсивности для данных об экспрессии гена микромассивов, вычисленных как:

  • log10 продукта DataX и интенсивности DataY (когда Type является 'IR'),

  • (1/2) log2 продукта DataX и интенсивности DataY (когда Type является 'MA'),

Примечание

Если DataX или DataY являются объектом DataMatrix, то Intensity является также объектом DataMatrix с теми же свойствами.

RatioОбъект DataMatrix или вектор, содержащий отношения данных об экспрессии гена микромассивов, вычисленных как log2(DataX./DataY).

Примечание

Если DataX или DataY являются объектом DataMatrix, то Ratio является также объектом DataMatrix с теми же свойствами.

HУказатель графика.

Описание

mairplot(DataX, DataY) создает график рассеивания, который строит log10 продукта DataX и интенсивности DataY по сравнению с log2 отношений интенсивности.

[Intensity, Ratio] = mairplot(DataX, DataY) возвращает значения отношения и интенсивность. Если вы устанавливаете 'Normalize' на true, возвращенные значения отношения нормированы.

[Intensity, Ratio, H] = mairplot(DataX, DataY) возвращает указатель графика.

... = mairplot(..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызывает mairplot с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

... = mairplot(..., 'Type', TypeValue, ...) задает тип графика. Выбором является 'IR' (строит log10 продукта DataX и интенсивности DataY по сравнению с log2 отношений интенсивности), или 'MA' (графики (1/2) log2 продукта DataX и интенсивности DataY по сравнению с log2 отношений интенсивности). Значением по умолчанию является 'IR'.

... = mairplot(..., 'LogTrans', LogTransValue, ...) управляет преобразованием данных в X и Y от естественного, чтобы регистрировать 2 шкалы. Установите LogTransValue на false, когда данные уже будут журналом 2 шкалы. Значением по умолчанию является true, который принимает, что данные являются натуральным звукорядом.

... = mairplot(..., 'FactorLines', FactorLinesValue, ...) добавляют строки к графику, показывающему фактор изменения N. Значение по умолчанию равняется 2, который соответствует уровню 1 и-1 в шкале log2.

Совет

Можно также изменить факторные строки в интерактивном режиме после создания графика.

... = mairplot(..., 'Title', TitleValue, ...) задает заголовок для графика.

... = mairplot(..., 'Labels', LabelsValue, ...) задает массив ячеек из символьных векторов или вектор строки меток для данных. Если метки заданы, то нажатие на точку на графике показывает метку, соответствующую той точке.

... = mairplot(..., 'Normalize', NormalizeValue, ...) управляет отображением нормированных значений отношения lowess. Войдите true, чтобы отобразиться к lowess нормировал значения отношения. Значением по умолчанию является false.

Совет

Можно также нормировать данные из окна MAIR Plot после создания графика.

... = mairplot(..., 'LowessOptions', LowessOptionsValue, ...) позволяет вам задать до трех имен свойства / пары значения (в любом порядке), которые влияют на lowess нормализацию. Выбор для имени свойства / пары значения:

  • 'Order', OrderValue

  • 'Robust', RobustValue

  • 'Span', SpanValue

Для получения дополнительной информации о предыдущих трех именах свойства / пары значения, смотрите, что malowess функционирует.

... = mairplot(..., 'Showplot', ShowplotValue, ...) управляет отображением графика рассеивания. Выбором является true (значение по умолчанию) или false.

... = mairplot(..., 'PlotOnly', PlotOnlyValue, ...) управляет отображением графика рассеивания без компонентов пользовательского интерфейса. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

Примечание

Если вы устанавливаете свойство 'PlotOnly' на true, можно все еще отобразить метки для точек данных путем нажатия на точку данных, и можно все еще настроить горизонтальные строки изменения сгиба перетаскиванием нажатия кнопки строки.

Следующее является графиком IR нормированных данных.

Следующее является графиком MA ненормированных данных.

Интенсивность по сравнению с графиком рассеивания отношения отображает следующее:

  • log10 (Интенсивность) по сравнению с log2 (Отношение) график рассеивания генов.

  • Две горизонтали сворачивают строки изменения на уровне изменения сгиба 2, который соответствует отношению 1 и –1 на журнале 2 (Отношение) шкала. (Строки будут на различных уровнях изменения сгиба, если вы использовали свойство 'FactorLines'.)

  • Точки данных для генов, которые рассматриваются дифференцированно выраженными (за пределами строк изменения сгиба) появляются в оранжевом.

После того, как вы отобразите интенсивность по сравнению с графиком рассеивания отношения, можно в интерактивном режиме сделать следующее:

  • Настройте горизонтальные строки изменения сгиба перетаскиванием нажатия кнопки одна строка или ввод значения в текстовом поле Fold Change, затем нажатие по Update.

  • Отобразите метки для точек данных путем нажатия на точку данных.

  • Выберите ген из Up Regulated или списка Down Regulated, чтобы подсветить соответствующую точку данных в графике. Нажмите и содержите Ctrl или Shift, чтобы выбрать несколько генов.

  • Масштабируйте график путем выбора Tools > Zoom In или Tools > Zoom Out.

  • Просмотрите списки значительно отрегулированных и вниз отрегулированных генов, и опционально, экспортируйте генные метки и индексы к структуре в MATLAB® Workspace путем нажатия на Export.

  • Нормируйте данные путем нажатия кнопки Normalize, затем выбора, показать ли нормированный график в отдельном окне. Если вы показываете нормированный график в отдельном окне, флажок Show smooth curve становится доступным в исходном (ненормированном) графике.

    Совет

    Чтобы выбрать различные lowess опции нормализации перед нормализацией, выберите Tools > Set LOWESS Normalization Options, затем введите опции в диалоговое окно Options for LOWESS.

Примеры

  1. Используйте функцию gprread, чтобы создать структуру, содержащую микроданные массива.

    maStruct = gprread('mouse_a1wt.gpr');

  2. Используйте функцию magetfield, чтобы извлечь зеленый (cy3) и красный (cy5) сигналы от структуры.

    cy5data = magetfield(maStruct,'F635 Median');
cy3data = magetfield(maStruct,'F532 Median');

  3. Создайте интенсивность по сравнению с графиком рассеивания отношения cy3 и cy5 данных. Нормируйте данные и добавьте заголовок и метки:

    mairplot(cy5data, cy3data, 'Normalize', true, ...
				'Title','Normalized R vs G IR plot', ...
				'Labels', maStruct.Names)

  4. Возвратите значения интенсивности и отношения, не отображая график.

    [intensities, ratios] = mairplot(cy5data, cy3data, 'Showplot', false);

  5. Создайте нормированный график MA cy3 и cy5 данных без компонентов пользовательского интерфейса.

    mairplot(cy5data, cy3data, 'Normalize', true, ...
				'Type','MA','PlotOnly',true)

Ссылки

[1] Квакенбуш, J. (2002). Нормализация микроданных массива и преобразование. Генетика природы Suppl. 32, 496–501.

[2] Dudoit, S., Ян, Y.H., Затопляемый, M.J., и Скорость, T.P. (2002). Статистические методы для Идентификации Дифференцированно Выраженных Генов в Реплицированных Экспериментах комплементарной ДНК Микромассивов. Statistica Sinica 12, 111–139.

Смотрите также

| | | | | | | |

Представлено до R2006a

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте