Можно сохранить или выборку или показать метаданные из эксперимента экспрессии гена микромассивов в объекте MetaData. Метаданные состоят из имен переменных, например, связанный или с выборками или с микрофункциями массива, наряду с описаниями и значениями для переменных.
MetaData объектно-ориентированная память метаданные в двух массивах набора данных:
Массив набора данных значений — массив набора данных, содержащий измеренное значение каждой переменной на выборку или функцию. В этом массиве набора данных столбцы соответствуют переменным, и строки соответствуют или выборкам или функциям. Номер и имена столбцов в этом массиве набора данных должны совпадать с номером и именами строк в массиве набора данных Descriptions. Если этот массив набора данных содержит демонстрационные метаданные, то номер и имена строк (выборки) должны совпадать с номером и именами столбцов в объектах DataMatrix в том же объекте ExpressionSet. Если этот массив набора данных содержит метаданные функции, то номер и имена строк (функции) должны совпадать с номером и именами строк в объектах DataMatrix в том же объекте ExpressionSet.
Массив набора данных Descriptions — массив набора данных, содержащий список имен переменных и их описания. В этом массиве набора данных каждая строка соответствует переменной. Имена строки являются именами переменных, и столбец, названный VariableDescription, содержит описание переменной. Номер и имена строк в массиве набора данных Descriptions должны совпадать с номером и именами столбцов в массиве набора данных Values.
Следующее иллюстрирует массив набора данных, содержащий измеренное значение каждой переменной на выборку или функцию:
Gender Age Type Strain Source
A 'Male' 8 'Wild type' '129S6/SvEvTac' 'amygdala'
B 'Male' 8 'Wild type' '129S6/SvEvTac' 'amygdala'
C 'Male' 8 'Wild type' '129S6/SvEvTac' 'amygdala'
D 'Male' 8 'Wild type' 'A/J ' 'amygdala'
E 'Male' 8 'Wild type' 'A/J ' 'amygdala'
F 'Male' 8 'Wild type' 'C57BL/6J ' 'amygdala' Следующее иллюстрирует массив набора данных, содержащий список имен переменных и их описания:
VariableDescription id 'Sample identifier' Gender 'Gender of the mouse in study' Age 'The number of weeks since mouse birth' Type 'Genetic characters' Strain 'The mouse strain' Source 'The tissue source for RNA collection'
Объект MetaData позволяет вам сохранить, справиться, и подмножество метаданные из эксперимента микромассивов. Объект MetaData включает свойства и методы, которые позволяют вам доступ, получают, и метаданные изменения из эксперимента микромассивов. Эти свойства и методы полезны, чтобы просмотреть и анализировать метаданные. Для списка свойств и методов, смотрите класс MetaData
Импортируйте пакет bioma.data так, чтобы функция конструктора MetaData была доступна.
import bioma.data.*
Загрузите некоторые выборочные данные, которые включают ирисовые данные Фишера 5 измерений на выборке 150 ирисовых диафрагм.
load fisheriris
Создайте массив набора данных из некоторых ирисовых данных Фишера. Массив набора данных будет содержать 750 измеренных значений, один для каждой из 150 выборок (ирисовая диафрагма реплицирует) в пяти переменных (разновидности, SL, SW, PL, PW). В этом массиве набора данных строки соответствуют выборкам, и столбцы соответствуют переменным.
irisValues = dataset({nominal(species),'species'}, ...
{meas, 'SL', 'SW', 'PL', 'PW'});Создайте другой массив набора данных, содержащий список имен переменных и их описания. Этот массив набора данных будет содержать пять строк, каждый соответствующий этим пяти переменным: разновидности, SL, SW, PL и PW. Первый столбец будет содержать имя переменной. Второй столбец будет иметь заголовок столбца VariableDescription и содержать описание переменной.
% Create 5-by-1 cell array of description text for the variables
varDesc = {'Iris species', 'Sepal Length', 'Sepal Width', ...
'Petal Length', 'Petal Width'}';
% Create the dataset array from the variable descriptions
irisVarDesc = dataset(varDesc, ...
'ObsNames', {'species','SL','SW','PL','PW'}, ...
'VarNames', {'VariableDescription'})
irisVarDesc =
VariableDescription
species 'Iris species'
SL 'Sepal Length'
SW 'Sepal Width'
PL 'Petal Length'
PW 'Petal Width' Создайте объект MetaData из двух массивов набора данных.
MDObj1 = MetaData(irisValues, irisVarDesc);
Импортируйте пакет bioma.data так, чтобы функция конструктора MetaData была доступна.
import bioma.data.*
Просмотрите файл mouseSampleData.txt, включенный с программным обеспечением Bioinformatics Toolbox™.
Обратите внимание на то, что этот текстовый файл содержит две таблицы. Одна таблица содержит 130 измеренных значений, один для каждой из 26 выборок (Через Z) в пяти переменных (Пол, Возраст, Тип, Деформация и Источник). В этой таблице строки соответствуют выборкам, и столбцы соответствуют переменным. Второй таблице снабдил строки предисловием символ #. Это содержит пять строк, каждый соответствующий этим пяти переменным: Пол, Возраст, Тип, Деформация и Источник. Первый столбец содержит имя переменной. Второй столбец имеет заголовок столбца VariableDescription и содержит описание переменной.
# id: Sample identifier # Gender: Gender of the mouse in study # Age: The number of weeks since mouse birth # Type: Genetic characters # Strain: The mouse strain # Source: The tissue source for RNA collection ID Gender Age Type Strain Source A Male 8 Wild type 129S6/SvEvTac amygdala B Male 8 Wild type 129S6/SvEvTac amygdala C Male 8 Wild type 129S6/SvEvTac amygdala D Male 8 Wild type A/J amygdala E Male 8 Wild type A/J amygdala F Male 8 Wild type C57BL/6J amygdala G Male 8 Wild type C57BL/6J amygdala H Male 8 Wild type 129S6/SvEvTac cingulate cortex I Male 8 Wild type 129S6/SvEvTac cingulate cortex J Male 8 Wild type A/J cingulate cortex K Male 8 Wild type A/J cingulate cortex L Male 8 Wild type A/J cingulate cortex M Male 8 Wild type C57BL/6J cingulate cortex N Male 8 Wild type C57BL/6J cingulate cortex O Male 8 Wild type 129S6/SvEvTac hippocampus P Male 8 Wild type 129S6/SvEvTac hippocampus Q Male 8 Wild type A/J hippocampus R Male 8 Wild type A/J hippocampus S Male 8 Wild type C57BL/6J hippocampus T Male 8 Wild type C57BL/6J4 hippocampus U Male 8 Wild type 129S6/SvEvTac hypothalamus V Male 8 Wild type 129S6/SvEvTac hypothalamus W Male 8 Wild type A/J hypothalamus X Male 8 Wild type A/J hypothalamus Y Male 8 Wild type C57BL/6J hypothalamus Z Male 8 Wild type C57BL/6J hypothalamus
Создайте объект MetaData из метаданных в файле mouseSampleData.txt.
MDObj2 = MetaData('File', 'mouseSampleData.txt', 'VarDescChar', '#')
Sample Names:
A, B, ...,Z (26 total)
Variable Names and Meta Information:
VariableDescription
Gender ' Gender of the mouse in study'
Age ' The number of weeks since mouse birth'
Type ' Genetic characters'
Strain ' The mouse strain'
Source ' The tissue source for RNA collection' Для полной информации при построении объектов MetaData смотрите класс MetaData.
К свойствам доступа объекта MetaData используйте следующий синтаксис:
objectname.propertyname
Например, чтобы определить количество переменных в объекте MetaData:
MDObj2.NVariables
ans =
5Чтобы установить свойства объекта MetaData, используйте следующий синтаксис:
objectname.propertyname = propertyvalue
Например, чтобы установить свойство Description объекта MetaData:
MDObj1.Description = 'This is my MetaData object for my sample metadata'
Имена свойства являются чувствительными к регистру. Для списка и описания всех свойств объекта MetaData, смотрите класс MetaData.
Чтобы использовать методы объекта MetaData, используйте любой из следующих синтаксисов:
objectname.methodname
или
methodname(objectname)
Например, чтобы получить доступ к массиву набора данных в объекте MetaData, который содержит значения переменных:
MDObj2.variableValues;
Чтобы получить доступ к массиву набора данных объекта MetaData, который содержит описания переменной:
variableDesc(MDObj2)
ans =
VariableDescription
Gender ' Gender of the mouse in study'
Age ' The number of weeks since mouse birth'
Type ' Genetic characters'
Strain ' The mouse strain'
Source ' The tissue source for RNA collection' Для полного списка методов объекта MetaData смотрите класс MetaData.