Exponenta Banner
exponenta event banner

addspecies (модель, отсек)

Создайте разновидности, возражают и добавляют к объекту отсека в объекте модели

Синтаксис

speciesObj = addspecies(compObj, 'NameValue')
speciesObj = addspecies(compObj, 'NameValue', InitialAmountValue)
speciesObj = addspecies(modelObj, 'NameValue')
speciesObj = addspecies(modelObj, 'NameValue', InitialAmountValue)
speciesObj = addspecies(...'PropertyName', PropertyValue...)

Аргументы

compObjCompartment object.
modelObjModel object, содержащий нуль или один отсек.
NameValueНазовите для объекта разновидностей. Введите вектор символов, уникальный среди разновидностей в modelObj или compObj. Объекты разновидностей идентифицированы по наименованию в Event, ReactionRate и свойствах Rule.

Для получения информации об именовании разновидностей смотрите Name.

Можно использовать функциональный sbioselect, чтобы найти объект с определенным значением свойства Name.

InitialAmountValueНачальное значение суммы для объекта разновидностей. Введите double. Положительное вещественное число, значением по умолчанию является 0.
PropertyNameВведите имя допустимого свойства. Допустимые имена свойства перечислены в Сводных данных Свойства.
PropertyValueВведите значение для свойства, заданного в PropertyName. Допустимые значения свойств перечислены на каждой странице с описанием свойства.

Описание

speciesObj = addspecies(compObj, 'NameValue') создает speciesObj, объект разновидностей, и добавляет его в compObj, объект отсека. В объекте разновидностей этот метод присваивает NameValue свойству Name, присваивает compObj свойству Parent и присваивает 0 свойству InitialAmount. В объекте отсека этот метод добавляет объект разновидностей в свойство Species.

speciesObj = addspecies(compObj, 'NameValue', InitialAmountValue), в дополнение к вышеупомянутому, InitialAmountValue присвоений к свойству InitialAmount для объекта разновидностей.

speciesObj = addspecies(modelObj, 'NameValue') создает speciesObj, объект разновидностей, и добавляет его в compObj, объект отсека в modelObj, model object. Если modelObj не содержит отсеков, он создает compObj со свойством Name 'unnamed'. В объекте разновидностей этот метод присваивает NameValue свойству Name, присваивает compObj свойству Parent и присваивает 0 свойству InitialAmount. В объекте отсека этот метод добавляет объект разновидностей в свойство Species.

speciesObj = addspecies(modelObj, 'NameValue', InitialAmountValue), в дополнение к вышеупомянутому, InitialAmountValue присвоений к свойству InitialAmount для объекта разновидностей.

Можно также добавить разновидность в реакцию с помощью методов addreactant и addproduct.

Объект разновидностей должен иметь уникальное имя на уровне, на котором он создается. Например, объект отсека не может содержать два объекта разновидностей под названием H2O. Однако другой отсек может иметь разновидность под названием H2O.

Просмотрите свойства для объекта разновидностей с командой get и измените свойства для объекта разновидностей с командой set. Можно просмотреть сводную таблицу объектов разновидностей в отсеке (compObj) с get(compObj, 'Species') или свойствами первых разновидностей с get(compObj.Species(1)).

speciesObj = addspecies(...'PropertyName', PropertyValue...) задает дополнительные свойства. Имя свойства / пары значения свойства может быть в любом формате, поддержанном функциональным set (например, пары "имя-значение", структуры и пары массива ячеек значения имени). Сводные данные свойства на этой странице показывают список свойств.

Если существует больше чем один объект отсека (compObj) в модели, необходимо квалифицировать имя разновидностей с именем отсека. Например, cell.glucose обозначает, что вы хотите поместить разновидности под названием glucose в отсек под названием cell. Кроме того, если отсек под названием cell не существует, процесс добавления, что реакция создает отсек и называет его cell.

Если вы меняете имя разновидности, вы должны сконфигурировать все применимые элементы, такие как события и постановляете, что используют разновидности, любой заданный пользователями ReactionRate или кинетическое свойство объекта закона SpeciesVariableNames. Используйте метод setspecies, чтобы сконфигурировать SpeciesVariableNames.

Обновить имена разновидностей в графическом интерфейсе пользователя SimBiology®, доступ каждая соответствующая панель через Project Explorer. Можно также использовать функцию Find, чтобы определить местоположение имен, которые вы хотите обновить. Панель Output открывается результатами Find. Дважды кликните строку результата, чтобы перейти к местоположению компонента модели.

Имена разновидностей автоматически обновляются для реакций, которые используют MassAction кинетический закон.

Сводные данные метода

Методы для объектов разновидностей

copyobj (любой объект)Скопируйте объект SimBiology и его дочерние элементы
удалите (любой объект)Объект Delete SimBiology
отображение (любой объект)Отобразите сводные данные объекта SimBiology
findUsages (разновидности, параметр, отсек)Узнайте, как разновидность, параметр или отсек используются в модели
доберитесь (любой объект)Получите свойства объектов
переименуйте (отсек, параметр, разновидности, реакция)Переименуйте объект и обновите выражения
установите (любой объект)Установите свойства объектов

Сводные данные свойства

Свойства для объектов разновидностей

АктивныйУкажите на объект в использовании во время симуляции
BoundaryConditionУкажите на граничное условие разновидностей
ConstantAmount Задайте переменную или постоянную сумму разновидностей
InitialAmountСумма начальной буквы разновидностей
InitialAmountUnitsМодули суммы начальной буквы разновидностей
ИмяЗадайте имя объекта
ПримечанияТекст HTML, описывающий объект SimBiology
Родительский элементУкажите на родительский объект
ТегЗадайте метку для объекта SimBiology
ВводОтобразите тип объекта SimBiology
UserData Задайте данные, чтобы сопоставить с объектом

Примеры

Добавьте две разновидности в модель, где каждый - реагент, и другой фермент, катализирующий реакцию.

  1. Создайте объект модели под названием my_model и добавьте объект отсека.

    modelObj = sbiomodel ('my_model');
compObj = addcompartment(modelObj, 'comp1');

  2. Добавьте два объекта разновидностей, названные glucose_6_phosphate и glucose_6_phosphate_dehydrogenase.

    speciesObj1 = addspecies (compObj, 'glucose_6_phosphate');
speciesObj2 = addspecies (compObj, ...
                         'glucose_6_phosphate_dehydrogenase');

  3. Установите начальную сумму glucose_6_phosphate к 100 и проверьте.

    set (speciesObj1, 'InitialAmount',100);
get (speciesObj1, 'InitialAmount')

    MATLAB возвращается:

    ans =

   100

  4. Используйте get, чтобы отметить, что modelObj содержит объектный массив разновидностей. 

    get(compObj, 'Species')

    MATLAB возвращается:

    SimBiology Species Array

Index: Name:                             InitialAmount: InitialAmountUnits:
 1     glucose_6_phosphate                100               
 2     glucose_6_phosphate_dehydrogenase  0

  5. Получите информацию о первых разновидностях в массиве.

    get(compObj.Species(1))
            Annotation: ''
     BoundaryCondition: 0
        ConstantAmount: 0
         InitialAmount: 100
    InitialAmountUnits: ''
                  Name: 'glucose_6_phosphate'
                 Notes: ''
                Parent: [1x1 SimBiology.Compartment]
                   Tag: ''
                  Type: 'species'
              UserData: []

Представленный в R2006a

Документация SimBiology
Поддержка