Создайте реакцию, возражают и добавляют к объекту модели
reactionObj =
addreaction(modelObj,'ReactionValue')
reactionObj =
addreaction(modelObj, 'ReactantsValue', 'ProductsValue')
reactionObj = addreaction(modelObj,
'ReactantsValue', RStoichCoefficients,
'ProductsValue', PStoichCoefficients)
reactionObj =
addreaction(...'PropertyName', PropertyValue...)
| SimBiology® model object. |
| Задайте уравнение реакции. Введите вектор символов. Дефис, которому предшествует пробел и сопровождаемый правой угловой скобкой ( Примерами является Если существует несколько отсеков, или задавать имя отсека, используйте Примерами является |
| Вектор символов, задающий имя разновидностей, массив ячеек из символьных векторов, объект разновидностей или массив объектов разновидностей. При использовании имен квалифицируйте с именами отсека, если существует несколько отсеков. |
| Вектор символов, задающий имя разновидностей, массив ячеек из символьных векторов, объект разновидностей или массив объектов разновидностей. При использовании имен квалифицируйте с именами отсека, если существует несколько отсеков. |
| Стехиометрические коэффициенты для реагентов, длина массива равняется длине |
| Стехиометрические коэффициенты для продуктов, длина массива равняется длине |
reactionObj =
addreaction(modelObj,'ReactionValue')ReactionValueReaction, присваивает объект (объекты) разновидностей реагента свойству Reactants, присваивает объект (объекты) разновидностей продукта свойству Products и присваивает model object свойству Parent. В Объекте модели (modelObj) этот метод присваивает объект реакции свойству Reactions и возвращает объект реакции (reactionObj).
reactionObj = addreaction(modelObj, 'a -> b')
Когда вы задаете реакцию с новой разновидностью:
Если никакие объекты отсека не существуют в модели, метод создает объект отсека (названный 'unnamed'
Если только один объект отсека (compObj) существует в модели, метод создает объект разновидностей в том отсеке.
Если существует больше чем один объект отсека (compObj) в модели, необходимо квалифицировать имя разновидностей с именем отсека.
Например, cell.glucose обозначает, что вы хотите поместить разновидности под названием glucose в отсек под названием cell. Кроме того, если отсек под названием cell не существует, процесс добавления, что реакция создает отсек и называет его cell.
Можно вручную добавить разновидность в объект отсека с методом addspecies.
Можно добавить разновидности в объект реакции использование методов addreactant или addproduct. Можно удалить разновидности из объекта реакции с методами rmreactantrmproduct. Свойство Reaction изменяется путем добавления или удаления разновидностей из уравнения реакции.
Можно скопировать объект реакции SimBiology в объект модели с функциональным copyobj. Можно удалить объект реакции SimBiology из объекта модели SimBiology с функциональным delete.
Можно просмотреть дополнительные свойства объектов реакции с командой get. Например, уравнение реакции reactionObj может быть просмотрено с командой get(reactionObj, 'Reaction')set.
reactionObj =
addreaction(modelObj, 'ReactantsValue', 'ProductsValue')Reaction с помощью реагента (ReactantsValueProductsValueReactants и Products и присваивает объект модели свойству Parent. В объекте модели (modelObj) этот метод присваивает объект реакции свойству Reactions и возвращает объект реакции (reactionObj). Стехиометрические значения приняты, чтобы быть 1.
reactionObj = addreaction( добавляют стехиометрические коэффициенты (modelObj,
'ReactantsValue', RStoichCoefficients,
'ProductsValue', PStoichCoefficients)RStoichCoefficientsPStoichCoefficients) для разновидностей продукта к свойству Stoichiometry. Длина Reactants и RCoefficients должна быть равной, и длина Products, и PCoefficients должен быть равным.
задает дополнительные свойства. Имя свойства / пары значения свойства может быть в любом формате, поддержанном функциональным reactionObj =
addreaction(...'PropertyName', PropertyValue...)set.
Если вы используете метод addreaction, чтобы создать выражение скорости реакции, которое не непрерывно и дифференцируемо, смотрите Используя События, чтобы Обратиться к Разрывам в Выражениях Правила и Скорости реакции прежде, чем моделировать вашу модель.
Методы для объектов реакции
| addkineticlaw (реакция) | Создайте кинетический закон, возражают и добавляют к объекту реакции |
| addproduct (реакция) | Добавьте объект разновидностей продукта в объект реакции |
| addreactant (реакция) | Добавьте объект разновидностей как реагент к объекту реакции |
| copyobj (любой объект) | Скопируйте объект SimBiology и его дочерние элементы |
| удалите (любой объект) | Объект Delete SimBiology |
| отображение (любой объект) | Отобразите сводные данные объекта SimBiology |
| доберитесь (любой объект) | Получите свойства объектов |
| getadjacencymatrix (модель) | Получите матрицу смежности от объекта модели |
| getstoichmatrix (модель) | Получите матрицу стехиометрии от объекта модели |
| переименуйте (отсек, параметр, разновидности, реакция) | Переименуйте объект и обновите выражения |
| rmproduct (реакция) | Удалите объект разновидностей из продуктов объекта реакции |
| rmreactant (реакция) | Удалите объект разновидностей из реагентов объекта реакции |
| установите (любой объект) | Установите свойства объектов |
Свойства для объектов реакции
| Активный | Укажите на объект в использовании во время симуляции |
| KineticLaw | Покажите кинетический закон, используемый для ReactionRate |
| Имя | Задайте имя объекта |
| Примечания | Текст HTML, описывающий объект SimBiology |
| Родительский элемент | Укажите на родительский объект |
| Продукты | Массив продуктов реакции |
| Реагенты | Массив реагентов реакции |
| Реакция | Реакция объекта Reaction |
| ReactionRate | Уравнение скорости реакции в объекте реакции |
| Обратимый | Задайте, обратима ли реакция или необратима |
| Стехиометрия | Коэффициенты разновидностей в реакции |
| Тег | Задайте метку для объекта SimBiology |
| Ввод | Отобразите тип объекта SimBiology |
| UserData | Задайте данные, чтобы сопоставить с объектом |
Создайте модель, добавьте объект реакции и присвойте выражение для уравнения скорости реакции.
Создайте объект модели, и затем добавьте объект реакции.
modelObj = sbiomodel('my_model'); reactionObj = addreaction(modelObj, 'a -> c + d');
Создайте кинетический объект закона для объекта реакции типа 'Henri-Michaelis-Menten'.
kineticlawObj = addkineticlaw(reactionObj, 'Henri-Michaelis-Menten');Свойство reactionObj KineticLaw сконфигурировано к kineticlawObj.
Кинетический закон 'Henri-Michaelis-Menten' имеет две переменные параметра (Vm и Km) и одна переменная разновидностей (S), который должен, чтобы быть установленным. Чтобы установить эти переменные, сначала создайте переменные параметра как объекты параметра (parameterObj1, parameterObj2) с именами Vm_d и Km_d, и присвойте объекты значение свойства Parent kineticlawObj.
parameterObj1 = addparameter(kineticlawObj, 'Vm_d'); parameterObj2 = addparameter(kineticlawObj, 'Km_d');
Установите имена переменных для кинетического объекта закона.
set(kineticlawObj,'ParameterVariableNames', {'Vm_d' 'Km_d'}); set(kineticlawObj,'SpeciesVariableNames', {'a'});
Проверьте, что скорость реакции выражается правильно в свойстве объекта ReactionRate реакции.
get (reactionObj, 'ReactionRate')MATLAB возвращается:
ans = Vm_d*a/(Km_d+a)
model object, addkineticlaw, addproduct, addreactant, rmproduct, rmreactant