Exponenta Banner
exponenta event banner

sbionlmefitsa

Оцените нелинейные смешанные эффекты со стохастическим алгоритмом EM (требует программного обеспечения Statistics and Machine Learning Toolbox),

sbionlmefitsa будет удален в будущем релизе. Используйте sbiofitmixed вместо этого.

Синтаксис

results = sbionlmefitsa(modelObj, pkModelMapObject, pkDataObject, InitEstimates)
results = sbionlmefitsa(modelObj, pkModelMapObject, pkDataObject, CovModelObj)
results = sbionlmefitsa(..., Name,Value)
results = sbionlmefitsa(..., optionStruct)
[results, SimDataI, SimDataP] = sbionlmefitsa(...)

Описание

results = sbionlmefitsa(modelObj, pkModelMapObject, pkDataObject, InitEstimates) выполняет оценки с помощью алгоритма Стохастической максимизации ожидания приближения (SAEM) для подходящих данных о населении с моделью SimBiology®, modelObj, и возвращает предполагаемые результаты в структуре results.

results = sbionlmefitsa(modelObj, pkModelMapObject, pkDataObject, CovModelObj) задает отношение между параметрами и ковариантами с помощью CovModelObj, объекта CovariateModel. Объект CovariateModel также обеспечивает преобразование параметра.

results = sbionlmefitsa(..., Name,Value) выполняет оценки с помощью алгоритма SAEM, с дополнительными опциями, заданными одним или несколькими аргументами пары Name,Value.

Следующее является альтернативой предыдущему синтаксису:

results = sbionlmefitsa(..., optionStruct) задает optionStruct, структура, содержащая поля и значения, которые являются аргументами пары "имя-значение", принятыми nlmefitsa. Значения по умолчанию для optionStruct совпадают со значениями по умолчанию для аргументов пары "имя-значение", используемых nlmefitsa за исключениями, объясненными во Входных параметрах.

[results, SimDataI, SimDataP] = sbionlmefitsa(...) возвращает данные моделирования модели SimBiology, modelObj, с помощью ориентировочных стоимостей параметров.

Входные параметры

modelObject

Объект модели SimBiology раньше соответствовал наблюдаемым данным.

Примечание

При использовании объекта модели, содержащего активные дозы (то есть, содержа объекты дозы создал использование метода adddose и задал как активное использование свойства Active объекта дозы), имеют в виду, что эти активные дозы проигнорированы функцией sbionlmefitsa.

pkModelMapObject

Объект PKModelMap, который задает роли компонентов модели, используемых для оценки. Для получения дополнительной информации смотрите PKModelMap object.

Примечание

При использовании объекта PKModelMap, который задает несколько доз, гарантируйте, что каждый элемент в свойстве Dosed уникален.

pkDataObject

Объект PKData, который задает данные, чтобы использовать в подборе кривой и ролях столбцов, используемых для оценки. pkDataObject должен задать целевые данные по крайней мере для двух групп. Для получения дополнительной информации смотрите PKData object.

Примечание

Для каждого подмножества данных, принадлежащих одной группе (как задано в столбце данных, заданном свойством GroupLabel), программное обеспечение позволяет несколько наблюдений, сделанных одновременно. Если это верно для ваших данных, имеют в виду что:

  • Эти точки данных не усреднены, но адаптированы индивидуально.

  • Различные количества наблюдений в разное время заставляют некоторые моменты времени быть взвешенными больше.

InitEstimates

Вектор первоначальных оценок для фиксированных эффектов. Первые элементы P InitEstimates соответствуют фиксированным эффектам для каждого элемента P pkModelMapObject.Estimated. Дополнительные элементы соответствуют фиксированным эффектам для ковариационных факторов. Первые элементы P InitEstimates преобразовываются, как задано аргументом пары "имя-значение" ParamTransform (журнал, преобразованный по умолчанию).

CovModelObj

Объект CovariateModel, который задает отношение между параметрами и ковариантами. Для получения дополнительной информации смотрите CovariateModel object.

optionStruct

Структура, содержащая поля и значения, которые являются аргументами пары "имя-значение", принятыми функцией nlmefitsa. Значения по умолчанию для optionStruct совпадают со значениями по умолчанию для аргументов, используемых nlmefitsa за исключениями, отмеченными в Аргументах в виде пар имя-значение.

Если у вас есть Parallel Computing Toolbox™, можно включить параллельные вычисления для более быстрых данных, соответствующих путем установки аргумента пары "имя-значение" 'UseParallel' true в структуре опций statset можно следующим образом:

parpool; % Open a parpool for parallel computing
opt = statset(...,'UseParallel',true); % Enable parallel computing
results = sbionlmefitsa(...,'Options',opt); % Perform data fitting

Совет

Программное обеспечение SimBiology включает функцию sbiofitstatusplot, которую можно задать в поле OutputFcn поля Options. Эта функция позволяет вам контролировать состояние подбора кривой.

Аргументы в виде пар имя-значение

Укажите необязательные аргументы в виде пар ""имя, значение"", разделенных запятыми. Имя (Name) — это имя аргумента, а значение (Value) — соответствующее значение. Name должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN.

Функция sbionlmefitsa использует аргументы пары "имя-значение", поддержанные функцией nlmefitsa.

Эти аргументы пары "имя-значение" nlmefitsa трудно закодированы в sbionlmefitsa, и поэтому, вы не можете установить их:

  • FEParamsSelect

  • FEConstDesign

  • FEGroupDesign

  • FEObsDesign

  • REConstDesign

  • REGroupDesign

  • REObsDesign

  • Vectorization

Если вы предоставляете объект CovariateModel, как введено sbionlmefitsa, то эти пары "имя-значение" nlmefitsa вычисляются из ковариационной модели, и поэтому, вы не можете установить их:

  • FEGroupDesign

  • ParamTransform

  • REParamsSelect

Можно установить все другие аргументы пары "имя-значение" nlmefitsa. Для получения дополнительной информации на этих аргументах, смотрите страницу с описанием nlmefitsa.

Следует иметь в виду, что значения по умолчанию для этих аргументов пары "имя-значение" nlmefitsa отличаются, когда используется sbionlmefitsa:

'FEGroupDesign'

Числовой массив, задающий матрицу проекта для каждой группы.

Значение по умолчанию: repmat(eye(P),[1 1 nGroups]), где P = количество предполагаемых параметров и nGroups = количество групп в наблюдаемых данных.

'ParamTransform'

Вектор целых чисел, задающих, как параметры распределяются.

Примечание

Не используйте опцию ParamTransform, чтобы задать преобразования параметра при обеспечении объекта CovariateModel подходящей функции. Объект CovariateModel обеспечивает преобразование параметра.

Значение по умолчанию: Вектор из единиц, который задает все параметры, является преобразованным журналом.

'OptimFun'

Вектор символов, задающий функцию оптимизации, используемую в максимизации вероятности.

Значение по умолчанию: fminunc, если вам установили Optimization Toolbox™. В противном случае значением по умолчанию является fminsearch.

'Options'

Структура, содержащая несколько полей, включая DerivStep, скаляр или вектор, задающий относительную разницу, используемую в вычислении градиента конечной разности и FunValCheck, логическое определение, проверять ли на недопустимые значения, такие как NaN или Inf, от modelfun.

Значение по умолчанию: значением по умолчанию для DerivStep является меньший из 1e-4 или значение свойства SolverOptions.RelativeTolerance конфигурации модели, сопоставленной с modelObj, с минимумом eps^(1/3). Значением по умолчанию для FunValCheck является off.

Совет

Программное обеспечение SimBiology включает функцию sbiofitstatusplot, которую можно задать в поле OutputFcn входного параметра пары "имя-значение" Options. Эта функция позволяет вам контролировать состояние подбора кривой.

Выходные аргументы

results

Структура, содержащая эти поля:

  • FixedEffects — Массив dataset, содержащий оцененные зафиксированные эффекты, включая стандартные погрешности.

  • RandomEffects — Массив dataset, содержащий, выбрал случайные эффекты для каждой группы в наблюдаемых данных в pkDataObject.

  • IndividualParametereEstimates — Массив dataset, содержащий оцененные значения параметров для людей, включая случайные эффекты.

  • PopulationParameterEstimates — Массив dataset, содержащий оцененные значения параметров для генеральной совокупности, без случайных эффектов.

  • RandomEffectCovarianceMatrix — Массив dataset, содержащий предполагаемую ковариационную матрицу случайных эффектов.

  • EstimatedParameterNames — Массив ячеек из символьных векторов, задающий имена предполагаемых параметров.

  • CovariateNames — Массив ячеек из символьных векторов, задающий имена ковариантов в CovModelObj.

  • FixedEffectsStruct — Структура, содержащая значения предполагаемых фиксированных эффектов.

  • статистика Структура, содержащая информацию, такую как AIC, BIC и взвешенные невязки. Для получения дополнительной информации на полях в этой структуре, смотрите структуру stats в nlmefitsa в документации Statistics and Machine Learning Toolbox™. Однако поля в структуре stats, возвращенной sbionlmefitsa, отличаются немного от возвращенных nlmefitsa, а именно:

    • ires, pres, iwres, pwres и cwres каждый содержит матрицу сырых данных или взвешенных невязок с количеством столбцов, равных количеству ответов в модели.

    • Структура stats, возвращенная sbionlmefit, включает дополнительное поле, Observed. Это поле содержит вектор символов или массив ячеек из символьных векторов, задающий измеренные ответы, которые соответствуют столбцам в матрицах ires, pres, iwres, pwres и полей cwres. Поле Observed совпадает со свойством Observed входного параметра PKModelMap.

SimDataI

SimData object, содержащий данные из симуляции модели с помощью предполагаемых значений параметров для людей. Этот объект включает наблюдаемые состояния и регистрируемые состояния.

SimDataP

SimData object, содержащий данные из симуляции модели с помощью предполагаемых значений параметров для генеральной совокупности. Этот объект включает наблюдаемые состояния и регистрируемые состояния.

Смотрите также

| | | | | | | |

Темы

Представленный в R2010a

Документация SimBiology
Поддержка