Подготовьте объект SimFunction к ускоренным симуляциям
accelerate(F)
F | SimFunction object создается методом createSimFunction модели SimBiology. |
accelerate(F) готовит SimFunction object F к ускоренным симуляциям.
F автоматически ускоряется при первом функциональном выполнении. Однако вручную ускорьте объект, если вы хотите ускоренный в ваших приложениях развертывания.
Этот пример использует Лотку - Вольтерру (добыча хищника) модель, описанная Гиллеспи [1].
Загрузите демонстрационный проект, содержащий lotka модель.
sbioloadproject lotka;Создайте объект SimFunction f с c1 и c2 как входные параметры, которые будут отсканированы, и y1 и y2 как вывод функции без дозы.
f = createSimFunction(m1,{'Reaction1.c1', 'Reaction2.c2'},{'y1', 'y2'}, [])f =
SimFunction
Parameters:
Name Value Type
______________ _____ ___________
'Reaction1.c1' 10 'parameter'
'Reaction2.c2' 0.01 'parameter'
Observables:
Name Type
____ _________
'y1' 'species'
'y2' 'species'
Dosed: NoneОбъект SimFunction f не установлен для ускорения во время создания. Но это будет автоматически ускорено, когда выполняется.
f.isAccelerated
ans =
0Задайте входную матрицу, которая содержит значения параметров для c1 и c2.
phi = [10 0.01];
Запустите симуляции, пока время остановки не равняется 5, и постройте результаты симуляции.
sbioplot(f(phi,5))
Подтвердите объект SimFunction, f был ускорен во время выполнения.
f.isAccelerated
ans =
1[1] Гиллеспи Д.Т. "Точная симуляция Stochatic двойных химических реакций", (1977) журнал физической химии, 81 (25), 2340-2361.