Загрузка данных

Загрузите выборочные данные, чтобы соответствовать. Данные хранятся как таблица с переменными ID, Время, CentralConc и PeripheralConc. Эти синтетические данные представляют ход времени плазменных концентраций, измеренных в восьми различных моментах времени и для центральных и для периферийных отсеков после дозы вливания для трех человек.

clear all
load data10_32R.mat
gData = groupedData(data);
gData.Properties.VariableUnits = {'','hour','milligram/liter','milligram/liter'};
sbiotrellis(gData,'ID','Time',{'CentralConc','PeripheralConc'},'Marker','+',...
            'LineStyle','none');

Создайте модель

Создайте модель 2D отсека.

pkmd                 = PKModelDesign;
pkc1                 = addCompartment(pkmd,'Central');
pkc1.DosingType      = 'Infusion';
pkc1.EliminationType = 'linear-clearance';
pkc1.HasResponseVariable = true;
pkc2                 = addCompartment(pkmd,'Peripheral');
model                = construct(pkmd);
configset            = getconfigset(model);
configset.CompileOptions.UnitConversion = true;

Задайте дозирование

Задайте дозу вливания.

dose             = sbiodose('dose','TargetName','Drug_Central');
dose.StartTime   = 0;
dose.Amount      = 100;
dose.Rate        = 50;
dose.AmountUnits = 'milligram';
dose.TimeUnits   = 'hour';
dose.RateUnits   = 'milligram/hour';

Задайте параметры

Задайте параметры, чтобы оценить. Установите границы параметра для каждого параметра. В дополнение к этим явным границам преобразования параметра (такие как журнал, логит или пробит) налагают неявные границы.

responseMap = {'Drug_Central = CentralConc','Drug_Peripheral = PeripheralConc'};
paramsToEstimate   = {'log(Central)','log(Peripheral)','Q12','Cl_Central'};
estimatedParam     = estimatedInfo(paramsToEstimate,...
                                   'InitialValue',[1 1 1 1],...
                                   'Bounds',[0.1 3;0.1 10;0 10;0.1 2]);

Подходящая модель

Выполните необъединенную подгонку, то есть, один набор предполагаемых параметров для каждого пациента.

unpooledFit = sbiofit(model,gData,responseMap,estimatedParam,dose,'Pooled',false);

Выполните объединенную подгонку, то есть, один набор предполагаемых параметров для всех пациентов.

pooledFit = sbiofit(model,gData,responseMap,estimatedParam,dose,'Pooled',true);

Вычислите доверительные интервалы для предполагаемых параметров

Вычислите 95% доверительных интервалов для каждого предполагаемого параметра в необъединенной подгонке.

ciParamUnpooled = sbioparameterci(unpooledFit);

Отображение результатов

Отобразите доверительные интервалы в формате таблицы. Для получения дополнительной информации о значении каждого состояния оценки, смотрите Состояние Оценки Доверительного интервала Параметра.

ci2table(ciParamUnpooled)

ans =

  12x7 table

    Group        Name        Estimate    ConfidenceInterval      Type      Alpha      Status   
    _____    ____________    ________    __________________    ________    _____    ___________

      1      'Central'         1.422      1.1533     1.6906    Gaussian    0.05     estimable  
      1      'Peripheral'     1.5629     0.83143     2.3551    Gaussian    0.05     constrained
      1      'Q12'           0.47159     0.20093    0.80247    Gaussian    0.05     constrained
      1      'Cl_Central'    0.52898     0.44842    0.60955    Gaussian    0.05     estimable  
      2      'Central'        1.8322      1.7893     1.8751    Gaussian    0.05     success    
      2      'Peripheral'     5.3368      3.9133     6.7602    Gaussian    0.05     success    
      2      'Q12'           0.27641      0.2093    0.34351    Gaussian    0.05     success    
      2      'Cl_Central'    0.86034     0.80313    0.91755    Gaussian    0.05     success    
      3      'Central'        1.6657      1.5818     1.7497    Gaussian    0.05     success    
      3      'Peripheral'     5.5632      4.7557     6.3708    Gaussian    0.05     success    
      3      'Q12'           0.78361     0.65581    0.91142    Gaussian    0.05     success    
      3      'Cl_Central'     1.0233     0.96375     1.0828    Gaussian    0.05     success    

Постройте доверительные интервалы. Если состоянием оценки доверительного интервала является success, оно построено в синем (первый цвет по умолчанию). В противном случае это построено в красном (второй цвет по умолчанию), который указывает, что дальнейшее расследование подходящих параметров может требоваться. Если доверительным интервалом является not estimable, то графики функций красная линия с крестом в центре. Если существуют какие-либо преобразованные параметры с ориентировочными стоимостями 0 (для журнала, преобразовывают) и 1 или 0 (для пробита, или логит преобразовывают), то никакие доверительные интервалы не построены для тех оценок параметра. Чтобы видеть последовательность цветов, введите get(groot,'defaultAxesColorOrder').

Группы отображены слева направо в том же порядке, что они появляются в свойстве GroupNames объекта, который используется, чтобы маркировать ось X. Y-метки являются преобразованными названиями параметра.

plot(ciParamUnpooled)

Вычислите доверительные интервалы для объединенной подгонки.

ciParamPooled = sbioparameterci(pooledFit);

Отобразите доверительные интервалы.

ci2table(ciParamPooled)

ans =

  4x7 table

    Group         Name        Estimate    ConfidenceInterval      Type      Alpha      Status   
    ______    ____________    ________    __________________    ________    _____    ___________

    pooled    'Central'        1.6626      1.3287     1.9965    Gaussian    0.05     estimable  
    pooled    'Peripheral'      2.687     0.89848     4.8323    Gaussian    0.05     constrained
    pooled    'Q12'           0.44956     0.11445    0.85152    Gaussian    0.05     constrained
    pooled    'Cl_Central'    0.78493     0.59222    0.97764    Gaussian    0.05     estimable  

Постройте доверительные интервалы. Название группы маркировано, как "объединено", чтобы указать на такую подгонку.

plot(ciParamPooled)

Постройте все результаты доверительного интервала вместе. По умолчанию доверительный интервал для каждой оценки параметра построен на отдельные оси. Вертикальные доверительные интервалы группы строк оценок параметра, которые были вычислены в общей подгонке.

ciAll = [ciParamUnpooled;ciParamPooled];
plot(ciAll)

Можно также построить все доверительные интервалы в осях, сгруппированных оценками параметра с помощью 'Сгруппированного' размещения.

plot(ciAll,'Layout','Grouped')

В этом размещении можно указать на центральный маркер каждого доверительного интервала, чтобы видеть название группы. Каждый предполагаемый параметр разделяется вертикальной черной линией. Вертикальные доверительные интервалы группы пунктирных линий оценок параметра, которые были вычислены в общей подгонке. Границы параметра, заданные в исходной подгонке, отмечены квадратными скобками. Отметьте различные шкалы на оси Y из-за преобразований параметра. Например, ось Y Q12 находится в линейной шкале, но тот из Central находится в логарифмической шкале из-за ее журнала, преобразовывают.

Вычислите доверительные интервалы для образцовых прогнозов

Вычислите 95% доверительных интервалов для образцовых прогнозов, то есть, результаты симуляции с помощью предполагаемых параметров.

% For the pooled fit
ciPredPooled = sbiopredictionci(pooledFit);
% For the unpooled fit
ciPredUnpooled = sbiopredictionci(unpooledFit);

Постройте доверительные интервалы для образцовых прогнозов

Доверительный интервал для каждой группы построен в отдельном столбце, и каждый ответ построен в отдельной строке. Доверительные интервалы, ограниченные границами, построены в красном. Доверительные интервалы, не ограниченные границами, построены в синем.

plot(ciPredPooled)

plot(ciPredUnpooled)