Создайте красно-синюю палитру
redbluecmap(Length)
Length | Положительное целое число, которое задает длину (или количество раскрашивает), палитра. Выбором являются положительные целые числа ≥ 3 или ≤ 11. Значением по умолчанию является 11. |
redbluecmap( возвращает Length)Length-by-3 матрица, содержащая красно-синюю цветовую палитру различения. Низкие значения темно-синие, значения в центре карты являются белыми, и высокие значения темно-красные. Length является положительным целым числом ≥ 3 и ≤ 11, который решает, что количество раскрашивает палитру. Значением по умолчанию является 11.
Загрузите микроданные массива, содержащие уровни экспрессии гена Saccharomyces cerevisiae (дрожжи) во время метаболического сдвига от ферментации до дыхания (Derisi, J. и др., 1997).
load filteredyeastdata
Этот MAT-файл включает три переменные, которые добавляются к рабочей области MATLAB®:
yeastvalues - Матрица данных об экспрессии гена из Saccharomyces cerevisiae во время метаболического сдвига от ферментации до дыхания
гены - массив ячеек инвентарных номеров GenBank® для маркировки строк в yeastvalues
времена - вектор временных стоимостей для маркировки столбцов в yeastvalues
Создайте clustergram, возражают и отображают карту тепла от данных об экспрессии гена в первых 30 строках матрицы yeastvalues и стандартизируют вдоль строк данных.
cgo = clustergram(yeastvalues(1:30,:),'Standardize','Row')
Clustergram object with 30 rows of nodes and 7 columns of nodes.
Используйте метод set и genes и векторы times, чтобы добавить значимые метки строки и столбца в clustergram.
set(cgo,'RowLabels',genes(1:30),'ColumnLabels',times)
Добавьте цветную полосу в clustergram путем нажатия кнопки Insert Colorbar на панели инструментов.
Просмотрите всплывающую подсказку, содержащую значение интенсивности, метку строки и метку столбца для определенной области карты тепла путем нажатия кнопки Data Cursor на панели инструментов, затем нажатия на область в карте тепла. Чтобы удалить эту всплывающую подсказку, щелкните правой кнопкой по нему, затем выберите Delete Current Datatip.
Отобразите значения интенсивности для каждой области карты тепла путем нажатия кнопки Annotate на панели инструментов. Нажмите кнопку Annotate снова, чтобы удалить значения интенсивности.
Tip: If the amount of data is large enough, the cells within the clustergram are too small to display the intensity annotations. Zoom in to see the intensity annotations.
Удалите древовидные схемы древовидной схемы от фигуры путем нажатия кнопки Show Dendrogram на панели инструментов. Кликните по нему снова, чтобы отобразить древовидные схемы.
Используйте метод get, чтобы отобразить свойства объекта clustergram, cgo.
get(cgo)
Cluster: 'ALL'
RowPDist: {'Euclidean'}
ColumnPDist: {'Euclidean'}
Linkage: {'Average'}
Dendrogram: {}
OptimalLeafOrder: 1
LogTrans: 0
DisplayRatio: [0.2000 0.2000]
RowGroupMarker: []
ColumnGroupMarker: []
ShowDendrogram: 'on'
Standardize: 'ROW'
Symmetric: 1
DisplayRange: 3
Colormap: [11x3 double]
ImputeFun: []
ColumnLabels: {1x7 cell}
RowLabels: {30x1 cell}
ColumnLabelsRotate: 90
RowLabelsRotate: 0
Annotate: 'off'
AnnotPrecision: 2
AnnotColor: 'w'
ColumnLabelsColor: []
RowLabelsColor: []
LabelsWithMarkers: 0
Измените кластеризирующиеся параметры путем изменения метода связи и изменения цвета групп узлов в древовидной схеме, связь которой является меньше, чем порог 3.
set(cgo,'Linkage','complete','Dendrogram',3)
Установите курсор на узел ответвления в древовидной схеме, чтобы подсветить (в синем) группу, сопоставленную с ним. Нажмите и удержите кнопку мыши, чтобы отобразить всплывающую подсказку, перечисляющую номер группы и узлы (гены или выборки) в группе.
Щелкните правой кнопкой по узлу ответвления по древовидной схеме, чтобы отобразить меню опций.
Следующие опции доступны:
Цвет Set Group - Изменение кластерный цвет группы.
Print Group, чтобы фигурировать - Print группа к Окну рисунка.
Copy Group к Новому Clustergram - Copy группа к новому окну Clustergram.
Export Group к Рабочей области - Создает clustergram объект группы в рабочем пространстве MATLAB.
Информация о Export Group к Рабочей области - Создает структуру, содержащую информацию о группе в рабочем пространстве MATLAB. Структура содержит эти поля:
GroupNames - Массив ячеек из символьных векторов, содержащий имена строки или групп столбцов.
RowNodeNames - Массив ячеек из символьных векторов, содержащий имена узлов строки.
ColumnNodeNames - Массив ячеек векторов текстового символа, содержащих имена узлов столбца.
ExprValues - Матрица M на n значений интенсивности, где M и N являются количеством узлов строки и узлов столбца соответственно. Если матрица содержит данные об экспрессии гена, обычно каждая строка соответствует гену, и каждый столбец соответствует выборке.
Создайте объект clustergram в рабочем пространстве MATLAB Группы 18 путем щелчка правой кнопкой по нему, затем выбора Export Group to Workspace. В диалоговом окне Export to Workspace, типе Group18, затем нажимают ОК.
Используйте метод view, чтобы просмотреть объект clustergram, Group18.
view(Group18)
Просмотрите все данные об экспрессии гена с помощью отличающейся красно-синей палитры и стандартизируйте вдоль строк данных.
cgo_all = clustergram(yeastvalues,'Colormap',redbluecmap,'Standardize','Row')
Clustergram object with 614 rows of nodes and 7 columns of nodes.
Создайте массивы структур, чтобы задать цвета маркера и аннотации для двух групп строк (510 и 593) и двух групп столбцов (4 и 5).
rm = struct('GroupNumber',{510,593},'Annotation',{'A','B'},... 'Color',{'b','m'}); cm = struct('GroupNumber',{4,5},'Annotation',{'Time1','Time2'},... 'Color',{[1 1 0],[0.6 0.6 1]});
Используйте свойства 'RowGroupMarker' и 'ColumnGroupMarker' добавить цветовые маркеры и аннотации к clustergram.
set(cgo_all,'RowGroupMarker',rm,'ColumnGroupMarker',cm)
[1] DeRisi, J.L., Iyer, V.R., и Браун, отделение связи (1997). Исследование метаболического и генетического управления экспрессии гена в геномной шкале. Наука 278, 680–686s.