Приложение Sequence Alignment интегрирует многих последовательность и несколько функций выравнивания в тулбоксе. Вместо того, чтобы ввести команды в Командном окне MATLAB®, можно использовать это приложение, чтобы визуально осмотреть выравнивание кратного и внести ручные корректировки.
Считайте файл выравнивания последовательности кратного полибелка затычки для нескольких деформаций HIV.
gagaa = multialignread('aagag.aln')Просмотрите выровненные последовательности в приложении Sequence Alignment.
seqalignviewer(gagaa);
Алгоритмы для выравнивания нескольких последовательностей не всегда приводят к оптимальному результату. Путем визуального осмотра выравнивания можно идентифицировать области, выравнивание которых может быть улучшено ручной настройкой.
Чтобы лучше визуализировать выравнивания последовательности, можно увеличить масштаб путем выбора Display> Zoom in. Выберите эту опцию многократно, пока вы не достигаете уровня изменения масштаба, который вы хотите.
Идентифицируйте область, где вы могли улучшить выравнивание.
Кликните по букве или области. Выбранная область является центральным блоком. Можно затем перетащить последовательность (последовательности) налево или направо от центрального блока.
Чтобы переместить одну букву (T в этом примере), перетащите букву T (центральный блок) к праву вставить разрыв.
Преодолейте разрыв путем перетаскивания буквы назад налево.
Можно также переместить несколько остатков (подпоследовательность). Предположим, что вы хотите переместить подпоследовательность в доступные разрывы. Сначала выберите область разрыва, которую вы хотите заполнить.
Перетащите подпоследовательность (подпоследовательности) справа или оставленный области разрыва в область разрыва.
Предположим, что вы хотите удалить один или несколько выровненных последовательностей. Сначала выберите последовательность (последовательности), которая будет удалена. Затем выберите Edit> Delete Sequences.
Удалите пустые столбцы путем выбора Edit> Remove Empty Columns.
После редактирования можно экспортировать выровненные последовательности или последовательность согласия к файлу FASTA или рабочему пространству MATLAB из меню File.
Можно переместить строки (последовательности) или вниз одной строкой. Можно также переместить выбранные строки в верхнюю часть или нижнюю часть списка.
Выбранная последовательность перемещается в нижнюю часть списка.
Можно сгенерировать филогенетическое дерево с помощью выровненных последовательностей из приложения. Можно выбрать подмножество последовательностей или использовать все последовательности, чтобы сгенерировать дерево.
Выберите Display> View Tree> Selected..., чтобы сгенерировать дерево от выбранных последовательностей.
Филогенетическое дерево для последовательностей отображено в приложении Phylogenetic Tree. Для получения дополнительной информации на приложении, смотрите Используя Приложение Phylogenetic Tree.
NGS Browser | Sequence Alignment | Sequence Viewer | seqalignviewer