Устройство хранения данных данных моделирования
Объект SimBiology® SimData
содержит данные моделирования. Вывод от функции sbiosimulate
, хранится в объекте SimData
, который содержит время и данные состояния, а также метаданные, такие как типы и имена для регистрируемых состояний или конфигурации модели, используемой во время симуляции.
Можно также хранить данные от нескольких выполнений симуляции как массив объектов SimData. Таким образом вывод sbioensemblerun
является массивом объектов SimData. Можно использовать любой метод SimData на массиве объектов SimData.
Можно получить доступ ко времени, данным и метаданным, сохраненным в объекте SimData
через свойства в Сводных данных Свойства. Свойства задают характеристики объекта. Используйте get
и команды set
к свойствам объекта списка и измените их значения в командной строке.
Методы, которые можно использовать, чтобы запросить объект SimData, перечислены в Сводных данных Метода.
sbioensemblerun | Несколько стохастических выполнений ансамбля модели SimBiology |
sbiosimulate | Модель Simulate SimBiology |
удалите (любой объект) | Объект Delete SimBiology |
отображение (любой объект) | Отобразите сводные данные объекта SimBiology |
доберитесь (любой объект) | Получите свойства объектов |
getdata (SimData) | Получите данные из объектного массива SimData |
getsensmatrix (SimData) | Получите 3-D матрицу чувствительности от массива SimData |
передискретизируйте (SimData) | Передискретизируйте объектный массив SimData на новый временной вектор |
выберите (SimData) | Выберите данные из объекта SimData |
selectbyname (SimData) | Выберите данные по наименованию из объектного массива SimData |
установите (любой объект) | Установите свойства объектов |
Данные | Сохраните данные моделирования |
DataCount | Количества разновидностей, параметров, чувствительности |
DataInfo | Метаданные маркируют для данных моделирования |
DataNames | Покажите имена в объекте SimData |
ModelName | Имя модели моделируется |
Имя | Задайте имя объекта |
Примечания | Текст HTML, описывающий объект SimBiology |
RunInfo | Информация о симуляции |
Время | Шаги времени симуляции или времена дозы расписания |
Единицы измерения времени | Покажите единицы измерения времени для дозирования и симуляции |
UserData | Задайте данные, чтобы сопоставить с объектом |
Возвратите результаты симуляции в объект SimData и постройте результаты.
sbioloadproject('radiodecay', 'm1'); simDataObj = sbiosimulate(m1); sbioplot(simDataObj)
Получите данные моделирования в определенных моментах времени с помощью метода resample
.
% Load 'radiodecay' and set the initial amount of species 'x'. sbioloadproject('radiodecay', 'm1'); x = sbioselect(m1, 'Type', 'species', 'Name', 'x'); x.InitialAmount = 100; % Change the solver type to a stochastic solver. cs = m1.getconfigset; cs.SolverType = 'ssa'; % Simulate the model. simDataObj = sbiosimulate(m1); % This result could be misinterpreted as containing fractional molecules. sbioplot(simDataObj); title('Simulation Results Before Resampling'); %Resample the data using the zero-order hold method to obtain the correct %number of molecules at intermediate time steps. newsimDataObj = resample(simDataObj, linspace(0, 10, 1e4), 'zoh'); sbioplot(newsimDataObj); title('Simulation Results After Resampling');
Инициализируйте симуляцию с помощью результатов предыдущей симуляции.
% Load 'radiodecay'. sbioloadproject('radiodecay', 'm1'); m1.Species simDataObj = sbiosimulate(m1); % Use the Data property to get the states at the final time point. % Data is an m x n array, where m is the number of time steps in % the simulation and n is the number of quantities logged. finaldata = simDataObj.Data(end,:); % Use the DataInfo property to get names of states. info = simDataObj.DataInfo; % Loop through the states (species) and set their initial amounts. numSpecies = length(info); for c = 1:numSpecies compObj = sbioselect(m1,'type','compartment','Name',info{c}.Compartment); speciesObj = sbioselect(compObj,'type','species','Name',info{c}.Name); speciesObj.InitialAmount = finaldata(c); end % Verify species initial amounts. m1.Species
Model object
, Parameter object
, Reaction object
, Root object
, Species object