sbiosimulate

Модель Simulate SimBiology

Синтаксис

[time,x,names]
= sbiosimulate(modelObj)

[time,x,names]
= sbiosimulate(modelObj,csObj)

[time,x,names]
= sbiosimulate(modelObj,dvObj)

[time,x,names]
= sbiosimulate(modelObj,csObj,dvObj)

[time,x,names]
= sbiosimulate(modelObj,csObj,variantObj,doseObj)

simDataObj = sbiosimulate(___)

Описание

пример

[time,x,names] = sbiosimulate(modelObj) возвращает результаты симуляции в трех выходных параметрах, time, векторе выборок времени, x, данных моделирования, и names, меток столбца данных моделирования x. Эта функция моделирует модель modelObj SimBiology^® при использовании активной конфигурации модели наряду с ее активными дозами и активными вариантами если таковые имеются.

пример

[time,x,names] = sbiosimulate(modelObj,csObj) возвращает результаты симуляции с помощью заданного configset объекта csObj, любых активных вариантов и любых активных доз. Любые другие configsets проигнорированы. Если вы устанавливаете csObj освобождать [], функция использует активный configset.

пример

[time,x,names] = sbiosimulate(modelObj,dvObj) возвращает результаты симуляции с помощью доз или вариантов, заданных dvObj и активным configset. dvObj может быть одним из следующего:

Variant object
ScheduleDose object
RepeatDose object
Массив доз или вариантов

Если вы устанавливаете dvObj освобождать [], функция использует активный configset, активные варианты и активные дозы.

Если вы задаете dvObj как варианты, функция использует заданные варианты и активные дозы. Любые другие варианты проигнорированы.

Если вы задаете dvObj как дозы, функция использует заданные дозы и активные варианты. Любые другие дозы проигнорированы.

пример

[time,x,names] = sbiosimulate(modelObj,csObj,dvObj) возвращает результаты симуляции с помощью configset объекта csObj и дозы, варианта или массива доз или вариантов, заданных dvObj.

Если вы устанавливаете csObj на [], то функция использует активный объект configset.

Если вы устанавливаете dvObj на [], то функция не использует вариантов, но использует активные дозы.

пример

[time,x,names] = sbiosimulate(modelObj,csObj,variantObj,doseObj) возвращает результаты симуляции с помощью configset объекта csObj, различный объектный или различный массив, заданный variantObj, и объектом дозы или массивом дозы, заданным doseObj.

Если вы устанавливаете csObj на [], то функция использует активный объект configset.

Если вы устанавливаете variantObj на [], то функция не использует вариантов.

Если вы устанавливаете doseObj на [], то функция не использует доз.

пример

simDataObj = sbiosimulate(___) возвращает результаты симуляции в simDataObj SimData object с помощью любого из входных параметров в предыдущих синтаксисах.

Примеры

свернуть все

Моделируйте модель SimBiology

Загрузите демонстрационную модель SimBiology.

sbioloadproject radiodecay.sbproj

Измените время остановки симуляции на 15 секунд.

csObj = getconfigset(m1,'active');
set(csObj,'Stoptime',15);

Моделируйте модель и возвратите выходные параметры в массиве.

[t,x,n] = sbiosimulate(m1);

Постройте моделируемые результаты для разновидностей x и z.

figure;
plot(t,x)
xlabel('Time')
ylabel('States')
title('States vs Time')
legend('species x','species z')

Можно также возвратить результаты в SimData object.

simData = sbiosimulate(m1);

Постройте моделируемые результаты.

sbioplot(simData);

Моделируйте модель SimBiology Используя массив объектов дозы

Загрузите демонстрационную модель SimBiology.

sbioloadproject radiodecay.sbproj

Добавьте две дозы 100 молекул каждый для разновидностей x, запланированных в 2 и 4 секунды соответственно.

dObj1 = adddose(m1,'d1','schedule');
dObj1.Amount = 100;
dObj1.AmountUnits = 'molecule';
dObj1.TimeUnits = 'second';
dObj1.Time = 2;
dObj1.TargetName = 'unnamed.x';

dObj2 = adddose(m1,'d2','schedule');
dObj2.Amount = 100;
dObj2.AmountUnits = 'molecule';
dObj2.TimeUnits = 'second';
dObj2.Time = 4;
dObj2.TargetName = 'unnamed.x';

Моделируйте модель, не используя дозы или любого подмножества массива дозы.

sim1 = sbiosimulate(m1);
sim2 = sbiosimulate(m1,dObj1);
sim3 = sbiosimulate(m1,dObj2);
sim4 = sbiosimulate(m1,[dObj1,dObj2]);

Постройте график результатов.

sbioplot(sim1)

sbioplot(sim2)

sbioplot(sim3)

sbioplot(sim4)

Моделируйте модель SimBiology Используя объекты Configset и дозы

Загрузите демонстрационную модель SimBiology.

sbioloadproject radiodecay.sbproj

Получите конфигурацию модели по умолчанию из модели.

defaultConfigSet = getconfigset(m1,'default');

Добавьте запланированную дозу 100 молекул в 2 секунды для разновидностей x.

dObj = adddose(m1,'d1','schedule');
dObj.Amount = 100;
dObj.AmountUnits = 'molecule';
dObj.TimeUnits = 'second';
dObj.Time = 2;
dObj.TargetName = 'unnamed.x';

Моделируйте модель с помощью configset и объекты дозы.

sim = sbiosimulate(m1,defaultConfigSet,dObj);

Постройте результат.

sbioplot(sim);

Моделируйте модель SimBiology Используя Configset, дозу и различные объекты

Загрузите демонстрационную модель SimBiology.

sbioloadproject radiodecay.sbproj

Добавьте новую конфигурацию модели с помощью времени остановки 15 секунд.

csObj = m1.addconfigset('newStopTimeConfigSet');
csObj.StopTime = 15;

Добавьте запланированную дозу 100 молекул в 2 секунды для разновидностей x.

dObj = adddose(m1,'d1','schedule');
dObj.Amount = 100;
dObj.AmountUnits = 'molecule';
dObj.TimeUnits = 'second';
dObj.Time = 2;
dObj.TargetName = 'unnamed.x';

Добавьте вариант разновидностей x с помощью различной начальной суммы 500 молекул.

vObj = addvariant(m1,'v1');
addcontent(vObj,{'species','x','InitialAmount',500});

Моделируйте модель с помощью того же configset, варианта и объектов дозы. Используйте тот же порядок входных параметров как показано затем.

sim = sbiosimulate(m1,csObj,vObj,dObj);

Постройте результат.

sbioplot(sim);

Входные параметры

свернуть все

Модель `modelObj` — SimBiology
Объект модели SimBiology

Модель SimBiology, заданная как объект модели SimBiology. Для модели минимально нужны одна реакция или правило скорости для симуляций.

`csObj` — Объект конфигурации модели
configset возражают | `[]`

Объект конфигурации модели, заданный как configset object, который хранит специфичную для симуляции информацию. Когда вы задаете csObj как [], sbiosimulate использует в настоящее время активный объект configset.

Если ваша модель содержит события, объект csObj не может задать 'expltau' или 'impltau' для свойства SolverType.

Если ваша модель содержит дозы, объект csObj не может задать 'ssa', 'expltau' или 'impltau' для свойства SolverType.

`dvObj` — Доза или различный объект
объект дозы или массив дозы возражают | различный объект или массив различных объектов | `[]`

Доза или различный объект, заданный как ScheduleDose object, RepeatDose object, массив объектов дозы, variant object или массива различных объектов.

Используйте [] когда это необходимо, чтобы явным образом исключить любые различные объекты из функции sbiosimulate.
Когда dvObj является объектом дозы, sbiosimulate использует заданный объект дозы, а также любые активные различные объекты при наличии.
Когда dvObj является различным объектом, sbiosimulate использует заданный различный объект, а также любые активные объекты дозы при наличии.

Объект `variantObj` — Variant
различный объект или массив различных объектов | `[]`

Различный объект, заданный как variant object или массив различных объектов. Используйте [] когда это необходимо, чтобы явным образом исключить любые различные объекты из sbiosimulate.

Объект `doseObj` — Dose
объект дозы или массив дозы возражают | `[]`

Объект Dose, заданный как ScheduleDose object, RepeatDose object или массив объектов дозы. Объект дозы задает сложения, которые сделаны к суммам разновидностей или значениям параметров. Используйте [] когда это необходимо, чтобы явным образом исключить любые объекты дозы из sbiosimulate.

Выходные аргументы

свернуть все

`время` Вектор выборок времени
вектор

Вектор выборок времени, возвращенных как вектор n-by-1, содержащий шаги времени симуляции. n является количеством выборок времени.

`x` Данные моделирования
массив

Данные моделирования, возвращенные как массив данных n-by-m, где n является количеством выборок времени и m, являются количеством состояний, вошел в систему симуляция. Каждый столбец x описывает изменение в количестве разновидности, отсека или параметра в зависимости от времени.

`names` — Имена разновидностей, отсеков или параметров
массив ячеек из символьных векторов

Имена разновидностей, отсеков, или параметров, возвратились как массив ячеек из символьных векторов m-by-1. Другими словами, names содержит метки столбца данных моделирования, x. Если разновидности находятся в нескольких отсеках, имена разновидностей квалифицированы с именем отсека в форме compartmentName.speciesName.

`simDataObj` — Данные моделирования
Объект SimData

Данные моделирования, возвращенные как SimData object, который содержит время и данные состояния, а также метаданные, такие как типы и имена для регистрируемых состояний или конфигурации модели, используемой во время симуляции. Вы можете время доступа, данные и имена, сохраненные в SimData object при помощи его свойств.

Документация

sbiosimulate

Синтаксис

Описание

Примеры

Моделируйте модель SimBiology

Моделируйте модель SimBiology Используя массив объектов дозы

Моделируйте модель SimBiology Используя объекты Configset и дозы

Моделируйте модель SimBiology Используя Configset, дозу и различные объекты

Входные параметры

Модель `modelObj` — SimBiology
Объект модели SimBiology

`csObj` — Объект конфигурации модели
configset возражают | `[]`

`dvObj` — Доза или различный объект
объект дозы или массив дозы возражают | различный объект или массив различных объектов | `[]`

Объект `variantObj` — Variant
различный объект или массив различных объектов | `[]`

Объект `doseObj` — Dose
объект дозы или массив дозы возражают | `[]`

Выходные аргументы

`время` Вектор выборок времени
вектор

`x` Данные моделирования
массив

`names` — Имена разновидностей, отсеков или параметров
массив ячеек из символьных векторов

`simDataObj` — Данные моделирования
Объект SimData

Смотрите также

Темы

Представлено до R2006a

Документация SimBiology

Поддержка

Документация

sbiosimulate

Синтаксис

Описание

Примеры

Моделируйте модель SimBiology

Моделируйте модель SimBiology Используя массив объектов дозы

Моделируйте модель SimBiology Используя объекты Configset и дозы

Моделируйте модель SimBiology Используя Configset, дозу и различные объекты

Входные параметры

Модель modelObj — SimBiology Объект модели SimBiology

csObj — Объект конфигурации модели configset возражают | []

dvObj — Доза или различный объект объект дозы или массив дозы возражают | различный объект или массив различных объектов | []

Объект variantObj — Variant различный объект или массив различных объектов | []

Объект doseObj — Dose объект дозы или массив дозы возражают | []

Выходные аргументы

время Вектор выборок времени вектор

x Данные моделирования массив

names — Имена разновидностей, отсеков или параметров массив ячеек из символьных векторов

simDataObj — Данные моделирования Объект SimData

Смотрите также

Темы

Представлено до R2006a

Документация SimBiology

Поддержка

Модель `modelObj` — SimBiology
Объект модели SimBiology

`csObj` — Объект конфигурации модели
configset возражают | `[]`

`dvObj` — Доза или различный объект
объект дозы или массив дозы возражают | различный объект или массив различных объектов | `[]`

Объект `variantObj` — Variant
различный объект или массив различных объектов | `[]`

Объект `doseObj` — Dose
объект дозы или массив дозы возражают | `[]`

`время` Вектор выборок времени
вектор

`x` Данные моделирования
массив

`names` — Имена разновидностей, отсеков или параметров
массив ячеек из символьных векторов

`simDataObj` — Данные моделирования
Объект SimData