Exponenta Banner

seqqcplot

Создайте графики контроля качества для качественных данных и последовательности

свернуть все на странице

Синтаксис

seqqcplot(fastqFile)
seqqcplot(fastqFile,type)
seqqcplot(fastqFile,type,encoding)
seqqcplot(___,Name,Value)
H = seqqcplot(___)

Описание

пример

seqqcplot(fastqFile) генерирует фигуру с графиками контроля качества (QC) последовательности и качественных данных из одного или нескольких FASTQ-отформатированных файлов, заданных в fastqFile. Фигура содержит следующие типы графиков QC.

  • Диаграмма для среднего качества выигрывает в каждом положении последовательности

  • Столбиковая диаграмма для последовательности основывает состав в каждом положении последовательности

  • Гистограмма среднего качества последовательности выигрывает распределение

  • Гистограмма распространения контента GC

  • Гистограмма распределения длины последовательности

В фигуре можно кликнуть по определенному графику открыть его в отдельном окне.

пример

seqqcplot(fastqFile,type) генерирует график QC, заданный type.

пример

seqqcplot(fastqFile,type,encoding) также задает формат кодировки основного качества во входном файле.

пример

seqqcplot(___,Name,Value) использование любой из входных параметров в предыдущих синтаксисах и дополнительных опциях задано одним или несколькими аргументами пары Name,Value.

пример

H = seqqcplot(___) возвращается фигура обрабатывают H выходной фигуры.

Примеры

свернуть все

Скрипт Open Live Script

Постройте графики контроля качества для статистики последовательности и качественных данных из файла FASTQ.

seqqcplot('SRR005164_1_50.fastq');

Постройте только диаграмму счета среднего качества к каждому положению последовательности.

seqqcplot('SRR005164_1_50.fastq','QualityBoxplot');

Отобразите качественные данные на графике последовательностей с минимальным средним качеством 25.

seqqcplot('SRR005164_1_50.fastq','MeanQuality',25);

Отобразите данные на графике последовательностей, имеющих минимальное среднее качество 25 и минимальную длину последовательности 100.

seqqcplot('SRR005164_1_50.fastq','MeanQuality',25,'MinLength',100);

Произведите графики QC для качественных данных, соответствующих подпоследовательностям от основного положения 10 - 100.

seqqcplot('SRR005164_1_50.fastq','BasePositions',[10 100]);

Входные параметры

свернуть все

Имена FASTQ-отформатированных файлов с последовательностью и информацией качества, указанной как вектор символов, строка, представляют в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов.

Пример: 'SRR005164_1_50.fastq'

Имя QC строит, чтобы сгенерировать, заданный как одно из следующего:

Имя графика QCОписание
'QualityBoxplot'Диаграмма для среднего качества выигрывает в каждом положении последовательности.
'CompositionLine'Линейный график для последовательности основывает состав в каждом положении последовательности.
'CompositionBar'Столбиковая диаграмма для последовательности основывает состав в каждом положении последовательности.
'QualityDistribution'Гистограмма среднего качества последовательности выигрывает распределение.
'GCDistribution'Гистограмма распространения контента GC.
'LengthDistribution'Гистограмма распределения длины последовательности.
'Summary'Итоговая фигура, содержащая все доступные графики QC, кроме графика 'CompositionLine'. Данные также показывают значения пар "имя-значение", которые использовались, чтобы сгенерировать графики. Если пары "имя-значение" не были заданы, это показывает соответствующие значения по умолчанию вместо этого.

По умолчанию все доступные графики QC построены как подграфики в фигуре. Чтобы открыть определенный подграфик в отдельном окне рисунка, кликните по подграфику.

Пример: 'QualityBoxplot'

Формат кодировки основного качества, заданного как одно из следующего:

  • 'Sanger'

  • 'Solexa'

  • 'Illumina13'

  • 'Illumina15'

  • 'Illumina18'

  • 'Illumina19'

Пример: 'Sanger'

Аргументы в виде пар имя-значение

Укажите необязательные аргументы в виде пар ""имя, значение"", разделенных запятыми. Имя (Name) — это имя аргумента, а значение (Value) — соответствующее значение. Name должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN.

Пример: 'MeanQuality',5

Минимальный порог в среднем основывает качество через каждую последовательность, заданную в виде числа. Функция считает только последовательности со счетом среднего качества равными или больше, чем порог. Пороговое значение интерпретировано согласно заданному формату кодировки. Значением по умолчанию является -Inf, то есть, любая последовательность рассматривается.

Пример: 'MeanQuality',5

Минимальный порог на длине последовательности, заданной в виде неотрицательного числа. Функция считает только последовательности с длиной равными или больше, чем порог.

Пример: 'MinLength',100

Основная область значений положения для подпоследовательностей, заданных как двухэлементный вектор. Функция рассматривает только подпоследовательности в заданной области значений положения. Значением по умолчанию является [1 Inf], то есть, целая длина каждой последовательности рассматривается.

Пример: 'BasePositions',[5 50]

Выходные аргументы

свернуть все

Обработайте к выходной фигуре, возвращенной как указатель фигуры.

Смотрите также

| | |

Введенный в R2017a

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка