Предварительная обработка

Управляйте данными NGS с синглом - и чтения парного конца, фильтр и обрежьте чтения и качественную статистику отображения

Предварительно обработайте данные о чтении последовательности с помощью различных функций. Отфильтруйте чтения на основе качества секвенирования данных и обрежьте конечные остановки последовательностей. Выполните соответствие штрихкода (демультиплексирование), чтобы сгруппировать выборки на основе их штрихкодов. Разделите объединенные данные о последовательности парного конца в два отдельных файла. Вычислите качественную статистику и визуализируйте такую информацию с помощью графиков контроля качества.

Функции

seqfilterОтфильтруйте последовательности на основе заданного критерия
seqtrimПоследовательности для обрезки на основе заданного критерия
seqsplitРазделите последовательности в отдельные файлы на основе штрихкодов
seqsplitpeРазделите объединенные последовательности парного конца в отдельные файлы
seqqcplotСоздайте графики контроля качества для качественных данных и последовательности
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте