Фон

Предположим, что у вас есть модель с одним отсеком с разновидностью под названием drug, который представляет общую сумму препарата в теле. Препарат добавляется к телу через дозирование первого порядка, представленное реакцией dose -> drug с показателем поглощения постоянный ka. Это удалено из тела через устранение первого порядка, представленное реакцией drug -> null с константой скорости устранения ke. Этот пример показывает, как настроить такую модель с одним отсеком, поглощение первого порядка и устранение.

Создайте модель с одним отсеком

Создайте модель SimBiology под названием onecomp.

m1 = sbiomodel('onecomp');

Задайте устранение препарата путем добавления реакции drug -> null в модель. Разновидность drug представляет общую сумму препарата в отсеке.

r1 = addreaction(m1,'drug -> null');

Обратите внимание на то, что отсек и разновидности drug автоматически создаются, и drug добавляется к отсеку. Разновидность null является зарезервированной разновидностью, которая действует как приемник в этой реакции.

Добавьте массовую акцию кинетический закон в реакцию. Этот кинетический закон задает устранение препарата, чтобы следовать за кинетикой первого порядка.

k1 = addkineticlaw(r1,'MassAction');

Задайте параметр уровня устранения ke и добавьте его в кинетический закон.

p1 = addparameter(k1,'ke','Value',1.0,'ValueUnits','1/hour');

Задайте параметр уровня ke как параметр форвардного курса реакции путем установки свойства ParameterVariableNames кинетического объекта k2 закона. Это позволяет SimBiology определять скорость реакции для реакции drug -> null.

k1.ParameterVariableNames = 'ke';

Настройте Дозирование Первого порядка

Добавьте реакцию, которая представляет поглощение препарата с помощью вторых разновидностей dose. Это представляет промежуточную разновидность, которая будет дозироваться непосредственно и требуется настроить кинетику поглощения первого порядка.

r2 = addreaction(m1,'dose -> drug');

Добавьте массовую акцию кинетический закон в реакцию. Этот кинетический закон задает поглощение препарата, чтобы следовать за кинетикой первого порядка.

k2 = addkineticlaw(r2,'MassAction');

Задайте параметр показателя поглощения ka и добавьте его в кинетический закон.

p2 = addparameter(k2,'ka','Value',0.1,'ValueUnits','1/hour');

Задайте параметр уровня ka как параметр форвардного курса реакции путем установки свойства ParameterVariableNames кинетического объекта k1 закона. Это позволяет SimBiology определять скорость реакции для реакции dose -> drug.

k2.ParameterVariableNames = 'ka';

Предположим, что вы хотите увеличить концентрацию препарата в системе путем администрирования серии доз: 250 мг три раза в день (t.i.d) в течение двух дней. Задайте сумму дозы (Amount), временной интервал между каждой дозой (Interval) и общим количеством доз (RepeatCount). Также необходимо установить свойство Active объекта дозы к true так, чтобы доза была применена к модели во время симуляции. RepeatCount был установлен в 5, вместо 6, поскольку он представляет количество доз после первой дозы во время начала дозы по умолчанию (d1.StartTime = 0).

d1 = sbiodose('d1','repeat');
d1.Amount = 250;
d1.AmountUnits = 'milligram';
d1.Interval = 8;
d1.TimeUnits = 'hour';
d1.RepeatCount = 5;
d1.Active = true;

Задайте целевые разновидности объекта дозы. Цель должна быть разновидностями dose, не разновидностями drug, так, чтобы поглощение препарата следовало за кинетикой первого порядка.

d1.TargetName = 'dose';

Моделируйте модель

Измените время остановки симуляции на 48 часов, чтобы совпадать с расписанием дозирования.

cs = getconfigset(m1);
cs.StopTime = 48;
cs.TimeUnits = 'hour';

Кроме того, не регистрируйте данные о разновидностях дозы, когда вы в основном интересуетесь контролем разновидности препарата, которая является концентрацией препарата в системе. Это делает визуализацию разновидностей в графике более удобной. Чтобы выполнить это, установите свойство StatesToLog включать разновидности drug только.

cs.RuntimeOptions.StatesToLog = {'drug'};

Моделируйте модель с помощью расписания дозирования, заданного объектом |d1 |dose.

[t,sd,species] = sbiosimulate(m1,d1);

Постройте результаты

Постройте концентрацию по сравнению с профилем времени препарата в отсеке.

plot(t,sd);
legend(species,'Location','NorthWest');
xlabel('Hours');
ylabel('Drug Concentration');

Фон

Предположим, что у вас есть модель с одним отсеком с разновидностью под названием drug, который представляет общую сумму препарата в теле. Препарат удален из тела через устранение первого порядка, представленное реакцией drug -> null с константой скорости устранения ke. Другими словами, концентрация препарата по сравнению с профилем времени следует за моноэкспоненциальным снижением $$C_t=C_0{e}^{-k_{e}t}$$, где $$C_t$$ концентрация препарата во время t, $$C_0$$ начальная концентрация, и ke является константой скорости устранения. Этот пример показывает, как настроить такую модель с одним отсеком и администрировать серию доз шарика, а именно, 250 мг три раза в день (tid) в течение двух дней.

Создайте модель с одним отсеком

Сначала создайте модель SimBiology под названием onecomp.

m1 = sbiomodel('onecomp');

Задайте устранение препарата от системы путем добавления реакции drug -> null в модель.

r1 = addreaction(m1,'drug -> null');

Разновидность drug автоматически создается, и реакция добавляется к отсеку. Разновидность null является зарезервированной разновидностью, которая действует как приемник в этой реакции.

Добавьте массовую акцию кинетический закон в реакцию. Этот кинетический закон задает устранение препарата, чтобы следовать за кинетикой первого порядка.

k1 = addkineticlaw(r1,'MassAction');

Задайте параметр уровня устранения ke и добавьте его в кинетический закон.

p1 = addparameter(k1,'ke','Value',1.0,'ValueUnits','1/hour');

Задайте параметр уровня ke как параметр форвардного курса реакции путем установки свойства ParameterVariableNames кинетического объекта k1 закона. Это позволяет SimBiology определять скорость реакции для реакции drug -> null.

k1.ParameterVariableNames = 'ke';

Настройте Серию Доз Шарика

Предположим, что вы хотите увеличить концентрацию препарата в системе путем администрирования серии доз шарика: 250 мг три раза в день (tid) в течение двух дней. Создайте повторный объект дозы. Задайте сумму дозы (Amount), цель дозы, временной интервал между каждой дозой (Interval) и общим количеством доз (RepeatCount). Также необходимо установить свойство Active объекта дозы к true так, чтобы доза была применена к модели во время симуляции.

d1 = sbiodose('d1','repeat');
d1.Amount = 250;
d1.AmountUnits = 'milligram';
d1.TargetName = 'drug';
d1.Interval = 8;
d1.TimeUnits = 'hour';
d1.RepeatCount = 5;
d1.Active = true;

RepeatCount был установлен в 5, вместо 6, поскольку он представляет количество доз после первой дозы во время начала дозы по умолчанию (d1.StartTime = 0).

Моделируйте модель

Измените время остановки симуляции на 48 часов, чтобы совпадать с расписанием дозирования, заданным объектом дозы d1.

cs = getconfigset(m1);
cs.StopTime = 48;
cs.TimeUnits = 'hour';
[t,sd,species] = sbiosimulate(m1,d1);

Постройте результаты

Постройте концентрацию по сравнению с профилем времени препарата в системе.

plot(t,sd);
legend(species);
xlabel('Hours');
ylabel('Drug Concentration');

Фон

Предположим, что у вас есть модель с одним отсеком с разновидностью под названием drug, который представляет общую сумму препарата в теле. Препарат удален из тела через устранение первого порядка, представленное реакцией drug -> null с константой скорости устранения ke. Другими словами, концентрация препарата по сравнению с профилем времени следует за моноэкспоненциальным снижением $$C_t=C_0{e}^{-k_{e}t}$$, где $$C_t$$ концентрация препарата во время t, $$C_0$$ начальная концентрация, и ke является константой скорости устранения. Этот пример показывает, как настроить такую модель с одним отсеком и увеличить концентрацию препарата в отсеке через поглощение нулевого порядка, которое занимает 25 часов, чтобы администрировать сумму суммарной дозы 250 мг.

Создайте модель с одним отсеком

Создайте модель SimBiology под названием onecomp.

m1 = sbiomodel('onecomp');

Задайте устранение препарата от системы путем добавления реакции drug -> null в модель.

r1 = addreaction(m1,'drug -> null');

Разновидность drug автоматически создается и добавляется к отсеку. Разновидность null является зарезервированной разновидностью, которая действует как приемник в этой реакции.

Добавьте массовую акцию кинетический закон в реакцию. Этот кинетический закон задает устранение препарата, чтобы следовать за кинетикой первого порядка.

k1 = addkineticlaw(r1,'MassAction');

Задайте параметр уровня устранения ke и добавьте его в кинетический закон.

p1 = addparameter(k1,'ke','Value',1.0,'ValueUnits','1/hour');

Задайте параметр уровня ke как параметр форвардного курса реакции путем установки свойства ParameterVariableNames кинетического объекта k1 закона. Это позволяет SimBiology определять скорость реакции для реакции drug -> null.

k1.ParameterVariableNames = 'ke';

Настройте Дозирование Нулевого порядка

Чтобы настроить дозирование нулевого порядка, сначала создайте параметр длительности нулевого порядка p2, который представляет время, которое требуется, чтобы ввести дозу. Затем, задайте сумму дозы (Amount), цель дозы (TargetName) и имя параметра длительности нулевого порядка (DurationParameterName). Также необходимо установить свойство Active объекта дозы к true так, чтобы доза была применена к модели во время симуляции.

p2 = addparameter(m1,'duration','Value',25,'ValueUnits','hour');
d1 = sbiodose('d1');
d1.Amount = 250;
d1.AmountUnits = 'milligram';
d1.TargetName = 'drug';
d1.DurationParameterName = 'duration'; %Name of the duration parameter |p2|
d1.Active = true;

Моделируйте модель

Измените время остановки симуляции на 48 часов, чтобы видеть заполнить профиль времени. Примените расписание дозирования, заданное d1 к модели во время симуляции.

cs = getconfigset(m1);
cs.StopTime = 48;
cs.TimeUnits = 'hour';
[t,sd,species] = sbiosimulate(m1,d1);

Постройте результаты

Постройте концентрацию по сравнению с профилем времени препарата в отсеке.

plot(t,sd);
legend(species);
xlabel('Hours');
ylabel('Drug Concentration');

Фон

Предположим, что у вас есть модель с одним отсеком с разновидностью под названием drug, который представляет общую сумму препарата в теле. Препарат удален из тела через устранение первого порядка, представленное реакцией drug -> null с константой скорости устранения ke. Другими словами, концентрация препарата по сравнению с профилем времени следует за моноэкспоненциальным снижением $$C_t=C_0{e}^{-k_{e}t}$$, где $$C_t$$ концентрация препарата во время t, $$C_0$$ начальная концентрация, и ke является константой скорости устранения. Этот пример показывает, как настроить такую модель с одним отсеком и добавить дозу вливания на постоянном уровне 10 мг/час для суммы суммарной дозы 250 мг.

Создайте модель с одним отсеком

Создайте модель SimBiology под названием onecomp.

m1 = sbiomodel('onecomp');

Задайте устранение препарата от системы путем добавления реакции drug -> null в модель.

r1 = addreaction(m1,'drug -> null');

Разновидность drug автоматически создается и добавляется к отсеку. Разновидность null является зарезервированной разновидностью, которая действует как приемник в этой реакции.

Добавьте массовую акцию кинетический закон в реакцию. Этот кинетический закон задает устранение препарата, чтобы следовать за кинетикой первого порядка.

k1 = addkineticlaw(r1,'MassAction');

Задайте параметр уровня устранения ke и добавьте его в кинетический закон.

p1 = addparameter(k1,'ke','Value',1.0,'ValueUnits','1/hour');

Задайте параметр уровня ke как параметр форвардного курса реакции путем установки свойства ParameterVariableNames кинетического объекта k1 закона. Это позволяет SimBiology определять скорость реакции для реакции drug -> null.

k1.ParameterVariableNames = 'ke';

Настройте Дозу Вливания

Задайте сумму дозы (Amount), цель дозы (TargetName) и уровень вливания (Rate). Также необходимо установить свойство Active объекта дозы к true так, чтобы доза была применена к модели во время симуляции.

d1 = sbiodose('d1');
d1.Amount = 250;
d1.TargetName = 'drug';
d1.Rate = 10;
d1.RateUnits = 'milligram/hour';
d1.Active = true;

Моделируйте модель

Измените время остановки симуляции на 48 часов, чтобы видеть полный курс времени. Примените расписание дозирования, заданное d1 к модели во время симуляции.

cs = getconfigset(m1);
cs.StopTime = 48;
cs.TimeUnits = 'hour';
[t,sd,species] = sbiosimulate(m1,d1);

Постройте результаты

Постройте концентрацию по сравнению с профилем времени препарата в системе.

plot(t,sd);
legend(species);
xlabel('Hours');
ylabel('Drug Concentration');