Представление значений данных выражения в объектах ExptData

Обзор объектов ExptData

Можно использовать объект ExptData сохранить значения выражения из эксперимента микромассивов. Объектно-ориентированная память ExprData значения данных в одном или нескольких объектах DataMatrix, каждый имеющий те же имена строки (показывают имена), и имена столбцов (демонстрационные имена). Каждый элемент (объект DataMatrix) в объекте ExptData имеет имя элемента.

Следующее иллюстрирует маленький объект DataMatrix, содержащий значения выражения от трех выборок (столбцы) и семи функций (строки):

                  A         B         C     
    100001_at      2.26     20.14     31.66
    100002_at    158.86    236.25    206.27
    100003_at     68.11    105.45     82.92
    100004_at     74.32     96.68     84.87
    100005_at     75.05     53.17     57.94
    100006_at     80.36     42.89     77.21
    100007_at    216.64    191.32    219.48

Объект ExptData позволяет вам сохранить, справиться, и подмножество значения данных из эксперимента микромассивов. Объект ExptData включает свойства и методы, которые позволяют вам доступ, получают и изменяют значения данных из эксперимента микромассивов. Эти свойства и методы полезны, чтобы просмотреть и анализировать данные. Для списка свойств и методов, смотрите класс ExptData.

Построение объектов ExptData

Файл mouseExprsData.txt, используемый в этом примере, содержит данные Hovatta и др., 2005.

Импортируйте пакет bioma.data так, чтобы DataMatrix и функции конструктора ExptData были доступны.
```
import bioma.data.*
```
Используйте функцию конструктора DataMatrix, чтобы создать объект DataMatrix из данных об экспрессии гена в файле mouseExprsData.txt. Этот файл содержит таблицу значений выражения и метаданных (выборка и имена функции) из эксперимента микромассивов сделанное использование массива Affymetrix^® MGU74Av2 GeneChip^®. Существует 26 демонстрационных имен (A через Z) и 500 имен функции (тестовые определенные имена).
```
dmObj = DataMatrix('File', 'mouseExprsData.txt');
```
Используйте функцию конструктора ExptData, чтобы создать объект ExptData из объекта DataMatrix.
```
EDObj = ExptData(dmObj);
```

Отобразите информацию об объекте ExptData, EDObj.

EDObj 

Experiment Data:
  500 features,  26 samples
  1 elements
  Element names: Elmt1

Примечание

Для полной информации при построении объектов ExptData смотрите класс ExptData.

Используя свойства объекта ExptData

К свойствам доступа объекта ExptData используйте следующий синтаксис:

objectname.propertyname

Например, чтобы определить число элементов (объекты DataMatrix) в объекте ExptData:

EDObj.NElements

ans =

     1

Чтобы установить свойства объекта ExptData, используйте следующий синтаксис:

objectname.propertyname = propertyvalue

Например, чтобы установить свойство Name объекта ExptData:

EDObj.Name = 'MyExptDataObject'

Примечание

Имена свойства являются чувствительными к регистру. Для списка и описания всех свойств объекта ExptData, смотрите класс ExptData.

Используя методы объекта ExptData

Чтобы использовать методы объекта ExptData, используйте любой из следующих синтаксисов:

objectname.methodname

или

methodname(objectname)

Например, чтобы получить демонстрационные имена из объекта ExptData:

EDObj.sampleNames

Columns 1 through 9

    'A'    'B'    'C'    'D'    'E'    'F'    'G'    'H'    'I'  ...

Возвратить размер объекта ExptData:

size(EDObj)

ans =

   500    26

Примечание

Для полного списка методов объекта ExptData смотрите класс ExptData.

Ссылки

[1] Hovatta, я., Теннант, R S., Helton, R., и др. (2005). Glyoxalase 1 и редуктаза глутатиона 1 регулируют беспокойство в мышах. Природа 438, 662–666.

Документация