Exponenta Banner

rebasecuts

Найдите ферменты ограничения, которые сокращают последовательность нуклеотида

Синтаксис

[Enzymes, Sites] = rebasecuts(SeqNT)
rebasecuts(SeqNT, Group)
rebasecuts(SeqNT, [Q, R])
rebasecuts(SeqNT, S)

Входные параметры

SeqNTПоследовательность нуклеотида.
GroupМассив ячеек из символьных векторов или вектор строки представление имен допустимых ферментов ограничения.
QrОсновные положения, которые ограничивают поиск всеми сайтами между основным Q и основывают R.
SОсновное положение, которое ограничивает поиск всеми сайтами после основного S.

Выходные аргументы

EnzymesМассив ячеек из символьных векторов, содержащий имена ферментов ограничения от REBASE®, Базы данных Фермента Ограничения.
SitesВектор сайтов сокращения идентифицирован с основным номером положения перед каждым сокращением.

Описание

[Enzymes, Sites] = rebasecuts(SeqNT) находит все ферменты ограничения, которые сокращают SeqNT, последовательность нуклеотида.

rebasecuts(SeqNT, Group) ограничивает поиск Group, списком ферментов.

rebasecuts(SeqNT, [Q, R]) ограничивает поиск теми ферментами, которые сокращают после основного положения, заданного Q и перед основным положением, заданным R.

rebasecuts(SeqNT, S) ограничивает поиск теми ферментами, которые сокращают сразу после основного положения, заданного S.

REBASE, База данных Фермента Ограничения, является набором информации о ферментах ограничения и связанных белках. Для получения дополнительной информации о REBASE, см.: 

http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html

Примеры

  1. Создайте последовательность нуклеотида.

    seq = 'AGAGGGGTACGCGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGGCGCTTTATTAA';

  2. Найдите все возможные ферменты и сайты разламывания в последовательности.

     [enzymes, sites] = rebasecuts(seq)

  3. Найдите, где ферменты ограничения CfoI и Tru9I сокращают последовательность.

    [enzymes, sites] = rebasecuts(seq, {'CfoI','Tru9I'})

enzymes = 

    'CfoI'
    'CfoI'
    'Tru9I'

sites =

    13
    39
    45

  4. Найдите все возможные ферменты, которые сокращают после основы 7.

    enzymes  = rebasecuts(seq, 7)

enzymes = 

    'Csp6I'
    'CviQI'
    'RsaNI'

  5. Найдите все возможные ферменты, которые сокращают между основами 11 и 37.

    enzymes  = rebasecuts(seq, [11 37])

enzymes = 

    'AccII'
    'AspLEI'
    'BmiI'
    'Bsh1236I'
    'BspFNI'
    'BspLI'
    'BstFNI'
    'BstHHI'
    'BstUI'
    'CfoI'
    'FnuDII'
    'GlaI'
    'HhaI'
    'Hin6I'
    'HinP1I'
    'Hpy188I'
    'HspAI'
    'MvnI'
    'NlaIV'
    'PspN4I'
    'SetI'

Ссылки

[1] Робертс, R.J., Vincze, T., Posfai, J. и Macelis, D. (2007). REBASE — ферменты и гены для ограничения DNA и модификации. Nucl. Кислоты Res. 35, D269–D270.

[2] Официальный веб-сайт REBASE: http://rebase.neb.com.

Смотрите также

| | | | |

Представлено до R2006a

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка