Кинетическая информация о законе для реакции
Кинетический объект закона содержит информацию об абстрактном кинетическом законе, применился к реакции и обеспечивает шаблон для скорости реакции. В модели программное обеспечение SimBiology® использует информацию, которую вы предоставляете в полностью заданном кинетическом объекте закона определить свойство ReactionRate в объекте реакции.
Когда вы сначала создаете кинетический объект закона, необходимо задать имя абстрактного кинетического закона, чтобы использовать. Программное обеспечение SimBiology заполняет свойство KineticLawName и свойство Expression в кинетическом объекте закона с именем абстрактного кинетического закона, который вы задали и математическое выражение соответственно. Программное обеспечение также заполняет свойство ParameterVariables и свойство SpeciesVariables кинетического объекта закона со значениями, найденными в соответствующих свойствах абстрактного кинетического объекта закона.
Чтобы получить скорость реакции, необходимо полностью задать кинетический объект закона:
В свойстве ParameterVariableNames задайте параметры из модели, которой вы хотите заменить в выражении (свойство Expression).
В свойстве SpeciesVariableNames задайте разновидности из модели, которой вы хотите заменить в выражении.
Программное обеспечение SimBiology занимает место в выражении, именах переменных параметра и переменных разновидностей в порядке, заданном в свойствах ParameterVariables и SpeciesVariables соответственно.
Программное обеспечение затем показывает выражение, которым заменяют, скоростью реакции в свойстве ReactionRate объекта реакции. Если кинетический объект закона не полностью задан, свойство ReactionRate остается (пустой) ' '.
Для ссылок на кинетические страницы с описанием свойства объекта закона см. Сводные данные Свойства.
Свойства задают характеристики объекта. Используйте getкоманды set
Для объяснения того, как соответствующие свойства относятся друг к другу, смотрите Командную строку.
Следующие разделы используют кинетический пример закона, чтобы показать, как можно полностью задать кинетический объект закона получить скорость реакции в рабочем столе SimBiology и в командной строке.
Henri-Михаэлис-Ментен кинетический закон выражается можно следующим образом:
В программном обеспечении SimBiology Henri-Michaelis-Menten является встроенным абстрактным кинетическим законом, где Vm и Km заданы в свойстве ParameterVariables абстрактного кинетического объекта закона, и S задан в свойстве SpeciesVariables абстрактного кинетического объекта закона.
Чтобы полностью задать кинетический закон в рабочем столе SimBiology, задайте имена переменных разновидностей и переменных параметра, которые участвуют в скорости реакции.
Чтобы полностью задать кинетический объект закона в командной строке, задайте имена параметров в свойстве ParameterVariableNames кинетического объекта закона и задайте имена разновидностей в свойстве SpeciesVariableNames кинетического объекта закона. Например, чтобы применить краткий обзор Henri-Michaelis-Menten кинетический закон к реакции
A -> B where Vm = Va, Km = Ka and S = A
Va и Ka в свойстве ParameterVariableNames заменить переменными, которые находятся в свойстве ParameterVariables (Vm и Km). Задайте A в свойстве SpeciesVariableName, которое будет использоваться, чтобы заменить переменной разновидностей в свойстве SpeciesVariables (S). Задайте порядок параметров модели, которые будут использоваться для замены в том же порядке, что переменные параметра перечислены в свойстве ParameterVariables. Точно так же задайте порядок разновидностей, если больше чем одна переменная разновидностей представлена. % Find the order of the parameter variables
% in the kinetic law expression.
get(kineticlawObj, 'ParameterVariables')
ans =
'Vm' 'Km'
% Find the species variable in the
% kinetic law expression
get(kineticlawObj, 'SpeciesVariables')
ans =
'S'
% Specify the parameters and species variables
% to be used in the substitution.
% Remember to specify order, for example Vm = Va
% Vm is listed first in 'ParameterVariables',
% therefore list Va first in 'ParameterVariableNames'.
set(kineticlawObj,'ParameterVariableNames', {'Va' 'Ka'});
set(kineticlawObj,'SpeciesVariableNames', {'A'});
Для подробной процедуры смотрите Примеры.
Следующая таблица обобщает отношения между свойствами в абстрактном кинетическом объекте закона и кинетическом объекте закона в контексте вышеупомянутого примера.
| Свойство | Цель свойства | Абстрактный кинетический объект закона | Кинетический объект закона |
|---|---|---|---|
Name (абстрактный кинетический объект закона)KineticLawName (кинетический объект закона) | Имя абстрактного кинетического закона применилось к реакции. Например:Henri-Michaelis -Menten | Только для чтения для встроенного абстрактного кинетического закона. Определенный пользователями для пользовательского абстрактного кинетического закона. | Только для чтения |
Expression | Математическое выражение раньше определяло уравнение скорости реакции. Например: | Только для чтения для встроенного абстрактного кинетического закона. Определенный пользователями для пользовательского абстрактного кинетического закона. | Только для чтения; зависит от абстрактного кинетического закона, применился к реакции. |
ParameterVariables | Переменные в Expression, которые являются параметрами. Например:Vm and Km | Только для чтения для встроенного абстрактного кинетического закона. Определенный пользователями для пользовательского абстрактного кинетического закона. | Только для чтения; зависит от абстрактного кинетического закона, применился к реакции. |
SpeciesVariables | Переменные в Expression, которые являются разновидностями. Например: S | Только для чтения для встроенного абстрактного кинетического закона. Определенный пользователями для пользовательского абстрактного кинетического закона. | Только для чтения; зависит от абстрактного кинетического закона, применился к реакции. |
ParameterVariableNames | Переменные в ReactionRate, которые являются параметрами. Например: Va and Ka | Не применяется | Задайте эти переменные, соответствующие ParameterVariables. |
SpeciesVariablesNames | Переменные в ReactionRate, которые являются разновидностями. Например: A | Не применяется | Задайте эти переменные, соответствующие SpeciesVariables. |
| addkineticlaw (реакция) | Создайте кинетический закон, возражают и добавляют к объекту реакции |
| addparameter (модель, kineticlaw) | Создайте объект параметра и добавьте к образцовому или кинетическому объекту закона |
| copyobj (любой объект) | Скопируйте объект SimBiology и его дочерние элементы |
| удалите (любой объект) | Объект Delete SimBiology |
| отображение (любой объект) | Отобразите сводные данные объекта SimBiology |
| доберитесь (любой объект) | Получите свойства объектов |
| getparameters (kineticlaw) | Получите определенные параметры в кинетическом объекте закона |
| getspecies (kineticlaw) | Получите определенные разновидности в кинетическом объекте закона |
| переупорядочивание (модель, отсек, кинетический закон) | Переупорядочьте списки компонента |
| установите (любой объект) | Установите свойства объектов |
| setparameter (kineticlaw) | Задайте определенные параметры в кинетическом объекте закона |
| setspecies (kineticlaw) | Задайте разновидности в кинетическом объекте закона |
| Выражение (AbstractKineticLaw, KineticLaw) | Выражение, чтобы определить уравнение скорости реакции |
| KineticLawName | Имя кинетического закона применилось к реакции |
| Имя | Задайте имя объекта |
| Примечания | Текст HTML, описывающий объект SimBiology |
| ParameterVariableNames | Массив ячеек параметров скорости реакции |
| ParameterVariables | Параметры в кинетическом определении закона |
| Параметры | Массив объектов параметра |
| Родительский элемент | Укажите на родительский объект |
| SpeciesVariableNames | Массив ячеек разновидностей в уравнении скорости реакции |
| SpeciesVariables | Разновидности в абстрактном кинетическом законе |
| Тег | Задайте метку для объекта SimBiology |
| Ввод | Отобразите тип объекта SimBiology |
| UserData | Задайте данные, чтобы сопоставить с объектом |
Этот пример показывает, как задать скорость реакции для реакции.
Создайте объект модели и добавьте объект реакции в модель.
modelObj = sbiomodel ('my_model');
reactionObj = addreaction (modelObj, 'A -> B');Задайте кинетический закон для объекта реакции.
kineticlawObj = addkineticlaw(reactionObj, 'Henri-Michaelis-Menten');
Запросите параметры и переменные разновидностей, заданные в кинетическом законе.
get(kineticlawObj, 'ParameterVariables')
ans =
'Vm' 'Km'
get(kineticlawObj, 'SpeciesVariables')
ans =
'S'
Задайте Va и Ka как ParameterVariableNames, которые соответствуют Vm ParameterVariables и Km. Чтобы установить эти переменные, сначала создайте переменные параметра как объекты параметра (parameterObj1, parameterObj2) с именами Va и Ka, и затем добавьте их в kineticlawObj. Объект разновидностей с Name, A создается, когда reactionObj создается и не должен быть переопределен.
parameterObj1 = addparameter(kineticlawObj, 'Va'); parameterObj2 = addparameter(kineticlawObj, 'Ka');
Установите имена переменных для кинетического объекта закона.
set(kineticlawObj,'ParameterVariableNames', {'Va' 'Ka'});
set(kineticlawObj,'SpeciesVariableNames', {'A'});Проверьте, что скорость реакции выражается правильно в свойстве объекта ReactionRate реакции.
get (reactionObj, 'ReactionRate')
MATLAB® возвращается:
ans = Va*A/(Ka+A)
AbstractKineticLaw object, Configset object, Model object, Parameter object, Reaction object, Root object, Rule object, Species object
Свойство SimBiology Expression (AbstractKineticLaw, KineticLaw)