BoundaryCondition

Укажите на граничное условие разновидностей

Описание

Свойство BoundaryCondition указывает, имеет ли объект разновидностей граничное условие.

Когда BoundaryCondition разновидности является false (значение по умолчанию), количество разновидностей изменяется реакциями, правилами, событиями и дозами. Если BoundaryCondition является true, количество разновидностей изменяется правилами, событиями и дозами, но не реакциями.

Установите BoundaryCondition на true когда это необходимо разновидности участвовать в реакции, но не хотите реакции изменить ее количество.

Все разновидности SimBiology^® являются переменными состояния независимо от свойства BoundaryCondition или ConstantAmount.

Больше информации

Рассмотрите следующие два варианта использования граничных условий:

Моделирование взаимодействий лиганда приемника, которые влияют на скорость изменения приемника, но не лиганда. Например, в ответ на гормон, приемники стероида, такие как глюкокортикоидный приемник (GR) перемещают от цитоплазмы (cyt) к ядру (nuc). Комплекс компаньонки hsp90/hsp70 направляет это ядерное перемещение [Пратт 2004]. Естественный лиганд для GR является кортизолом; синтетический гормональный дексаметазон (dex) используется вместо кортизола в экспериментальных системах. В этой системе дексаметазон участвует в реакции, но количество дексаметазона в ячейке отрегулировано, использовав правило. К просто образцовому перемещению GR вы могли использовать следующие реакции:
Формирование комплекса приемника компаньонки,
```
Hsp90_complex + GR_cyt -> Hsp90_complex:GR_cyt
```
В ответ на синтетический гормональный дексаметазон (dex) GR перемещается от цитоплазмы до ядра.
```
Hsp90_complex:GR_cyt + dex -> Hsp90_complex + GR_nuc + dex
```
Для dex,
```
 BoundaryCondition = true; ConstantAmount = false
```
В этом примере dex моделируется как граничное условие с правилом отрегулировать скорость изменения dex в системе. Здесь, количество dex не определяется уровнем второй реакции, но правилом скорости такой как
```
ddex/dt = 0.001 
```
который задан в программном обеспечении SimBiology как
```
dex = 0.001
```
Моделируя роль нуклеотидов (например, GTP, ATP, ЛАГЕРЬ) и кофакторы (например, приблизительно ⁺⁺, NAD ⁺, коэнзим A). Рассмотрите роль GTP в активации Ras киназами тирозина приемника.
```
Ras-GDP + GTP  -> Ras-GTP + GDP
```
```
For GTP, BoundaryCondition = true; ConstantAmount = true
```
Образцовый GTP и GDP с граничными условиями, таким образом делая их граничными разновидностями. Кроме того, можно установить свойство ConstantAmount этих разновидностей к true указывать, что их количество не отличается во время симуляции.

Характеристики

Применяется	Объект: разновидности
Тип данных	`boolean`
Значения данных	`true` или `false`. Значением по умолчанию является `false`.
Доступ	Чтение-запись

Примеры

развернуть все

Моделируйте модель с граничным условием для разновидности

Этот пример иллюстрирует, как использовать свойство BoundaryCondition разновидности так, чтобы сумма разновидностей не была изменена реакцией, это участвует в, но пользовательским объектом дозы.

Загрузите демонстрационный проект.

sbioloadproject radiodecay.sbproj

Модель SimBiology под названием m1 загружается к рабочему пространству MATLAB. Модель является простой радиоактивной моделью затухания, в которой две разновидности (x и z) изменяются следующей реакцией.

m1.Reactions

   SimBiology Reaction Array

   Index:    Reaction:
   1         x -> z

Моделируйте модель и просмотрите результаты прежде, чем добавить любые граничные условия.

[t,x,names] = sbiosimulate(m1);
plot(t,x);
legend(names)
xlabel('Time');
ylabel('Amount');

Добавьте объект RepeatDose в модель и задайте разновидности, которые будут дозироваться, сумма дозы, расписание дозы и модули.

d1 = adddose(m1,'d1','repeat');
set(d1,'TargetName','z','Amount',100.0,'Interval',1.0,'RepeatCount',8);
set(d1,'TimeUnits','second','AmountUnits','molecule');

Установите BoundaryCondition разновидностей z быть верным так, чтобы разновидности были изменены объектом d1 дозы, но не реакцией.

set(m1.species(2),'BoundaryCondition',true);

Моделируйте модель путем применения объекта дозы.

[t2,x2,names] = sbiosimulate(m1,d1);

Постройте график результатов. Заметьте, что сумма разновидностей z теперь изменяется повторным объектом дозы, но не реакцией.

[t2,x2,names] = sbiosimulate(m1,d1);
plot(t2,x2);
legend(names);
xlabel('Time');
ylabel('Amount');

Ссылки

Пратт, W.B., Гэлигниана, доктор медицины, Моришима, Y., Мерфи, P.J. (2004), Роль молекулярных компаньонок в действии приемника стероида, Биохимии Эссе, 40:41-58.

Документация