Exponenta Banner

seqdotplot

Создайте точечную диаграмму двух последовательностей

Синтаксис

seqdotplot(Seq1, Seq2)
seqdotplot(Seq1,Seq2, Window, Number)
Matches = seqdotplot(...)
[Matches, Matrix] = seqdotplot(...)

Аргументы

Seq1, Seq2 Нуклеотид или последовательности аминокислот. Введите вектор символов или строку для каждой последовательности. Не вводите вектор целых чисел. Можно также ввести структуру с полем Sequence.
WindowВведите целое число для размера окна.
NumberВведите целое число для количества символов в окне то соответствие.

Описание

seqdotplot(Seq1, Seq2) строит фигуру, которая визуализирует соответствие между двумя последовательностями.

seqdotplot(Seq1,Seq2, Window, Number) последовательность графиков соответствует, когда существуют, по крайней мере, соответствия Number в окне размера Window.

При графическом выводе последовательностей нуклеотида запустите с Window 11 и Number 7.

Matches = seqdotplot(...) возвращает количество точек в матрице точечной диаграммы.

[Matches, Matrix] = seqdotplot(...) возвращает точечную диаграмму как разреженную матрицу.

Примеры

Этот пример показывает общие черты между прионным белком (PrP) последовательности нуклеотида двух жвачных животных, муфлона и золотым такином.

moufflon = getgenbank('AB060288','Sequence',true);
takin = getgenbank('AB060290','Sequence',true);
seqdotplot(moufflon,takin,11,7)

Примечание

Для правильной интерпретации точечной диаграммы разрешение дисплея вашего монитора должно смочь содержать длины последовательности. Если разрешение не соответствует, seqdotplot изменяет размер изображения и возвращает предупреждение.

Matches = seqdotplot(moufflon,takin,11,7)
Matches =
        5552

[Matches, Matrix] = seqdotplot(moufflon,takin,11,7)

Смотрите также

|

Представлено до R2006a

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка