Exponenta Banner
exponenta event banner

sbioensemblerun

Несколько стохастических выполнений ансамбля модели SimBiology

Синтаксис

simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns)
simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, Interpolation)
simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, configsetObj)
simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, configsetObj, Interpolation)
simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, variantObj)
simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, variantObj, Interpolation)
simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, configsetObj, variantObj)
simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, configsetObj, variantObj, Interpolation)

Аргументы

simdataObjМассив SimData objects, содержащего данные моделирования, сгенерирован sbioensemblerun. Все элементы simdataObj содержат данные для тех же состояний в той же модели.
modelObjОбъект модели, который будет моделироваться.
Numruns

Целочисленный скаляр, представляющий количество стохастических выполнений, чтобы сделать.

Interpolation

Вектор символов или строка, обозначающая схему интерполяции, которая будет использоваться, если данные должны быть интерполированы, чтобы получить сопоставимый временной вектор. Допустимыми значениями является 'linear' (линейная интерполяция), 'zoh' (нулевой порядок содержат), или 'off' (никакая интерполяция). Значением по умолчанию является 'off'. Если интерполяция включена, данные интерполированы, чтобы совпадать с временным вектором самому маленькому времени остановки симуляции.

configsetObjЗадайте объект конфигурации модели использовать в симуляции ансамбля. Для получения дополнительной информации о конфигурациях модели, смотрите Configset object.
variantObjЗадайте различный объект примениться к модели во время симуляции ансамбля. Для получения дополнительной информации о различных объектах, смотрите Variant object.

Описание

simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns) выполняет стохастическое выполнение ансамбля объекта модели SimBiology® (modelObj) и возвращает результаты в simdataObj, массиве SimData objects. Активный configset и активные варианты используются во время симуляции и сохранены в выводе, объект SimData (simdataObj).

sbioensemblerun использует настройки в активном configset на объекте модели (modelObj), чтобы выполнить повторные выполнения симуляции. Свойство SolverType активного configset должно быть установлено в один из стохастических решателей: 'ssa', 'expltau' или 'impltau'. sbioensemblerun генерирует ошибку, если свойство SolverType установлено в какой-либо из детерминированных (ОДУ) решатели.

simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, Interpolation) выполняет стохастическое выполнение ансамбля объекта модели (modelObj) и интерполирует результаты ансамбля, запущенного на общий временной вектор с помощью схемы интерполяции (Interpolation).

simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, configsetObj) выполняет выполнение ансамбля объекта модели (modelObj), с помощью заданной конфигурации модели (configsetObj).

simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, configsetObj, Interpolation) выполняет выполнение ансамбля объекта модели (modelObj), с помощью заданной конфигурации модели (configsetObj), и интерполирует результаты ансамбля, запущенного на общий временной вектор с помощью схемы интерполяции (Interpolation).

simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, variantObj) выполняет выполнение ансамбля объекта модели (modelObj), с помощью различного объекта или массива различных объектов (variantObj).

simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, variantObj, Interpolation) выполняет выполнение ансамбля объекта модели (modelObj), с помощью различного объекта или массива различных объектов (variantObj), и интерполирует результаты ансамбля, запущенного на общий временной вектор с помощью схемы интерполяции (Interpolation).

simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, configsetObj, variantObj) выполняет выполнение ансамбля объекта модели (modelObj), с помощью конфигурации модели (configsetObj), и различный объект или массив различных объектов (variantObj). Если объект конфигурации модели (configsetObj) пуст, активный configset на модели используется для симуляции. Если различный объект (variantObj) пуст, то никакой вариант (даже активные варианты в модели) не используется для симуляции.

simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, configsetObj, variantObj, Interpolation) выполняет выполнение ансамбля объекта модели (modelObj), с помощью конфигурации модели (configsetObj), и различный объект или массив различных объектов (variantObj), и интерполирует результаты ансамбля, запущенного на общий временной вектор с помощью схемы интерполяции (Interpolation).

Примеры

Этот пример показывает, как выполнить запущенный ансамбль и сгенерировать 2D график распределения.

  1. Файл проекта, radiodecay.sbproj, содержит модель, сохраненную в переменной под названием m1. Загрузите m1 в рабочую область MATLAB®.

    sbioloadproject('radiodecay.sbproj','m1');

  2. Измените решатель активного configset, чтобы быть ssa. Кроме того, настройте свойство LogDecimation на свойстве SolverOptions конфигурации модели.

    cs = getconfigset(m1, 'active');
set(cs, 'SolverType', 'ssa');
so = get(cs, 'SolverOptions');
set(so, 'LogDecimation', 10);

    Совет

    Свойство LogDecimation позволяет вам задать, как часто данные моделирования зарегистрированы, как выведено. Если ваша модель имеет высокие концентрации или суммы разновидностей или длинное время симуляции (например, 600s), можно записать данные моделирования менее часто, чтобы управлять сгенерированным объемом данных. Следует иметь в виду, что путем выполнения, таким образом, вы можете пропустить некоторые переходы, если ваша модель является очень динамической. Попробуйте установку LogDecimation к 10 или больше.

  3. Выполните ансамбль 20 выполнений с линейной интерполяцией, чтобы получить сопоставимый временной вектор.

    simdata = sbioensemblerun(m1, 20, 'linear');

  4. Создайте 2D график распределения разновидностей 'z' за один раз = 1.0. 

    FH = sbioensembleplot(simdata, 'z', 1.0);

Смотрите также

| | | | |

Представленный в R2006a

Документация SimBiology
Поддержка