Анализ выражения
Функции
mattest | Выполните 2D демонстрационный t-тест, чтобы оценить дифференциальную экспрессию генов от двух экспериментальных условий или фенотипов |
mafdr | Оцените положительный ложный уровень открытия для нескольких тестирование гипотезы |
mavolcanoplot | Создайте значение по сравнению с отношением экспрессии гена (изменение сгиба) график рассеивания микроданных массива |
mairplot | Создайте интенсивность по сравнению с графиком рассеивания отношения микроданных массива |
maboxplot | Создайте диаграмму для микроданных массива |
maloglog | Создайте loglog график микроданных массива |
mapcaplot | Создайте график Анализа главных компонентов (PCA) микроданных массива |
nbintest | Непарный тест гипотезы для данных о количестве с размерами небольшой выборки |
redbluecmap | Создайте красно-синюю палитру |
redgreencmap | Создайте красно-зеленую палитру |
probesetplot | Постройте зонд Affymetrix установленные значения интенсивности |
metafeatures | Метагенный алгоритм аттрактора для разработки функции использование взаимного информационно-основанного изучения |
rankfeatures | Оцените ключевые возможности по критериям отделимости класса |
randfeatures | Сгенерируйте рандомизированное подмножество функций |
knnimpute | Припишите недостающие данные с помощью метода ближайшего соседа |
crossvalind | Сгенерируйте индексы перекрестной проверки |
classperf | Оцените производительность классификатора |
Классы
DataMatrix | Объект Create DataMatrix |
DataMatrix object | Данные об инкапсуляции структуры данных и метаданные от микромассива экспериментируют так, чтобы это могло быть индексировано геном или тестовыми идентификаторами и демонстрационными идентификаторами |
bioma.ExpressionSet | Содержите данные из эксперимента экспрессии гена микромассивов |
bioma.data.ExptData | Содержите значения данных из эксперимента микромассивов |
bioma.data.MetaData | Содержите метаданные из эксперимента микромассивов |
bioma.data.MIAME | Содержите информацию об эксперименте из эксперимента экспрессии гена микромассивов |
NegativeBinomialTest | Непарный результат испытаний гипотезы |
HeatMap | Объект, содержащий матрицу и тепловую карту, отображает свойства |
clustergram | Объект, содержащий иерархические аналитические данные о кластеризации |
Примеры и руководства
Данные об экспрессии гена управления в объектах
Обзор объектов для Данных об Экспрессии гена Микромассивов
Представление значений данных выражения в объектах DataMatrix
Создайте объекты DataMatrix, получите и установите свойства и данные о доступе.
Представление значений данных выражения в объектах ExptData
Создайте объекты ExptData, используйте свойства и методы и данные о доступе.
Представление метаданных выборки и функции в объектах MetaData
Создайте объекты MetaData, используйте свойства и методы и данные о доступе.
Представление информации об эксперименте в объекте MIAME
Создайте объекты MIAME, используйте свойства и методы и данные о доступе.
Представление всех данных в объекте ExpressionSet
Создайте объекты ExpressionSet, используйте свойства и методы и данные о доступе.
Концепции
Аналитические инструменты микроданных массива
Среда MATLAB® широко используется для анализа микроданных массива, включая чтение, фильтрацию, нормализацию и визуализацию микроданных массива.
Статистическое изучение и визуализация
Можно классифицировать и идентифицировать функции в наборах данных, настроить эксперименты перекрестной проверки и сравнить различные методы классификации.
