seqalignviewer

Визуализируйте и отредактируйте несколько выравнивание последовательности

свернуть все на странице

Синтаксис

seqalignviewer
seqalignviewer(Alignment)
seqalignviewer(Alignment,Name,Value)
seqalignviewer('close')

Описание

пример

seqalignviewer открывает приложение Sequence Alignment, где можно отобразить и в интерактивном режиме настроить несколько выравниваний последовательности.

seqalignviewer(Alignment) загружает группу, ранее умножают выровненные последовательности в приложение, где можно просмотреть и в интерактивном режиме настроить выравнивание.

seqalignviewer(Alignment,Name,Value) открывает приложение с дополнительными опциями, заданными одним или несколькими аргументами пары Name,Value.

seqalignviewer('close') закрывает приложение Sequence Alignment.

Совет

Если разрывы доступны после того, как вы выбрали блок от выровненных последовательностей, то существует три области, которые можно перетащить и переместить горизонтально:

  • Выбранный блок

  • Блокируйтесь слева от выбора

  • Блокируйтесь справа от выбора

Примеры

свернуть все

Скрипт Open Live Script

Загрузите и просмотрите файл выравнивания последовательности кратного.

seqalignviewer('aagag.aln')

Также можно нажать Sequence Alignment на вкладке Apps, чтобы открыть приложение и просмотреть данные о выравнивании.

Можно также сгенерировать филогенетическое дерево от выровненных последовательностей из приложения. Выберите Display> View Tree.

Входные параметры

свернуть все

Данные о нескольких упорядочивают выравнивание (MSA), заданные как:

  • Структура MATLAB®, содержащая поле Sequence, такой, как возвращено fastaread, gethmmalignment, multialign или multialignread

  • Символьный массив или вектор-столбец данных о MSA строк, содержащих, такой, как возвращено multialign

  • Вектор символов, задающий файл или URL, содержащий данные о MSA

  • 3 N символьным массивом, показывающим попарное выравнивание двух последовательностей, такой, как возвращено nwalign или swalign.

Аргументы в виде пар имя-значение

Укажите необязательные аргументы в виде пар ""имя, значение"", разделенных запятыми. Имя (Name) — это имя аргумента, а значение (Value) — соответствующее значение. Name должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN.

Пример: 'Alphabet','AA' указывает, что выровненные последовательности являются последовательностями аминокислот.

Тип выровненных последовательностей, заданных как 'AA' для последовательностей аминокислот или 'NT' для последовательностей нуклеотида. Если вы не задаете тип, seqalignviewer пытается определить правильный тип. Если это не может, это принять значение по умолчанию к 'AA'.

Пример: 'Alphabet','AA'

Список имен, чтобы маркировать последовательности в окне выравнивания, заданном как массив MATLAB структур, содержащих поле Header или Name, массив ячеек из символьных векторов или вектор строки. Число элементов в любом массиве должно совпасть с количеством последовательностей в данных о выравнивании Alignment.

Пример: 'SeqHeaders',names

Альтернативы

Можно также отобразить нанесенный цветную маркировку несколько или попарное выравнивание последовательности с помощью функции showalignment. Однако выравнивание отображается в окне MATLAB Figure, где вы не можете взаимодействовать с ним.

Вопросы совместимости

развернуть все

Ошибки, запускающиеся в R2017b

Смотрите также

| | | | | | | | |

Темы

Представленный в R2012b

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте