Графически отобразите слова в последовательности
Struct = seqshowwords(Seq, Word)
seqshowwords(Seq, Word,
...'Color', ColorValue, ...)
seqshowwords(Seq, Word,
...'Columns', ColumnsValue, ...)
seqshowwords(Seq, Word,
...'Alphabet', AlphabetValue, ...)
Struct = seqshowwords(Seq, Word)
seqshowwords(Seq, Word, ...'PropertyName', PropertyValue, ...) seqshowwords с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Заключите каждый PropertyName в одинарные кавычки. Каждый PropertyName является нечувствительным к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
seqshowwords( задает цвет, чтобы подсветить слова в выходном отображении последовательности. Значение по умолчанию является красным.Seq, Word,
...'Color', ColorValue, ...)
seqshowwords( задает сколько столбцов или символов на строку в выходном отображении последовательности. Значением по умолчанию является Seq, Word,
...'Columns', ColumnsValue, ...)64.
seqshowwords( задает алфавит для последовательности и слова или слов. Выбором является Seq, Word,
...'Alphabet', AlphabetValue, ...)'AA' или 'NT' (значение по умолчанию).
|
Аминокислота или последовательность нуклеотида, заданная любым следующим:
|
|
Один или несколько закорачивает аминокислоту или последовательности нуклеотида, заданные любым следующим:
ПримечаниеЕсли поисковое слово или слова содержат аминокислоту IUB/IUPAC или символы нуклеотида, которые сопоставляют с несколькими нуклеотидами или аминокислотами, то СоветЕсли |
|
Цвет, чтобы подсветить все случаи одного или нескольких слов в последовательности. Задайте цвет с одним из следующего:
Например, чтобы использовать голубой, введите Значение по умолчанию: Красный, который задан |
|
Положительное целое число, задающее, сколько столбцов или символов на строку в выходном отображении последовательности. Значение по умолчанию: |
|
Вектор символов или строка, задающая тип последовательностей. Выбором является |
|
Структура MATLAB, содержащая запуск и положения остановки всех случаев или слова или слов в последовательности. Это включает два поля.
|
Ищите слово, содержащее несколько символов:
% Highlight the word 'BART' which represents 'TAGT' and 'TAAT' seqshowwords('GCTAGTAACGTATATATAAT','BART') ans = Start: [3 17] Stop: [6 20]
Ищите слово, которое повторяется, исключая перекрытия:
% Highlight all occurrences of 'TATA', excluding those that are % already part of another matched word. seqshowwords('GCTATAACGTATATATATA','TATA') ans = Start: [3 10 14] Stop: [6 13 17]
Ищите слово, которое повторяется, включая перекрытия:
% Use the regular expression 'TA(TA)*TA' to highlight all multiple % repeats of 'TA' seqshowwords('GCTATAACGTATATATATA','TA(TA)*TA') ans = Start: [3 10] Stop: [6 19]
Поиск нескольких слов:
% Use a cell array as input to highlight both the words
% 'CG' and 'GC'
seqshowwords('GCTATAACGTATATATATA',{'CG', 'GC'})
ans =
Start: [1 8]
Stop: [2 9]
Функция seqviewer открывает Биологический Sequence Viewer, где вы ищете слова в последовательности путем выбора Sequence > Find Word. Биологический Sequence Viewer не делает:
Позвольте искать несколько слов за один шаг
Возвратите структуру, содержащую запуск и положения остановки для всех случаев слова в последовательности
cleave | palindromes | regexp | restrict | seqdisp | seqviewer | seqwordcount | strfind