Библиотеки SimBiology® являются наборами встроенных компонентов, которые можно использовать, чтобы создать и анализировать модели. Например, можно использовать встроенные модули, такие как mole или molecule как модули суммы для разновидностей. Когда вы выполняете анализы модели, можно использовать встроенные графики, такие как диаграмма или график невязок отобразить результаты анализа. Можно также добавить собственные компоненты в любую библиотеку. Например, можно задать пользовательский модуль или блокировать и использовать его, когда вы создаете модели. Подобно настройкам библиотеки сохранены через сеансы MATLAB® и рабочего стола SimBiology. Библиотеки доступны для всех проектов и не являются частью никакого проекта. Можно также экспортировать библиотеки и совместно использовать с другими путем выбора Export All Libraries из меню действия.
Чтобы открыть библиотеку в рабочем столе SimBiology, выберите Content> Libraries и дважды кликните библиотеку. Например, следующие данные показывают кинетическую библиотеку законов со всеми доступными встроенными кинетическими законами.
Когда вы конфигурируете образцовые реакции, можно использовать предопределенные скорости реакции, которые следуют за конкретной кинетикой, такой как массовая акция или Михаэлис-Ментен. SimBiology предоставляет список таких предопределенных уровней в библиотеке Kinetic Laws.
Кинетический закон для недавно добавленной реакции сконфигурирован к MassAction по умолчанию, и SimBiology автоматически создает и сопоставляет разновидности и параметры, необходимые скорости реакции. Для других кинетических законов только параметры созданы и сопоставлены. Необходимо создать и сопоставить разновидности вручную. Для получения дополнительной информации о конфигурировании скоростей реакции в рабочем столе SimBiology, виде на море по Выражениям. Используйте Unknown кинетический закон, чтобы задать пользовательскую скорость реакции с ее собственными параметрами. Необходимо задать и добавить разновидности и параметры, необходимые пользовательскому уровню.
MassAction и Unknown, кинетические законы могут иметь различные результаты симуляции, даже когда скорость реакции является тем же самым. Это может произойти, когда у вас есть обратимая реакция с разновидностями в различных отсеках. Различие в результатах симуляции из-за масштабирования объема, выполняемого SimBiology во время размерного анализа. Для получения дополнительной информации смотрите ОДУ Получения от Реакций. А именно, для MassAction SimBiology использует соответствующие объемы отсека, чтобы умножить прямые и противоположные уровни. Однако для Unknown и других встроенных кинетических законов, SimBiology умножает целый уровень только на один отсек, который содержит реагенты. Чтобы видеть точно, какие объемы отсека используются для масштабирования, откройте Представление уравнений и проверяйте раздел ODEs.
Это обеспечивает набор модулей, которые можно использовать. Библиотека отображает модульный состав для каждого модуля. Столбец Menu Display управляет, как каждый модуль отображен при выборе модулей количества в представлениях Таблицы или Схемы. Например, предположите, что у вас есть пользовательский модуль с модульным составом mole/(liter*second). В зависимости от того, что вы выбираете в Menu Display, SimBiology отображает его по-другому в столбце Units Табличного Обзора.
Это предоставляет список всех доступных модульных префиксов.
Это содержит блоки, которые можно использовать, чтобы создать модели в интерактивном режиме. SimBiology обеспечивает библиотеку блоков по умолчанию под названием ModelBuilding, который содержит встроенные блоки, представляющие все элементы моделирования. В дополнение к встроенным блокам можно создать авторские блоки с различными внешними видами. Например, можно настроить белок приемника, чтобы иметь различную форму блока или цвет, чем другие разновидности. Можно использовать эти блоки, чтобы создать модель графически в представлении схемы. Для получения дополнительной информации о различных встроенных типах блока, смотрите Встроенные Блоки.